目录
0 参考链接
科学可视化软件介绍 – GR framework - 知乎 (zhihu.com)
《科学可视化软件介绍 – 3D Slicer医学图像计算平台》
《科学可视化软件介绍 – 数据可视化工具包morphologica》
《科学可视化软件介绍 – 可视化中间件Visualization Library》
《科学可视化软件介绍 – Blue Brain BioExplorer》
《科学可视化软件介绍 – 分子可视化软件NGL Viewer》
《科学可视化软件介绍 – 太空可视化软件OpenSpace》
《科学可视化软件介绍 – S3Dlib（Matplotlib三维加强版）》
《科学可视化软件介绍 – 交互式数学可视化软件JSXGraph》
《科学可视化软件介绍 – 音频数据可视化软件Friture》
《科学可视化软件介绍 – 科学数据分析和可视化软件SciDAVis》
《科学可视化软件介绍 – 医学图像处理和可视化开放软件框架MRtrix3》
《科学可视化软件介绍 – 数据可视化和分析软件LabPlot》
《科学可视化软件介绍 – 分子动力学可视化交互分析软件VIAMD》
《科学可视化软件介绍 – 共焦显微镜数据可视化软件FluoRender》
《科学可视化软件介绍 – 电子显微镜三维图像数据可视化软件KNOSOS》
《科学可视化软件介绍 – 人类大脑MRI处理软件FreeSurfer》
《科学可视化软件介绍 – 人类大脑解剖图可视化软件Surf Ice》
《科学可视化软件介绍 – 基于粒子模拟的科学数据可视化软件OVITO》
《科学可视化软件介绍 – 血管系统可视化软件VesselVio》
《科学可视化软件介绍 – 地球科学分析和可视化软件Iris》
1 GR
GR的官方网站是：
https://gr-framework.org/
GR的源代码放在Github，分为多个子项目：
核心库： https://github.com/sciapp/gr
Python封装： https://github.com/sciapp/python-gr
Julia封装： https://github.com/jheinen/GR.j
2 VisIt
VisIt的官方网址是：
https://visit-dav.github.io/visit-website/
它的源代码放在Github：
https://github.com/visit-dav/vi
3 Inviwo
Inviwo的官方网址是：
源码放在GitHub上。
https://github.com/inviwo/inviw
4 Voreen
Voreen的官方网址是：
https://www.uni-muenster.de/Voreen/
以下网址可以下载到Voreen在Windows和Linux操作系统下的可执行程序和源代码。
https://www.uni-muenster.de/Voreen/
5 MegaMol
MegaMol是开源软件，源码放在GitHub上。
https://github.com/UniStuttgart
6 ParaView
ParaView的官方网址是：
Kitware/ParaView: VTK-based Data Analysis and Visualization Application (github.com)
7 ROOT
ROOT的官方网址是：
它的源代码放在Github：
https://github.com/root-project
8 Mayavi
Mayavi的源代码放在Github：
https://github.com/enthought/ma
9 PyQtGraph
PyQtGraph的官方网址是：
PyQtGraph的源代码放在Github：
https://github.com/pyqtgraph/py
一个开源的频谱分析仪 就使用了pyqtgraph。
https://github.com/xmikos/qspec
用于荧光显微镜的python工具包microEye也使用了pyqtgraph。
https://github.com/samhitech/mi
另一个使用了pyqtgraph的数据可视化开源工具Visu：
ScopeFoundry也是一个使用了pyqtgraph的开源工具包，用于控制实验室的试验以及可视化科学数据。
10 vedo
vedo的官方网址是：
vedo的源代码放在Github：
https://github.com/marcomusy/ve
11 Glumpy
Glumpy的源代码放在Github：
https://github.com/glumpy/glumpy
它的介绍网址也放在github上：
12 SCIRun
它的官方网址是：
https://www.sci.utah.edu/cibc-software/scirun.html
SCIRun的源代码放在Github：
https://github.com/SCIInstitute
13 Vispy
Vispy官网是：
Vispy的源代码放在Github：
https://github.com/vispy/vispy
https://github.com/Dive576/DIVE
DIVE是一个可以把pandas DataFrame变成图形和动画的工具包。
https://github.com/JintaoLee-Roger/cigvis
CIGVis是一个用于地球物理数据可视化的工具包。
https://github.com/EtienneCmb/visbrain
Visbrain是一个专门用于大脑信号可视化的工具包，基于PyQT和Vispy。
14 K3D
K3D的官方网址是：
K3D的源代码放在Github：
https://github.com/K3D-tools/K3
15 VTK
VTK官网是：
VTK的源代码放在Github：
