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YKenan
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GIVE 中 添加对比基因
GIVE 中 添加基因 文件会随着时间的推移而改变 -------------------- -- 添加基因 -------------------- -- 只需改变数据库的名字和表的名字, 其他的一律不变 CREATE TABLE `hg19`.`genes_GENCODE` ( `name` varchar(255) NOT NULL DEFAULT '', `chrom` va...原创 2019-06-14 14:14:38 · 197 阅读 · 0 评论 -
Docker 中 GIVE 镜像的常用的命令
Docker 中 GIVE 镜像的常用的命令 此内容会随着时间的推移而不断改变 #-------------------------------------------- # 这是一个注释 # author:YKenan # describe:GIVE #-------------------------------------------- ########################...原创 2019-06-10 20:10:08 · 291 阅读 · 0 评论 -
Linux 安装 Docker CE 部署 GIVE 镜像
Liunx 安装 Docker CE 部署 GIVE 镜像1. 安装 Docker2. 安装 GIVE 镜像3. 设置 阿里云 服务器3.1 设置安全组3.2 设置服务器文件4. 测试4.1 为 GIVE 镜像添加域名4.2 访问 GIVE 页面 1. 安装 Docker 官方链接: https://docs.docker.com/install/linux/docker-ce/centos/ ...原创 2019-05-26 13:17:41 · 306 阅读 · 0 评论 -
解决 Docker 中 GIVE 镜像 没有 reference genome 及 Error starting userland proxy 的问题
解决 Docker 中的问题1. GIVE 镜像 没有 reference genome2. 重启报错 1. GIVE 镜像 没有 reference genome 重新启动 give 镜像 2. 重启报错 Error response from daemon: driver failed programming external connectivity on endpoint giv...原创 2019-05-05 15:05:19 · 564 阅读 · 0 评论 -
GIVE 中 添加互作基因
GIVE 中 添加互作基因 文件会随着时间的推移而改变 -- 创建一个表, 只需改动数据库名和表名即可 CREATE TABLE `hg19`.`a` ( `ID` int(10) unsigned NOT NULL AUTO_INCREMENT, `chrom` varchar(255) NOT NULL DEFAULT '', `start` int(10) unsigned ...原创 2019-06-16 13:21:28 · 266 阅读 · 0 评论 -
GIVE 初始化和创建参考基因组 hg38
初始化和创建参考基因组 hg38 docker exec -it give /bin/bash bash initial_ref.sh -u root -p Admin2015 -r hg38 -s "Homo sapiens" -c human -f /tmp/example_data/cytoBandIdeo.txt -w '["chr10:30000000-50000000", "ch...原创 2019-09-07 11:16:48 · 406 阅读 · 0 评论 -
GIVE 创建, 删除和查看轨迹组 (Create And Delete Track Groups)
GIVE Create Track Groups ---- 分类1. 代码 1. 代码 ## Gene Annotation Track bash add_trackGroup.sh -u root -p Admin2015 -r hg38 -g "genes" -l "Known Genes" -o 1 -s 0 ## bigWig File bash add_trackGroup.sh -...原创 2019-09-07 11:37:43 · 252 阅读 · 0 评论 -
GIVE 添加 bigWig 文件
GIVE 添加 bigWig 文件1. 代码 1. 代码 bash add_track_bigWig.sh -u root -p Admin2015 -r hg38 -t exampleBW -g "RNA_seq" -l "An example bigWig from single cell RNAseq" -s "Gene Expression" -o 3 -v full -a true -f...原创 2019-09-07 11:48:39 · 272 阅读 · 0 评论