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原创 【R语言】多个变量因子化as.factor、数值化as.numeric、
【R语言】多个变量因子化as.factor、数值化as.numeric、
2022-09-24 16:00:43 4494
原创 【R语言】年龄性别频数匹配 挑选样本 病例对照研究,对年龄性别进行频数匹配
【R语言】年龄性别频数匹配 挑选样本 病例对照研究,对年龄性别进行频数匹配
2022-06-29 11:28:22 5345 6
原创 R语言 2022 TCGA数据库转录组提取 新版TCGA 表格提取 一键精灵
一键生成版本 (找工作去了,不改了)# 1. 下载数据与json文件# 2. 不同文件夹文件提取# 将次级目录的文件夹里面的文件提取到同一个文件夹下# 一些基础操作list.files(pattern = "\\.tsv") #当前目录显示以tsv结尾的文件dir()dir(all.files=TRUE) #显示隐藏的文件getwd()# 验证二级文件夹里面是否有文件,无返回NA值,为TRUE,filename=1for (i in 1:200) { a=as.char
2022-05-07 21:03:08 1127
原创 R语言 2022 TCGA数据库转录组提取 新版TCGA 表格提取
TCGA转录组Table合成时间 2022.5.5下载数据与json文件然后打开TCGA新转录组.R不同文件夹文件提取将次级目录的文件夹里面的文件提取到同一个文件夹下# 一些基础操作list.files(pattern = "\\.tsv") #当前目录显示以tsv结尾的文件dir()dir(all.files=TRUE) #显示隐藏的文件getwd()# 验证二级文件夹里面是否有文件,无返回NA值,为TRUE,filename=1for (i in 1:200) {
2022-05-05 10:04:04 3213 1
原创 R语言 数据框类似Excel的查找替换功能
apply(data, 2, function(x){gsub(pattern = ".*(替换字符).*", replacement = "\\2替换为",x) })
2022-04-27 14:27:30 1650
原创 R语言 方差分析 线性混合模型(简单初探)Linear Mixde Model
使用本地数据 鸢尾花(yuān wěi huā)初探线性混合模型Linear Mixde Model施工ing 交互作用的#载入示例数据data(iris)#载入包library(tidyverse) library(lme4) #生成个体idiris$ID <- rep(1:30,each=5) #假设一朵花测五次iris$ID <- as.factor(iris$ID)#-------------【ANOVA】------------iris_aov1<
2022-04-16 10:00:52 1436
原创 R语言 t分布的推导 初级统计学 学生t分布理论
t分布的推导那我们来写写代码,实践这个过程。我设定一个总体均数为0,标准差=1,样本量为1000的人群(图A是这个总体的概率分布)。图B,也是一次抽取三个人,抽了200个,图C一次抽取6个人。都分别计算t值。我们看到图C,一次抽取6个人,分布更多集中在总体均数为0。 还有一个,问题,图B中画绿框的这一部分,怎么解释呢?课后可以想想。(1.抽样误差、2.开端的,无闭合)继续写代码实践,。如一次,,,他们分布会有什么特点。从图片可以得出什么规律:发现一次抽取3次和一次抽取6次比。一次抽取3次的曲线更低,向
2022-04-14 16:50:02 1367
原创 R语言 1:2 1:n 倾向性评分匹配法PSM 一个病例多个对照 MatchIt包
MatchIt包进行倾向性评分匹配法(Propensity Score Matching, PSM)主要是1:N匹配。一个病例对应2个对照等。MatchIt包帮助文档MatchIt.pdf1:1匹配也可以参考逆概率加权笔记IPTW结果分析采用条件logistic回归#加载包library(tableone)library(MatchIt)#加载数据data <- read.csv("测试数据.csv")names(data)#多变量因子化data[,4:18]<-lappl
2022-03-16 10:54:08 13232 17
原创 R语言 关于多项式logistic回归 无序logistic 包的选择 (我选择SPSS分析)
stack Overflow上面的讨论提及: nnet包 、 mlogit包、glm施工ing建议直接在SPSS操作 医咖会参考
2022-03-13 08:54:43 2377
原创 微生物 革兰氏阳性菌和革兰氏阴性菌 需氧 厌氧菌 判断 目录表
GitHub-knights-lab/BugBase 提供大部分 革兰氏阳性 革兰氏阴性 需氧菌 厌氧菌 兼性厌氧菌的信息【我已经稍加整理,在本博客资源可以下载】自己的Feature Table如何有些物种没有的话,可以在下面两个网站查询补充下。NCBI的Taxonomy原核生物标准命名列表...
2022-02-26 08:56:35 704 3
原创 R语言 ggplot2 多箱图 多个箱线图 分组箱线图 多个箱线图
ggplot2 多箱图 多个箱线图 分组箱线图使用本地数据 鸢尾花(yuān wěi huā)做示例结果输出如下面的图data(iris) #用本地数据 鸢尾花(yuān wěi huā)做示例data <- iristable(data$Species)data <- data[data$Species==c ("setosa", "versicolor"),]table(data$Species) #选取两种花为两个分组#加载需要的包library(simplevis)
2022-01-26 10:38:33 10994 2
原创 R语言 2021.9 Rstudio新版本不支持中文名字的文件名 乱码 数据中文路径 【用旧版2022】
Rstudio 新版本2021.09.2 中文路径识别不了 、中文命名的数据文件识别不了/乱码Tab键导入数据时候,本地文件名中文识别乱码怎么修复呢?我之前的xls和csv文件名有中文都是正常的,识别,可以导入。这次系统重装后,不行了???。安装回来我之前的Rstudio版本 我上次是2020.2买电脑安装的,对于应该是1.3.1093这个OK了 能正确识别了...
2022-01-24 11:08:56 3056
原创 R语言 中心对数转换 成分对数转换 clr
CLRComponent logarithmic conversion 成分对数转换Centered log-ratio transformation 中心对数转换数据要求:行=OTU/基因 列=样本require(qiime2R)#Samples are columns data_clr=make_clr(data)
2022-01-23 18:10:39 6022 3
空空如也
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