作业（基因2）

1.计算染色体对应的基因数目

 

f=open('gencode.gene.gtf')
list1=[]
dict1={}
for i in f.readlines():
    a=i.split()
    list1.append(a[0])
for each in list1:
    if each not in dict1:
        dict1[each]=1
    else:
        dict1[each]+=1
for key,values in dict1.items():
    print(key,values)
f.close()

f=open('gencode.gene.gtf')
dict3={}
for i in f.readlines():
    a=i.split()
    if a[0] not in dict3:
        dict3[a[0]]=1
    else:
        dict3[a[0]]+=1
for key,values in dict3.items():
    print(key,values)
f.close()

 2.提取gene_type为"protein_coding"的gene，并输出其所属染色体，基因起始终止位置，基因ID

f=open('gencode.gene.gtf')
for i in f.readlines():
    a=i.split()
    if a[11]=='"protein_coding";':
        print(a[0],a[3],a[4],a[9][1:-2])#第二次索引是为了去除双引号和分号
f.close()

f=open('gencode.gene.gtf')
dict2={}
for i in f.readlines():
    a=i.split()
    dict2['所属染色体']=a[0]
    dict2['起始位置']=a[3]
    dict2['终止位置']=a[4]
    dict2['基因ID']=a[9][1:-2]
    dict2['基因类型']=a[11][1:-2]
    if dict2['基因类型']=='protein_coding':
        print(dict2['所属染色体'],dict2['起始位置'],dict2['终止位置'],dict2['基因ID'])
f.close()