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RSS订阅原创 Linux shell判断文件或文件夹是否存在
前言在写流程的时候，需要针对文件进行一下操作，一般在shell中会先对其进行判断；代码#shell判断文件夹是否存在file=/path/of/file/aaaafolder=/path/of/folder#如果文件夹不存在，创建文件夹if [ ! -d "$folder" ]; then mkdir -p $folderfi#shell判断文件,目录是否存在或者具有权限# -x 参数判断 $folder 是否存在并且是否具有可执行权限if [ ! -x "$folder"];
2020-09-01 10:25:08
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原创 Linux shell中提取文件名和路径
前言有个软件叫HLAreporter，它真的搞人，基本上就是shell脚本联合起来的，关键是居然还有各种小问题，其中之一就是关于文件名和目录名这个，导致程序只能在软件本身的目录运行，然后各种bug，于是我就修改了一部分，里面对文件名和目录名进行了处理。通常的操作是由路径中提取出文件名，从路径中提取出目录名，提取文件后缀名，相对路径转换为绝对路径等等。下面介绍几种方法进行相关的操作，这些我都使用过的。首先假设我的文件全称：/home/luna/Desktop/Software/softHLA/HLAre
2020-09-01 10:24:17
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原创 Windows10下的WSL的使用和ssh配置
WSL介绍WSL（Windows Subsystem on Linux），适用于 Windows 的 Linux 子系统，是微软和Canonical（Ubuntu 的母公司）共同开发的，在Windows 10后加入的功能，能够在Windows 10 系统中挂载一个Linux 系统，用起来不像虚拟机那样臃肿、开机缓慢、性能低下，是Windows使用者用来进阶使用Linux系统的一个不错的选择，开发人员可在其上运行GNU/Linux环境（包括大多数命令行工具、实用程序和应用程序）。WSL的安装第一步：启用
2020-09-01 10:19:59
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原创 使用Perl并行处理大文件
使用Perl并行处理大文件前言有时候会需要对大文件进行并行处理，但是perl中不像其他的语言，可以使用多线程，perl的多线程其实就是对文件进行切割；正文快速跳过对于文本文件,需要保证行的完整性，一种是快速跳过不需要的行：#!/usr/bin/perl -wuse strict;no warnings 'recursion';my $m=$ARGV[0]; #分成m份my $l=$ARGV[1]; #第l份my $file="test1.txt";my $line=`wc -l
2020-09-01 10:10:11
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原创 Annovar各程序的功能，自建avdb，构建索引
ANNOVAR的程序模块（本人目录）├── annotate_variation.pl //annovar主程序，功能包括下载数据库，三种不同的注释├── annovar_index.pl //index构建的程序，对于染色体是第一列的文件有效，修改网上程序├── coding_change.pl //用来推断蛋白质序列的程序├── convert2annovar.pl /...
2019-09-20 22:32:35
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原创 Perl中的内置的文件测试操作符
内置函数文件操作Perl中可以通过两个内置函数stat()，lstat()计算文件大小；my @stat = stat "/path/of/the/file/filename";lstat()、stat()会返回一个13个元素的数组，每个元素有各自的含义：dev ：文件所属文件系统的设备IDinode ：文件inode号码mode ：文件类型和文件权限(两者都是数...
2019-09-20 01:53:23
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原创 windows下批量拷贝目录下所有文件夹中的指定文件
主要是前段时间要从一个server上面拷贝一批数据，但是又不是linux，所以实验了一下windows下的批量拷贝；场景：测序的项目，每一个样本的数据都存放在各自的名称文件夹下，我需要下载一批数据的variant文件（.vcf），但是如果一个一个找，太麻烦了，会眼酸手酸，想偷一下懒；需求：肯定不能改动文件的名字，就是拷贝到一个文件中，方便后期的文件查看、转移和分析，简单的说的话就是把存放数...
2019-09-17 19:00:01
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idx_annovar.pl
2019-09-20
windows下批量拷贝目录下所有文件夹中的指定文件.bat
2019-09-17
空空如也
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