win系统下，perl联合conTEXT编辑器运行.exe程序

1 perl的安装

安装地址，strawberry

2 context安装

安装地址，context

3 perl在context中的设置

设置过程：
打开context，点击菜单栏options，选择Environment Options，点击Execute Keys，点击Add键，输入pl，点击OK，点击F9，然后在右侧设置perl程序所在的路径，其次输入下图的相应参数值:

4 运行示例程序Echidna

现在就可以通过perl来运行.exe程序，其通过perl程序和.exe程序两部分实现。

4.1 perl程序部分

// perl part
 #! /usr/bin/perl #-w
 
 # set up working directory
 chdir "D:/pgdat/ch6/echidna";
 
 # echidna program
 $Echidna="D:/softs/ASReml/Echidna/Echidna113/BIN/Echidna.exe";
 
 # parameter files for runing
 $input="prov.es"; #inputfile
 
 # running programs
 $system_check=system("$Echidna $input"); 
 

perl程序部分的文件可存为run.echidna.pl。

4.2 echidna程序部分

// echidna part
!RXL !WORKSPACE 2 !OUT !RE !ARG 1
Title: Pine_provenance.
#treeid,female,male,prov,block,plot,height,diameter,volume
 Treeid  !I
 Male    *
 Female  !I 36
 Prov    !I
 Block *
 Plot  *
 height   diameter    volume  !*10
#D:\myworks\mybook\mynb\data\
!folder  D:\pgdat\data
chp2.Provenance.csv !SKIP 1 !SLN !YHT !DDF 1 !MAXIT 20 !DOPART $1

!PART 1
height  ~ mu  Prov !f mv,    # Specify fixed model
         !r  Female*Block        # Specify random model
residual units

PREDICT  Prov Female  !present Prov Female

echidna程序部分的文件可存为prov.es。

4.3 运行程序

在context中运行run.echidna.pl，可通过点击F9键直接运行。即可完成echidna程序对prov.es的代码分析。

5 优点

通过这种方式，无需在dos状态下运行.exe程序，例如本地blast或BLUPf90；其次，无需在context反复设置Execute Keys，例如ASReml软件，它可能处理很多不同后缀的文件，但需要先在context中设置。