Linux 基础学习_1

基本命令

pwd(print work directory)命令是查询所在目录的命令。

clear清屏命令。或者使用快捷键command+r。

ls (list files)列出来当前目录下所有的文件。

• -a 罗列出所有的文件,包括隐藏文件。隐藏文件是以.开头的。隐藏文件的作用，是一些配置文件等等，平常不用的，怕在操作中误删除了。

• -l 以长格式来显示文件的详细信息。

• -i 加入ID号

• -inum 通过ID来搜索

• -h 显示大小单位k

• -t 显示时按修改时间(最近优先)而不是按名字排序。若文件修改时间相同，则按字典顺序。

• ls -a -l 可以联合使用的，注意中间有一个空格。也可以 ls -la

• ls也可以在后面添加目录，直接扩列所添加目录中的文件等。

linux 文件颜色的含义

• 蓝色文件——目录
• 白色文件——一般性文件，如文本文件，配置文件等等
• 绿色文件——可执行文件
• 红色文件——压缩文件

cd(change directory)打开目录

• cd … 切换到上一层目录 例如cd …/… 回到上一层目录的上层目录
• cd / 切换到根目录
• cd 直接切换到宿主目录
• cd - 所在目录和上一个目录之间来回切换
• cd 后面输入目录名字时，如果唯一，按一次tab就可以自动补全。如果有好几个，按一次Tab没有任何反应。需要按两次Tab,会罗列出所有的目录，然后自己再选择。

单引号

• 文件名字中间有个空格，用单引号括起来，告诉我们这个是一个文件，以免误认。

方向键

• 上：取代上一个命令

• 下：取代下一个命令

通配符

• *代表0个，或者多个字符。罗列特定格式的文件

  罗列TXT文件，即 ls *.txt

  罗列xls文件，即ls *.xls.

  罗列以1开头的文件，即ls 1*

  罗列以1开头的txt文件，即ls 1*.txt

• ？代表一个字符

  罗列只有两个字符名称的txt.即ls ??.txt

  注意区别：ls 1*4.txt ls 1?4.txt

• [ ]代表其中的一个字符

  如[123],1或者2或者3

  [1234][1234].txt（一定要理解是啥意思）

  [1-4].txt 连续的数字

  [ardf32]de.txt

相对路径和绝对路径

• 相对路径:根据现在所处的路径，来计算要找的文件。
• 绝对路径:以/开头，全部的路径.无论现在处于那个路径下，都可以找到目标文件。

touch 创建文件

• 可以一次创建多问文件，空格隔开即可。 touch a b c d

mkdir 创建目录

• -p 创建多级目录：mkdir -p file/file1/file2

$ mkdir file/file1/file2
mkdir: cannot create directory ‘file/file1/file2’: No such file or directory
(base) jjx 16:50:15 ~/wujian/presentation
$ mkdir -p file/file1/file2
(base) jjx 16:50:25 ~/wujian/presentation

rm 移除文件或者目录

• -d 删除空目录
• -r 删除有内容的目录
• -rf 强制删除含有内容的目录

mv (move)移动文件夹/更改名字

• mv test.txt aa移动test.txt到aa目录

  mv后面使用相对路径和绝对路径都可以。

  也可以移动一个目录到另外一个目录

• 移动的时候可以顺便改个名字。例如。mv test.txt aa/1.txt

• 可以通过移动命令更改名字 move file1 file2 将文件或者文件夹file1改为fil2

cp (copy) 拷贝文件或者目录

• -r 拷贝目录：cp -r bb/kk . 复制bb文件夹下的kk文件夹到当前目录下.。
• 当前目录"test/"下的所有文件复制到新目录"newtest"下，输入如下命令：cp -r test/ newtest

control + c 终止命令的执行

find专业搜索命令,查找文件或者目录等

• -name /-iname可以忽略大小写

find /home/jjx -name "1.txt"
find /home/jjx -name "1*.txt" # *为通配符，代表一个或者多个。

• -size
• -mmin
• -mtime (modify time 修改时间，这个是以天为单位，-n n天以为的；+n n天以前的）

find /home/jjx -name "file*" -type d -mtime -1 查找目录
find /home/jjx -name "file*" -type d -mtime -1 ｜xargs rm -rf {} \;      #|管道传输过来，{}代表前面搜索到的内容。\; 纯属格式要求。

