R语言做wilcox分析时报错

> outTab=data.frame()
> for(i in row.names(data)){
+ 	geneName=unlist(strsplit(i,"\\|",))[1]
+ 	geneName=gsub("\\/", "_", geneName)
+ 	rt=rbind(expression=data[i,], grade=grade)
+ 	rt=as.matrix(t(rt))
+ 	wilcoxTest=wilcox.test(expression ~ grade, data=rt)
+ 	pvalue=wilcoxTest$p.value
+ 	conGeneMeans=mean(data[i,1:conNum])
+ 	treatGeneMeans=mean(data[i,(conNum+1):ncol(data)])
+ 	logFC=log2(treatGeneMeans)-log2(conGeneMeans)
+ 	conMed=median(data[i,1:conNum])
+ 	treatMed=median(data[i,(conNum+1):ncol(data)])
+ 	diffMed=treatMed-conMed
+ 	if( ((logFC>0) & (diffMed>0)) | ((logFC<0) & (diffMed<0)) ){  
+ 		  outTab=rbind(outTab,cbind(gene=i,conMean=conGeneMeans,treatMean=treatGeneMeans,logFC=logFC,pValue=pvalue))
+ 	 }
+ }
Error in wilcox.test.formula(expression ~ grade, data = rt) : 
  分组因子只能有两层
有没有人救救这个怎么解决呀
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R语言中,`wilcox_test`函数和`wilcox.test`函数都是用于执行Wilcoxon秩和检验(Wilcoxon Rank-Sum Test)的函数,但它们来自不同的软件包。 `wilcox_test`函数属于`coin`软件包(也称为Conditional Inference Procedures),它提供了一些非数统计方法的实现。该函数的基本语法如下: ```R wilcox_test(formula, data) ``` 其中,`formula`是一个公式对象,描述了要进行Wilcoxon秩和检验的变量和组合方式,`data`是要进行分析的数据框。 举个例子,假设有一个名为`df`的数据框,其中有两个组别的变量`group`和一个连续变量`value`,我们想要比较这两个组别在`value`上的差异。可以使用`wilcox_test`函数实现: ```R library(coin) result <- wilcox_test(value ~ group, data = df) ``` 执行以上代码后,将会执行Wilcoxon秩和检验,并将结果保存在`result`对象中。 另一方面,`wilcox.test`函数属于R的基本统计软件包,它也提供了Wilcoxon秩和检验的实现。该函数的基本语法如下: ```R wilcox.test(x, y = NULL) ``` 其中,`x`是一个数值向量,表示第一组样本,`y`是一个可选的数值向量,表示第二组样本。如果只提供了一个向量,则执行的是一样本Wilcoxon秩和检验。 举个例子,假设有两个数值向量`x`和`y`,我们想要比较这两个向量的差异。可以使用`wilcox.test`函数实现: ```R result <- wilcox.test(x, y) ``` 执行以上代码后,将会执行Wilcoxon秩和检验,并将结果保存在`result`对象中。 需要注意的是,`wilcox_test`函数返回的是一个复杂的对象,包含了更多的统计信息和可视化选项。而`wilcox.test`函数返回的是一个简单的假设检验结果。 希望以上信息能够解答你的问题!如果还有其他问题,请继续提问。
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