https://github.com/Kitware/VTK
BVTKNodes gallery - Artwork / Blender Tests - Blender Artists Community
16 yt
yt官网是：
yt的源代码放在Github：
https://github.com/yt-project/y
17 Veusz
Veusz官网是：
Veusz的源代码放在Github：
https://github.com/veusz/veusz
从2010年发展至今，Veusz已经更新到2023年2月的3.6.2版。它的安装程序可以在https://github.com/veusz/veusz/releases 下载到。
18 PyVista
PyVista官网是：
PyVista的源代码放在Github：
https://github.com/pyvista/pyvi
18 TTK
TTK官网是：
https://topology-tool-kit.github.io/
TTK的源代码放在Github：
https://github.com/topology-too
它的独立安装程序可以在https://github.com/topology-tool-kit/ttk/releases下载到。
20 Ipyvolume
Ipyvolume的源代码放在Github：
https://github.com/widgetti/ipyvolume
Ipyvolume的文档放在：
https://ipyvolume.readthedocs.io
21 Polyscope
Polyscope 的官方网站是：
Polyscope 的源代码放在Github：
https://github.com/nmwsharp/pol
22 GLVis
GLVis 的官方网站是：
GLVis 的源代码放在Github：
https://github.com/GLVis/glvis
23 3D Slicer
3D Slicer的官方网址是：
3D Slicer的源代码放在github:
https://github.com/Slicer/Slice
24 libigl
libigl的官方网站是：
libigl的源代码放在Github：
https://github.com/libigl/libig
25 F3D
F3D的官方网站是：
F3D的源代码放在Github：
https://github.com/f3d-app/f3d
26 morphologica
morphologica的相关资料放在Github：
https://abrg-models.github.io/morphologica/
morphologica的源代码也放在Github：
https://github.com/ABRG-Models/
27 MNE
MNE的官方网站是：
https://mne.tools/stable/index.html
MNE的源代码放在Github：
https://github.com/mne-tools/mn
28 Glue
Glue为MacOS和Windows用户提供了单独的安装软件进行安装，可以从以下网址下载安装软件：
http://docs.glueviz.org/en/stable/installation/standalone.html
同时，MacOS、Linux和Windows的用户也可以使用pip安装Glue：
pip install glueviz[all,qt]
Glue的官方网站是：
在这个网站上Glue提供了详尽的文档：
http://docs.glueviz.org/en/stable/
Glue的源代码放在Github，分为多个子项目：
- 核心模块：https://github.com/glue-viz/glue
- 使用QT开发的桌面版：https://github.com/glue-viz/glue-qt/
- 使用Jupyter开发的界面：https://github.com/glue-viz/glu
29 GR framework
GR的官方网站是：
https://gr-framework.org/
GR的源代码放在Github，分为多个子项目：
核心库： https://github.com/sciapp/gr
Python封装： https://github.com/sciapp/python-gr
Julia封装： https://github.com/jheinen/GR.j
30 Visualization Library
Visualization Library的官方网站是：
https://visualizationlibrary.org/docs/2.1/html/index.html
Visualization Library的源代码放在Github：
https://github.com/MicBosi/Visu
31 Visvis
Visvis的文档放在github：
https://github.com/almarklein/visvis/wiki
Visvis的源代码放在Github：
https://github.com/almarklein/v
32 MeteoInfo
MeteoInfo的官方网站是：
MeteoInfo的源代码放在Github：
https://github.com/meteoinfo/Me
可以从以下地址下载安装MeteoInfo以及相关的例子数据：
http://www.meteothink.org/download
33 VisTrails
VisTrails的官方网站是：
https://www.vistrails.org/index.php/Main_Page
尽管VisTrails已经在2018年停止了软件的继续开发和维护，但VisTrails的安装程序和源代码仍然可以在这里下载（由http://sourceforge.net提供服务）：