• -type

find /home/jjx -name "file*" -type f 查找文件
find /home/jjx -name "file*" -type d 查找目录

• -a 两个条件都需要满足
• -o 只满足其中一个条件

find bin/ -name run.sh 查找 bin 目录下名字为 run.sh 的文件。 
find ! -name tmp 该命令查找文件名不是 tmp 的所有文件。注意！

xargs 传参,给其他命令传递参数的一个过滤器

xargs 命令 是给其他命令传递参数的一个过滤器，也是组合多个命令的一个工具。它擅长将标准输入数据转换成命令行参数，xargs 能够处理管道或者 stdin 并将其转换成特定命令的命令参数。xargs 也可以将单行或多行文本输入转换为其他格式，例如多行变单行，单行变多行。xargs 的默认命令是 echo，空格是默认定界符。这意味着通过管道传递给 xargs 的输入将会包含换行和空白，不过通过 xargs 的处理，换行和空白将被空格取代。xargs 是构建单行命令的重要组件之一。

多行输入，单行输出
cat test.txt | xargs

• -n 多行输出

cat test.txt | xargs -n3

• -d 可以定义一个定界符

$ echo "nameXnameXnameXnameXnameXnameXnameXnameXname" | xargs -dX
name name name name name name name name name
$ echo "nameXnameXnameXnameXnameXnameXnameXnameXname" | xargs -dX -n3
name name name
name name name
name name name

-exec命令（目前只看懂一种，作为find 的一个选项）

(1)在当前目录下(包含子目录)，查找所有txt文件并找出含有字符串"bin"的行 
find ./ -name "*.txt" -exec grep "bin" {} \; 
(2)在当前目录下(包含子目录)，删除所有txt文件 
find ./ -name "*.txt" -exec rm {} \; 

locate搜索名字中包含有 的文件，或者目录

• 更新不及时，强制更新可以使用updatedb,这时候有可能会报错，因为需要超管权限。这时候使用sudo命令

  即sudo updatedb

cat显示文本内容，适用于内容少的时候；合并文件。

• -n显示行号，不去除空行
• -b显示行号，去除空行

cat file1 file2 > file3 ##1和2合并成3

more显示文本内容，适用于内容多的时候，分页显示

• 空格键 向下滚动一屏

• q 退出more

head查看前10行

• -n 显示的行数，例如查看前21行，即：

head -n 21 big
head -21 big

• -c 显示的字节数，例如查看前3个字节（一个汉字是两个字节，一个中文标点是3个字节），即：

head -c 3 big

tail查看最后10行

• 用法和参数同head一样

nl 用来计算文件中行号。默认的结果与 cat -n 有点不太一样， nl 可以将行号做比较多的显示设计，包括位数与是否自动补齐 0 等等的功能。

• -b ：指定行号指定的方式，主要有两种：

  ​ -b a ：表示不论是否为空行，也同样列出行号(类似 cat -n)；

  ​ -b t ：如果有空行，空的那一行不要列出行号(默认值)；

• -n ：列出行号表示的方法，主要有三种：

  ​ -n ln ：行号在萤幕的最左方显示；

  ​ -n rn ：行号在自己栏位的最右方显示，且不加 0 ；

  ​ -n rz ：行号在自己栏位的最右方显示，且加 0 ；

• -w ：行号栏位的占用的位数。

grep 抓取文件中特定的内容。只要包含的行，都会被打印出来。

• -n 显示行号，这个里面是含有空行的。

• -v 排除以后的。

  grep nihao big #在big文件中查找含有nihao的行，并打印出来
  grep -n nihao big #在big文件中查找含有nihao的行，并打印出来含有行号的行。
  grep -v nihao big #在big文件中查找不含有nihao的行。
  

