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原创 R语言问题集锦
Rstudio安装后，在win10系统上无法运行。解决方案：右键Rstudio图标属性，选择兼容性，并勾选管理员权限。参考网页：win10系统Rstudio无法运行问题…
2020-05-17 17:57:45
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原创 AFEchidna包示例25之SS-GBLUP
首先，先通过AFEchidna包的AGH.inv函数分别生成A矩阵、G矩阵和H矩阵的逆矩阵，并输出为相应文件，注意文件名后缀为giv。其次，通过AFEchidna包来运行SS-GBLUP。
2023-01-04 20:47:47
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原创 AFEchidna包示例24之数据子集的分析
例如，对于多点试验数据，在计算B型相关时，一般是计算两两地点间。Echidna没有像asreml那么方便，因此AFEchidna与没法像asreml那样通过at()或者subset()轻松获取。但可以自行编程来实现。
2022-10-21 10:02:33
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原创 Echidna软件的版本信息
User could get the version information from Echidna website (Echidna).
2022-08-18 10:03:37
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原创 AFEchidna包示例23之管道操作符%＞%的妙用2
在上一篇博文里介绍了管道操作符%＞%的一些例子，文中提到%＞%可以简化代码。以上篇博文中的固定效应值和随机效应值为例，进一步演示简化代码：solR<-coef(res12b)solR %>% lapply(., function(x) x$fixed) %>% purrr::map(head)solR %>% lapply(.,function(x) x$random) %>% purrr::map(head) 读者可以看见上述两行代码除了fi
2022-05-06 20:54:12
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原创 AFEchidna包示例22之管道操作符%＞%的妙用
使用管道操作符%>%，可以直接把数据传递给下一个函数调用或表达式。目的有二：一是减少代码开发时间，提高代码的可读性和维护性；二是让代码更简短。%>%是最常用的操作符，把左侧的数据或表达式，传递给右侧的函数调用或表达式运行，可以像个链条一样连续操作。在使用AFEchidna包进行多个随机效应模型的分析时，管道操作符%>%的优势立马体现出来。简单示例如下：// multiple G-structure modelslibrary(AFEchidna)res12<-echidn
2022-05-03 21:00:13
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原创 AFEchidna包内置函数之summary
== Note: AFEchidna包最新版本为1.62，github版本暂未实时更新。==update()用法如下：// summarysummary(object)返回的结果为列表，含有5个元件：org.res，varcomp，IC，coef.fixed和coef.random。简单示例如下：res11<-echidna(h3~1+Rep, random=~Fam, residual=NULL, .
2022-05-01 17:23:01
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原创 《动植物育种遗传数据分析》之AFEchidna篇--第6章
引子： 本人于2019年主译出版的《动植物育种遗传数据分析》，原书主要使用ASReml进行分析。本博客将陆续演示使用AFEchidna包达到类似ASReml的结果。第6章的代码如下：// chapter 6##### chapter 6 Multivariate Modelsm1<-echidna(height~Location, random=~Location:Rep+RIL+Location:RIL, es0.file = 'MaizeRI
2022-05-01 09:01:10
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原创 《动植物育种遗传数据分析》之AFEchidna篇--第5章
引子： 本人于2019年主译出版的《动植物育种遗传数据分析》，原书主要使用ASReml进行分析。本博客将陆续演示使用AFEchidna包达到类似ASReml的结果。第5章的代码如下：// chapter 5library(AFEchidna2)get.es0.file(dat.file = 'diallel.csv')get.es0.file(es.file = 'diallel.es')file.edit('diallel.es0')dm.m1<-echidna(fixed=dens
2022-04-23 19:54:44
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原创 AFEchidna包内置函数之update()专题
AFEchidna包内置函数之update()，可结合一系列参数来实现不同功能，例如运行新模型，进行批量分析，遗传参数计算，模型预测等等。其最大优点是可以大大简化代码。update()用法如下：// update usageupdate( object, trait = NULL, fixed = NULL, random = NULL, residual = NULL, predict = NULL, vpredict = NULL, qualifier = NULL
2022-04-18 22:08:25
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原创 AFEchidna示例21之update的妙用2：遗传参数计算
之前博文update的妙用1，介绍了如何使用update来进行批量分析代码的简化。这篇博文，将介绍如何使用update结合参数vpredict进行遗传参数的计算，尤其是涉及方差协方差矩阵时，这种方法更为便利。其是Echidna软件自带的，在AFEchidna里也可以使用。// update() with vpredict parameterlibrary(AFEchidna)m2<-echidna(cbind(height,pollen,silking)~Trait+Trait:Locatio
