第四章 制作和发布报告
目录
4-1 可重复研究与可再现研究
Replication vs. Reproducible Research
Replication(可重复)
- 独立的研究者 / 数据 / 分析方法 / 工具得到一致的证据(小保方晴子 / 具身认知(embodied congnition))
- 缺点:有些研究不可能被重复:没钱 / 没时间 / 没机会 / 独特性
Reproducible Research(可再现研究)
- 让数据和分析过程(code)透明
- 使用你的数据和分析方法得到你的结果
Reproducible Research(可再现研究)的工具:
- 人可以读懂的语言:文字(目的/方法等)
- 机器可以读懂的语言:code(加载数据/计算数据/生成图和表)
- R Markdown:R code + Markdown
- R Markdown -> Markdown -> HTML
4-2 R Markdown
Markdown语法:
- 斜体 *two stars*
- 粗体 ** four stars **
标题
- ## This is a secondary heading
- ### This is a tertiary heading
无序列表
- – first item
- – second item
有序列表
- 1. first item
- 2. second item
链接: [imooc] (http://www.imooc.com)
新行/换行:在上一行结尾添加两个空格
更多请参见:
- http://daringfireball.net/projects/markdown/basics
- http://help.github.com/articles/working-with-advanced-formatting/
RStudio演示RMarkdown的使用
1. 创建RMarkdown的文档:
2. 查看默认生成的HTML文件样式:
3. 默认生成的HTML文档如下:
4. RMarkdown文件解析:
RMarkdown语法演示:
4-3 发布报告
发布报告的步骤如下:
4-4 注意事项
Do:
- 研究一个有意思/有意义的问题
- 教会电脑做事(能自动化就自动化)
- 使用版本控制(GitHub)
- 注明软件环境
- 设置Seed
- 保持全局性,知道处于整个分析的哪个阶段
Not Do:
- 手工操作
- 只是用GUI点来点去(注意点击按钮背后调用的函数)
- 只保存数据结果
信息层次化(科研论文 / 报告):
- 标题 / 作者和单位 / 摘要
- 前言 / 方法 / 结果 / 讨论
- 补充材料 (code / data / details)