DTI数据预处理及tbss的批处理代码

原创已于 2022-05-31 21:49:06 修改 · 2k 阅读

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于 2022-05-31 21:23:12 首次发布

该博客介绍了一个使用bash脚本来批量处理FSL（FMRIB's Software Library）中的扩散张量成像（DTI）数据的流程。脚本涵盖了从ROI提取、背景去除、Eddy校正到DTI拟合等步骤，并将FA（分数各向异性）映像复制到tbss目录进行TBSS（ tract-based spatial statistics）分析。TBSS分析包括预处理、注册、后处理和统计等阶段，用于比较多个受试者的白质相似性。

批处理代码
数据存放：DTI/sub01下存放sub01.nii.gz，sub01.bvec ，sub01.bval
脚本存放：FSL文件夹下如下代码

#!/bin/bash
input='/Users/xiaoyanjia/Desktop/working/study/test_data/FSL/DTI'
for i in `ls ${input}`
do
echo ${i}
fslroi ${input}/${i}/${i}.nii ${input}/${i}/${i}_b0 0 -1 0 -1 0 -1 0 1
bet ${input}/${i}/${i}_b0.nii.gz ${input}/${i}/${i}_nodif_brain.nii.gz -m -f 0.2
eddy_correct ${input}/${i}/${i}.nii ${input}/${i}/${i}_data 0
dtifit --data=${input}/${i}/${i}_data.nii.gz --out=${input}/${i}/${i}_data --mask=${input}/${i}/${i}_nodif_brain_mask.nii.gz --bvecs=${input}/${i}/${i}.bvec --bvals=${input}/${i}/${i}.bval
done

mkdir tbss
input='/Users/xiaoyanjia/Desktop/working/study/test_data/FSL/DTI'
for i in `ls ${input}`
do
cp ${input}/${i}/${i}_data_FA.nii.gz tbss
done

cd $pwd/tbss
tbss_1_prepro *.nii.gz
tbss_2_reg -T
tbss_3_postreg -S
tbss_4_prestats 0.2