https://www.vistrails.org/index.php
34 Blue Brain BioExplorer
BioExplorer的官方网站是：
https://portal.bluebrain.epfl.ch/resources/software/exploration/
BioExplorer的源代码放在Github：
https://github.com/BlueBrain/Bi
35 DataLab
DataLab的官方网站是：
https://datalab-platform.com/en/
DataLab的源代码放在Github：
https://github.com/DataLab-Plat
36 Geojs
Geojs的官方网站是：
https://opengeoscience.github.io/geojs/
Geojs的源代码放在Github：
https://github.com/OpenGeoscien
37 Geojs
CIGVis的官方网站是：
https://cigvis.readthedocs.io/en/latest/
CIGVis的源代码放在Github：
https://github.com/JintaoLee-Ro
38 VIVID3D
VIVID3D的文档放在http://readthedocs.io：
https://vivid.readthedocs.io/en/latest/
VIVID3D的源代码放在Github：
https://github.com/GalaxyHunter
39 PlotlyJS.jl
PlotlyJS.jl的源代码放在Github：
https://github.com/JuliaPlots/P
40 PyMOL
PyMOL可以在主流的Windows、macOS、Linux下运行。最新的版本是2024年4月3日发布的3.01版，可以从下面网址下载：
https://github.com/cgohlke/pymol-open-source-wheels/
对于PyMOL的使用者，可以访问
https://pymolwiki.org/index.php
41 OpenSceneGraph
OpenSceneGraph的官方网站是：
https://openscenegraph.github.io/openscenegraph.io/
OpenSceneGraph的源代码放在Github：
https://github.com/openscenegra
42 VMD
VMD的官方网址是：
https://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/
VMD可以在主流的Windows、macOS、Linux下运行。最新的版本是2022年4月发布的1.9.4版，可以从下面网址下载到安装程序和源代码（需注册）：
https://www.ks.uiuc.edu/Development
43 Rerun
Rerun的官方网址是：
Rerun的源代码放在Github：
https://github.com/rerun-io/rer
44 FURY
FURY的官方网站是：
https://fury.gl/latest/index.html
FURY的源代码放在Github：
https://github.com/fury-gl/fury
45 VisNow
VisNow的官方网站是：
VisNow的源代码放在Gitlab：
https://gitlab.com/visnow.org/V
46 Graphia可视化分析软件
Graphia支持常见的Windows、MacOS和Linux操作系统，可以从下面的网址下载到对应的安装程序：
https://graphia.app/download.html#
Graphia的官方网站是：
Graphia的源代码放在Gitlab：
https://github.com/graphia-app/
47 MRIcroGL
MRIcroGL支持常见的Windows、MacOS和Linux操作系统，可以从下面的网址下载到对应的安装程序：
https://github.com/rordenlab/MR
MRIcroGL的官方网站是：
https://www.nitrc.org/plugins/mwiki/index.php/mricrogl:MainPage
MRIcroGL的源代码放在Gitlab：
https://github.com/rordenlab/MR
48 机器人开发可视化工具rviz
rviz的官方网站是：
rviz的源代码放在Gitlab：
https://github.com/ros-visualiz
49 通用地图工具PyGMT
PyGMT的官方网站是：
PyGMT的源代码放在Gitlab：
https://github.com/GenericMappi
50 分子可视化软件NGL Viewer
NGL Viewer的官方网站是：
了解NGL Viewer的详细使用可以访问下面的链接：
http://nglviewer.org/ngl/api/manual/index.html
NGL Viewer的源代码放在Gitlab：
https://github.com/nglviewer/ng
51 太空可视化软件OpenSpace
OpenSpace可以运行在Windows、Linux和MacOS操作系统上。Windows和MacOS的安装程序可以从以下网址下载（注意：文件体积很大，7G多）：
https://www.openspaceproject.com/version-0192
OpenSpace的官方网站是：
https://www.openspaceproject.com/
OpenSpace的源代码放在Github：
https://github.com/OpenSpace/Op
