GIVE 中 添加互作基因

1. 第一种方法

文件会随着时间的推移而改变

-- 创建一个表, 只需改动数据库名和表名即可
CREATE TABLE `hg19`.`a` (
  `ID` int(10) unsigned NOT NULL AUTO_INCREMENT,
  `chrom` varchar(255) NOT NULL DEFAULT '',
  `start` int(10) unsigned NOT NULL DEFAULT '0',
  `end` int(10) unsigned NOT NULL DEFAULT '0',
  `linkID` int(10) unsigned NOT NULL DEFAULT '0',
  `value` float NOT NULL DEFAULT '0',
  `dirFlag` tinyint(4) NOT NULL DEFAULT '-1',
  PRIMARY KEY (`ID`),
  KEY `chrom` (`chrom`(16),`start`),
  KEY `chrom_2` (`chrom`(16),`end`),
  KEY `linkID` (`linkID`)
) ENGINE=InnoDB;

-- 加载表中的数据
LOAD DATA LOCAL INFILE "/tmp/give/Intersection_1.bed" INTO TABLE `hg19`.`a`;

-- 添加注释, 可能需要改动数据库名, 表名不需要固定的
INSERT INTO `hg19`.`trackDb` VALUES (
  'a',                                 -- 表的名字
  'interaction',                       -- 固定不变的
  21,
  NULL,
  NULL,
  -- 分组的名字，来源于 grp 数据库的 name 字段
  'interactions',                      -- Group name, should be the same as grp.name
  '{
    "group":"interactions",            -- 分组的名字，来源于 grp 数据库的 name 字段
    "shortLabel":"interactions_a",     -- 在浏览器中显示长基因的名字
    "priority":21,
    "longLabel":"interactions_a",      -- 在浏览器中显示短基因的名字
    "track":"a",                       -- 在 data-hub 中显示基因的名字
    "type":"interaction",              -- 固定不变的
    "quantiles": [                     -- 固定不变的
      10, 
      60, 110,
      160, 210, 
      260, 310,
      360, 410,
      460, 510,
      560, 610,
      660, 710,
      760, 810,
      860, 910,
      960, 1010 
    ],
	"visibility":"hide"                -- 固定不变的, 用于显示作用, 如果没有，则在 data-hub 中只能看见 Type 字段, 其它字段看不见
  }'
);

浏览的时候发现不支持多选

**在 singleChoice 中设置是否同意单选，不同意设为 0 便可以多选**

执行下面的 sql 语句

use hg19;
UPDATE grp SET singleChoice = "0" where name = "interactions";

1. 第二种方法 (推荐)

bash add_track_interaction.sh -u root -p Admin2015 -r hg19 -t "interaction" -g "interaction" -l "interaction" -s "interaction" -o 6 -v full -q "0.37,1.32,1.78,2.19,2.60,2.97,3.43,3.85,4.34,4.90,5.48,6.16,6.94,8.01,9.05,10.41,12.37,14.88,19.84,31.77,290.17" -f /tmp/give/interaction/interaction.bed;