• ^X 以X开头的行

  grep ^n big #在big文件中查找以n开头的行
  

• X$以X结尾的行

  grep t$ big #在big文件中查找以s结尾的行
  

• -i不区分大小写

  grep -v ^'#' /etc/services
  

注意一下两种的区别

$ cat -b small | grep "\-a"
    12	​	-a 显示出来隐藏的文件，罗列出所有的文件。隐藏文件是以.开头的。隐藏文件的作用，是一些配置文件等等，平常不用的，怕在操作中误删除了。
    16	​	ls -a -l 可以联合使用的，注意中间有一个空格。
(base) jjx 08:19:50 ~/wujian/presentation
$ grep -n "\-a" small
20:​	-a 显示出来隐藏的文件，罗列出所有的文件。隐藏文件是以.开头的。隐藏文件的作用，是一些配置文件等等，平常不用的，怕在操作中误删除了。
28:​	ls -a -l 可以联合使用的，注意中间有一个空格。

echo回显,将输入信息写入到文件中

echo nihao > 1.txt #覆盖原来的文件内容 
ll > 1.txt #把ll罗列出来的信息覆盖到1.txt
ll >> 1.txt #把ll罗列出来的信息追加到1.txt

｜管道 经常和more、grep等命令一致使用

ll | grep 1.txt #抓取罗列信息中，含有1.txt的行

ln 创建连接到当前目录下

• ln aa/abc abc_softlink

• 后面用的时候，可以直接查看连接内容，例如 cat softlink

sed 可依照脚本的指令来处理、编辑文本文件；主要用来自动编辑一个或多个文件、简化对文件的反复操作、编写转换程序等。

参数

• -e 以选项中指定的script来处理输入的文本文件
• -n 仅显示script处理后的结果
• -i 写入

动作

• a ：新增， a 的后面可以接字串，而这些字串会在新的一行出现(目前的下一行)
• i : 新增， ai的后面可以接字串，而这些字串会在新的一行出现(目前的上一行)

sed [-hnV][-e<script>][-f<script文件>][文本文件]

sed -e 4a\newline log2012.log  #在第4行的下一行，第5行，插入newline,并print,原文件没有变
sed 4a\newline log2012.log     #在第4行的下一行，第5行，插入newline,并print,原文件没有变
sed '4a newline' log2012.log   #在第4行的下一行，第5行，插入newline,并print,原文件没有变
sed '4i newline' log2012.log   #在第4行的上一行，第4行，插入newline,并print,原文件没有变

sed -i 4a\newline log2012.log  #在第4行的下一行，第5行，插入newline.写入原文件中！


sed -n '5,10p' big #只查看文件的第5行到10行(若没有这个-n回重复显示)
sed -n '5,$p' big #查看文件的第5行到最后
sed -n '/nihao/p' big #只查看文件中含有nihao字符串的行
sed -e 's/nihao/hello/g' big 替换并打印结果
sed -i 's/nihao/dajiahao/g' big 替换并写入

• d 删除，多行时，用；隔开。

sed '1,3d' 1.txt #删除1-3行
sed '1,3d;6,$d' 1.txt  #删除1-3，和6-最后。只保留4，5行

• p 重复

sed '1,$p' log2012.log #文件中的每一行都重复显示

awk 是一种处理文本文件的语言，是一个强大的文本分析工具。

awk '{print $1,$2}' log.txt 打印出第一列和第二列

sort 命令,对文档的内容加以排序ASCII码

sort testfile  #顺序排列
sort -r testfile #逆序排列

uniq 检查及删除文本文件中重复出现的行列，一般与 sort 命令结合使用

• -c count
• -u unique
• -d repeated

uniq testfile #删除连续重复行，只留一行
uniq -c testfile #统计显示出现重复的次数，放在第一列
uniq -u testfile #只显示不重复行
uniq -d testfile #只显示重复行

wc 计算字数

• -c字节数

• -l行数

• -w字数

wc -wlc testfile

split命令

• -<行数> : 指定每多少行切成一个小文件,在默认情况下将按照每1000行切割成一个小文件
• -b<字节> : 指定每多少字节/M/G切成一个小文件

split -11 testfile spli #spli为前缀，spliaa,spliab,spliac
split -b 100 testfile by #默认的是字节

cut 截取文件中每一行的某段文字 -c m-n

cut -c 1-4 testfile

tar 打包,就是原来文件加到一起.-zvf(czvf.xzvf)