52 S3Dlib（Matplotlib三维加强版）
S3Dlib的官方网站是：
里面提供了详细的教程和样例代码。
S3Dlib的源代码放在Github：
https://github.com/fzaverl/s3dl
53 交互式数学可视化软件JSXGraph
JSXGraph是由德国的团队开发的，从2008年开始在http://sourceforge.net 上开源0.5.0版。
https://sourceforge.net/projects/jsxgraph
后来把代码库迁移到了github：
https://github.com/jsxgraph/jsxgraph
JSXGraph的官方网站是：
https://jsxgraph.org/wp/index.h
54 分子可视化软件ChimeraX
ChimeraX的官方网站是：
https://www.cgl.ucsf.edu/chimera/
ChimeraX可以在Windows、macOS和Linux上运行，安装软件可以访问下面的链接：
https://www.rbvi.ucsf.edu/chimerax/
ChimeraX的源代码放在github：
https://github.com/RBVI/ChimeraX/
ChimeraX的前身Chimera是从大约2000年左右开始开发的，之后从2017年逐渐转为ChimeraX，目前的最新版本是2024年1月发布的1.7.1版。
在对抗新冠病毒的研究中也用到了ChimeraX，例如：
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC9400479/
https://www.nature.com/articles/s41594-020-0479-4
https://www.nature.com/articles/s41
55 音频数据可视化软件Friture
Friture的官方网站是：
Friture可以在Windows、macOS和Linux上运行，安装软件可以访问下面的链接：
https://friture.org/download.ht
Friture的源代码放在github：
https://github.com/tlecomte/fri
56 科学数据分析和可视化软件SciDAVis
SciDAVis的图形用户界面基于Qt，能够运行在Linux、Windows和MacOS X等操作系统上，可以从下面的网址下载安装程序：
https://sourceforge.net/project
SciDAVis官网是：
https://scidavis.sourceforge.net/
SciDAVis的源代码放在Github：
https://github.com/SciDAVis/sci
57 科学可视化工具LavaVu
LavaVu在下面的网址提供了较为详细的文档和教程：
https://lavavu.github.io/Documentation/index.html
LavaVu的源代码放在Github：
https://github.com/lavavu/LavaV
58 医学图像处理和可视化开放软件框架MRtrix3
MRtrix3主要是使用C++开发的，图形用户界面使用Qt开发，底层渲染使用OpenGL。
MRtrix3可在Windows、macOS和Linux操作系统下运行，详细的安装过程可以参考：
https://www.mrtrix.org/download/
MRtrix3的详细文档可以参考：
https://mrtrix.readthedocs.io/en/latest/
MRtrix3的源代码放在Github：
https://github.com/MRtrix3/mrtr
59 数据可视化和分析软件LabPlot
LabPlot支持Windows、macOS、Linux和FreeBSD等操作系统。可以从下面的网址下载安装程序：
https://labplot.kde.org/downloa
LabPlot官网是：
LabPlot的源代码在下面的网址：
https://invent.kde.org/education/labplot
在github上有镜像：
https://github.com/KDE/labplot/
60 分子动力学可视化交互分析软件VIAMD
VIAMD在github上建立了wiki网站，提供详细介绍和教程：
https://github.com/scanberg/viamd/wiki
VIAMD的源代码放在Github：
https://github.com/scanberg/via
61 共焦显微镜数据可视化软件FluoRender
目前FluoRender支持Windows、macOS、Linux操作系统。可以从下面的网址下载安装程序和用户手册、教程等：
https://github.com/SCIInstitute
FluoRender官网是：
https://www.sci.utah.edu/software/fluorender.html
FluoRender的源代码在github：
https://github.com/SCIInstitute
62 电子显微镜三维图像数据可视化软件KNOSOS
KNOSOS使用C++开发，图形用户界面使用Qt，图形渲染使用OpenGL。
目前KNOSOS支持Windows、macOS、Linux操作系统。可以从下面的网址下载安装程序：
https://github.com/knossos-proj
KNOSOS官网是：
官网上提供离线数据集下载。
KNOSOS的源代码在github：
https://github.com/knossos-proj
63 人类大脑MRI处理软件FreeSurfer
