[报错] [Ubuntu] [Python] MemoryError: Unable to allocate array with shape (x, x) and data type float64

错误信息

MemoryError: Unable to allocate array with shape (430949, 430949) and data type float64

系统环境

  • Ubuntu 18.04 LTS
  • Python 3.6

原因分析

据传 [1] 是因为触发了系统的 overcommit handing 模式。

事情是这样的,我打算生成一个形状为[430949, 430949]的稀疏矩阵,结果就报了上述错误。大致是因为这个矩阵似乎要占用的空间太大,所以系统就提前禁止创建了。实际上是用不了那么多内存的(稀疏矩阵)。

解决办法

  1. 首先检查系统的内存过载处理模式
    $ cat /proc/sys/vm/overcommit_memory
    不出意外的话结果应该是0
  2. 然后切换到 root 用户(否则权限不够)
    $ sudo passwd root
    然后输入当前用户密码,再给 root 设定一个新密码,再切换到 root:
    $su root
    你会发现$变成了#
  3. 现在我们拥有了 root 权限,输入下面的命令将内存过载处理模式更改为1
    $ echo 1 > /proc/sys/vm/overcommit_memory
    然后不出意外的话,就可以成功创建该矩阵啦!

Reference

  1. Iguananaut. (August 15, 2019). Unable to allocate array with shape and data type. Retrieved from https://stackoverflow.com/questions/57507832/unable-to-allocate-array-with-shape-and-data-type
  2. BigCabbageFy. (March 9, 2018). ubuntu下无法在根目录创建文件夹;permission denied 权限不足问题解决方法. Retrieved from https://blog.csdn.net/bigcabbagefy/article/details/79500090
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