List: tar -tf
Extract: tar -xf
Create: tar -cf [filenames…]

gzip 对文件进行压缩,原来的就没有了.gz

• -d 将压缩文件解压
• -l 对每个压缩文件，显示压缩文件的大小、未压缩时大小、压缩比及文件压缩前名字
• -num 可以设置压缩速度

gzip file1 file2 …分别压缩这几个
gzip -d file1.gz 解开压缩

zip 是个使用广泛的压缩程序，压缩后的文件后缀名为 .zip

zip OPTIONS ARCHIVE_NAME FILES

unzip为.zip压缩文件的解压缩程序

scp （secure copy）

• 从服务器复制文件到本地

  scp wangyu@192.168.0.101:绝对路径 本地路径

• 从服务器复制文件夹到本地

  scp -r wangyu@192.168.0.101:绝对路径 本地路径

• 从本地复制文件到服务器

  scp 绝对路径 baopf@192.168.0.184:绝对路径

• 从本地复制文件夹到服务器

  scp -r 绝对路径 baopf@192.168.0.184:绝对路径

awk

sed

vim /vi

系统管理

useradd 用来添加用户

• useradd jjx。如果权限不够，加sudo.
• passwd 设置新密码。后面不接其他用户名的话，更改当下密码。

su 切换用户

• su root

• su root切换到root用户

• exit或control D 退出用户

• su user1 切换到user1用户

• su – user1 直接切换到user1的home目录下

• userdel删除用户 userdel user1

• userdel -r user1 -r同时删除他自己的家目录

• userdel -f user1 -f强制删除用户，即使在登陆状态

• groupadd 添加用户组

• groupmod groupnew1 group1 给用户组改名字

• groupdel 删除用户组

shell （还没有弄明白）

chmod 用来变更文件或目录的权限

• u符号代表当前用户。
• g符号代表和当前用户在同一个组的用户，以下简称组用户。
• o符号代表其他用户。
• a符号代表所有用户。
• r符号代表读权限以及八进制数4。
• w符号代表写权限以及八进制数2。
• x符号代表执行权限以及八进制数1。
• +符号代表添加目标用户相应的权限。
• -符号代表删除目标用户相应的权限。
• =符号代表添加目标用户相应的权限，删除未提到的权限。

# 添加组用户的写权限。
chmod g+w ./test.log
# 删除其他用户的所有权限。
chmod o= ./test.log
# 使得所有用户都没有写权限。
chmod a-w ./test.log
# 当前用户具有所有权限，组用户有读写权限，其他用户只有读权限。
chmod u=rwx, g=rw, o=r ./test.log
# 等价的八进制数表示：
chmod 754 ./test.log

chown 修改拥有者

top能够实时显示系统中各个进程的资源占用状况，类似于Windows的任务管理器

• q离开此命令

ps 显示用户的运行程序或系统程序

实际操作的一些命令

查看fa文件中有多少个样品？

awk 'BEGIN{FS="_"}{print $1}' valid.BIO-jiaojinzhen.jiaojinzhen.341F_806R.format.fasta|grep \>|uniq > total_number_samples
nl total_number_sample
sed -i 's/^>//' total_number_samples #去掉“行首”的这个>

 sed -i 's/^>//' total_number_samples #去掉“行首”的这个>
 sed -i 's/^@//' file    #去掉“行首” 带“@”的首字母@

perl /home/jjx/wujian/meta/diver_pipe.pl -f /data/jjx/16s/Data/valid.BIO-jiaojinzhen.jiaojinzhen.341F_806R.format.fasta -spe 16s_bacteria -o /home/jjx/wujian/16s_113/Result -venn G-V -order /home/jjx/wujian/16s_113/Result/sample.order -map /home/jjx/wujian/16s_113/Result/group.txt -comp S-T -data T:/home/jjx/wujian/16s_113/Data/output/ -infor /home/jjx/wujian/16s_113/Result/information.txt

​