eeSurfer为结构和功能MRI提供完整的数据处理流程，包括线性和非线性配准、皮层和皮层下分割、皮层表面重建、群形态测量的统计分析、扩散MRI、PET分析等工具。它也是人类连接体项目（Human Connectome Project）选择的结构MRI分析软件。
FreeSurfer的官方网址是：
https://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki
有专业人士编写的使用介绍：
https://andysbrainbook.readthedocs.io/en/stable/FreeSurfer/FreeSurfer_Introduction.html
FreeSurfer提供了Linux和MacOS下的安装程序，可以从下面的网址下载：
https://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/rel7downloads
在Windows下运行freeview，其实是使用了Windows Subsystem for Linux（WSL），可以参考：
https://surfer.nmr.mgh.harvard.edu
FreeSurfer主要使用C和C++语言编写，图形用户界面基于Qt，可视化功能使用了之前介绍的VTK。
FreeSurfer的源代码放在Github：
https://github.com/freesurfer/f
64 人类大脑解剖图可视化软件Surf Ice
Surf Ice的官方网址是：
https://www.nitrc.org/plugins/mwiki/index.php/surfice:MainPage
Surf Ice提供了Windows、Linux和MacOS下的安装程序，可以从下面的网址下载：
https://github.com/neurolabusc/surf-ice/releases
Surf Ice主要使用Pascal语言编写。它支持多种Mesh网格文件格式，如3DO, 3DS, AC, BYU, CTM, DAE, DXF, FreeSurfer, GII (GIfTI), GTS, LWO2, MS3D, MZ3, NV (BrainNetViewer), OBJ, OFF, PLY, PLY2, STL, VTK, WFR等等。
Surf Ice的源代码放在Github：
https://github.com/neurolabusc/
65 图可视化软件Graphviz
Graphviz的官方网址是：
Graphviz提供了Windows、Linux、MacOS等操作系统下的安装程序，可以从下面的网址下载：
https://www.graphviz.org/download/
Graphviz主要使用C语言编写。
Graphviz的源代码原来放在github：
https://github.com/ellson/MOTHBALLED-graphviz
2017年9月迁移到了gitlab：
https://gitlab.com/graphviz/gra
Graphviz已经形成了蛮大的社区生态，很多语言都对它进行了封装，例如在Python里就有两个比较活跃的库：
https://github.com/xflr6/graphviz 使用Python和DOT语言创建和呈现图形描述。
https://github.com/pygraphviz/pygraphviz 从Python里访问Graphviz图形的数据结构和布局算法。
VS Code里也有专门的Graphviz扩展可以交互式预览DOT文本：
https://github.com/tintinweb/vs
66 晶体结构可视化软件VESTA
VESTA的官方网址是：
https://jp-minerals.org/vesta/en/
VESTA提供了Windows、Linux、MacOS等操作系统下的安装程序，可以从下面的网址下载：
https://jp-minerals.org/vesta/e
知乎上有知友分享比较详细的使用手册：
《科研干货系列 | 晶体结构可视化软件VESTA使用教程（上）》
67 基于粒子模拟的科学数据可视化软件OVITO
OVITO的官方网址是：
OVITO提供了Windows、Linux、MacOS等操作系统下的安装程序，可以从下面的网址下载：
OVITO Basic的源代码放在gitlab：
https://gitlab.com/stuko/ovito/
68 血管系统可视化软件VesselVio
VesselVio提供Windows和MacOS下的安装程序，可以从下面的网址下载：
https://sourceforge.net/project
VesselVio的可视化使用了之前介绍的PyVista。
VesselVio的网址是：
https://jacobbumgarner.github.io/VesselVio/
VesselVio的源代码放在github：
https://github.com/JacobBumgarner/VesselVio
VesselVio使用Python语言编写，图形用户界面基于Qt（PyQt5）。
69 地球科学分析和可视化软件Iris
Iris的文档在：
https://scitools-iris.readthedocs.io/en/stable/index.html
Iris的源代码放在github：
https://github.com/SciTools/iri
70 大型表格数据可视化软件Vaex
Vaex的官方网站是：
Vaex的文档在：
https://vaex.io/docs/index.html
Vaex的源代码放在github：
https://github.com/vaexio/vaex
Vaex团队还提供了若干数据集：
https://vaex.io/docs/datasets.h
扫一扫
被折叠的 条评论
为什么被折叠?
到【灌水乐园】发言
