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Linux
yuyuena
这个作者很懒,什么都没留下…
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Linux shell判断文件或文件夹是否存在
前言在写流程的时候,需要针对文件进行一下操作,一般在shell中会先对其进行判断;代码#shell判断文件夹是否存在file=/path/of/file/aaaafolder=/path/of/folder#如果文件夹不存在,创建文件夹if [ ! -d "$folder" ]; then mkdir -p $folderfi#shell判断文件,目录是否存在或者具有权限# -x 参数判断 $folder 是否存在并且是否具有可执行权限if [ ! -x "$folder"];原创 2020-09-01 10:25:08 · 469 阅读 · 0 评论 -
Linux shell中提取文件名和路径
前言有个软件叫HLAreporter,它真的搞人,基本上就是shell脚本联合起来的,关键是居然还有各种小问题,其中之一就是关于文件名和目录名这个,导致程序只能在软件本身的目录运行,然后各种bug,于是我就修改了一部分,里面对文件名和目录名进行了处理。通常的操作是由路径中提取出文件名,从路径中提取出目录名,提取文件后缀名,相对路径转换为绝对路径等等。下面介绍几种方法进行相关的操作,这些我都使用过的。首先假设我的文件全称:/home/luna/Desktop/Software/softHLA/HLAre原创 2020-09-01 10:24:17 · 4398 阅读 · 0 评论 -
Windows10下的WSL的使用和ssh配置
WSL介绍WSL(Windows Subsystem on Linux),适用于 Windows 的 Linux 子系统,是微软和Canonical(Ubuntu 的母公司)共同开发的,在Windows 10后加入的功能,能够在Windows 10 系统中挂载一个Linux 系统,用起来不像虚拟机那样臃肿、开机缓慢、性能低下,是Windows使用者用来进阶使用Linux系统的一个不错的选择,开发人员可在其上运行GNU/Linux环境(包括大多数命令行工具、实用程序和应用程序)。WSL的安装第一步:启用原创 2020-09-01 10:19:59 · 11909 阅读 · 0 评论 -
使用Perl并行处理大文件
使用Perl并行处理大文件前言有时候会需要对大文件进行并行处理,但是perl中不像其他的语言,可以使用多线程,perl的多线程其实就是对文件进行切割;正文快速跳过对于文本文件,需要保证行的完整性,一种是快速跳过不需要的行:#!/usr/bin/perl -wuse strict;no warnings 'recursion';my $m=$ARGV[0]; #分成m份my $l=$ARGV[1]; #第l份my $file="test1.txt";my $line=`wc -l原创 2020-09-01 10:10:11 · 933 阅读 · 0 评论 -
Annovar各程序的功能,自建avdb,构建索引
ANNOVAR的程序模块(本人目录)├── annotate_variation.pl //annovar主程序,功能包括下载数据库,三种不同的注释├── annovar_index.pl //index构建的程序,对于染色体是第一列的文件有效,修改网上程序├── coding_change.pl //用来推断蛋白质序列的程序├── convert2annovar.pl /...原创 2019-09-20 22:32:35 · 2478 阅读 · 0 评论