R语言之数据可视化（第四章Note）

第四章 制作和发布报告

目录

• 4-1 可重复研究与可再现研究
• 4-2 R Markdown
• 4-3 发布报告
• 4-4 注意事项

4-1 可重复研究与可再现研究

Replication vs. Reproducible Research

Replication(可重复)

• 独立的研究者 / 数据 / 分析方法 / 工具得到一致的证据（小保方晴子 / 具身认知（embodied congnition））
• 缺点：有些研究不可能被重复：没钱 / 没时间 / 没机会 / 独特性

Reproducible Research（可再现研究）

• 让数据和分析过程（code）透明
• 使用你的数据和分析方法得到你的结果

Reproducible Research（可再现研究）的工具：

• 人可以读懂的语言：文字（目的/方法等）
• 机器可以读懂的语言：code（加载数据/计算数据/生成图和表）
• R Markdown：R code + Markdown
• R Markdown -> Markdown -> HTML

4-2 R Markdown

Markdown语法：

• 斜体 *two stars*
• 粗体 ** four stars **

标题

• ## This is a secondary heading
• ### This is a tertiary heading

无序列表

• – first item
• – second item

有序列表

• 1. first item
• 2. second item

链接: [imooc] (http://www.imooc.com)

新行/换行：在上一行结尾添加两个空格

更多请参见：

• http://daringfireball.net/projects/markdown/basics
• http://help.github.com/articles/working-with-advanced-formatting/

RStudio演示RMarkdown的使用

1. 创建RMarkdown的文档：

2. 查看默认生成的HTML文件样式：

3. 默认生成的HTML文档如下：

4. RMarkdown文件解析：

RMarkdown语法演示：

4-3 发布报告

发布报告的步骤如下：

4-4 注意事项

Do：

• 研究一个有意思/有意义的问题
• 教会电脑做事（能自动化就自动化）
• 使用版本控制（GitHub）
• 注明软件环境
• 设置Seed
• 保持全局性，知道处于整个分析的哪个阶段

Not Do：

• 手工操作
• 只是用GUI点来点去（注意点击按钮背后调用的函数）
• 只保存数据结果

信息层次化(科研论文 / 报告)：

• 标题 / 作者和单位 / 摘要
• 前言 / 方法 / 结果 / 讨论
• 补充材料 （code / data / details）