2022-04-17 19:48:46
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原创 《动植物育种遗传数据分析》之AFEchidna篇--第4章
引子： 本人于2019年主译出版的《动植物育种遗传数据分析》，原书主要使用ASReml进行分析。本博客将陆续演示使用AFEchidna包达到类似ASReml的结果。第4章的代码如下：library(AFEchidna)### chapter 4 Breeding Valuesm1<-echidna(height~1+Prov, random=~Female*Block, es0.file="pine_provenance.es0")Var(m1)
2022-04-17 13:50:37
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原创 《动植物育种遗传数据分析》之AFEchidna篇--第3章
引子： 本人于2019年主译出版的《动植物育种遗传数据分析》，原书主要使用ASReml进行分析。本博客将陆续演示使用AFEchidna包达到类似ASReml的结果。第3章的代码如下：// chapter three### chapter 3 Variance Modeling ## 3.1 Default variance modelm1<-echidna(fixed=height~1+Location, random=~Location:Rep+RIL,
2022-04-15 20:15:26
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原创 《动植物育种遗传数据分析》之AFEchidna篇--第2章
引子： 本人于2019年主译出版的《动植物育种遗传数据分析》，原书主要使用ASReml进行分析。本博客将陆续演示使用AFEchidna包达到类似ASReml的结果。第2章的代码如下：// chapter twolibrary(AFEchidna)get.es0.file(dat.file='MaizeRILs.csv')get.es0.file(es.file='MaizeRILs.es')# file.edit('MaizeRILs.es0')## all fixed modelafm
2022-04-15 20:02:02
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原创 《动植物育种遗传数据分析》之AFEchidna篇--第1章
引子： 本人于2019年主译出版的《动植物育种遗传数据分析》，原书主要使用ASReml进行分析。本博客将陆续演示使用AFEchidna包达到类似ASReml的结果。第一章的代码如下：// chapter onelibrary(AFEchidna)get.es0.file(dat.file='pine_provenance.csv') # .es fileget.es0.file(es.file='pine_provenance.es',pedS=1) # .es0 file# file.edit
2022-04-15 19:57:24
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原创 AFEchidna示例17--空间分析模型
空间分析的基本原理遗传评估分析的通用混合线性模型如下： y=xb+zu+ey=xb+zu+ey=xb+zu+e对于空间分析，将上式中的误差eee进一步分解为e=ξ+ηe = ξ + ηe=ξ+η。ξξξ为空间相关的误差，ηηη为空间不相关的随机误差。ηηη反应了微环境差异、非加性遗传效应以及测量误差。Authur等(1997)将ξξξ设为行、列的自回归AR1⊗\otimes⊗AR1，因此其方差协方差矩阵为：Var(ξ)=σξ2[Σc(ρc)⊗Σr(ρr)]Var(\xi) = \sigma_\xi^
2022-03-06 22:11:29
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原创 AFEchidna示例19 -- 如何解读复杂模型
AFEchidna可以运行复杂模型，简单示例如下：pm3<-echidna(fixed = cbind(weanwt,weight)~Trait:(year+sex+weanage+pen), random=~str(~Trait:(nrm(pig)+nrm(dam)),~us(4):nrm(pig)), residual=~idv(units):us(Trait), mulT = TRUE,
2022-03-06 00:12:16
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原创 AFEchidna包的首次使用设置
有网友在使用AFEchidna包生成es0文件时，遇到了如下问题：get.es0.file(dat.file=‘ped.csv’)Generating .es temple for ped.csv : --done!get.es0.file(es.file=‘ped.es’)Error in get.es0.file(es.file = “ped.es”) : es file does not exist.其原因是：AFEchidna包及其依赖包，虽已按如下命令安装：// install
2021-12-24 22:25:19
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原创 AFEchidna示例16 -- 如何计算各种遗传参数及其标准误差
只要知道遗传参数的计算公式，通过AFEchidna的pin函数来求解是非常方便的。下面以双性状为例，演示遗传相关、遗传力、遗传变异系数、遗传增益等参数的计算：// bi-traitres12<-echidna(cbind(h3,h4)~Trait+Trait:Rep, random=~us(Trait):Fam, residual=~units.us(Trait), predict='Fam',mulT=T
2021-10-14 17:24:57
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原创 AFEchidna示例15 --update的妙用1
update()用于更新运行新模型，其可简化程序代码，AFEchidna包里的update()要比传统的功能更为强大。示例1，在某个性状分析基础上，进一步进行单性状的批量分析：// A simple caseres11<-echidna(fixed=h3~1+Rep, random=~Fam, residual=NULL, es0.file="fm.es0")假设上述模型各项为最优项，现基于此，再扩展至
2021-10-05 19:48:12
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原创 遗传增益(genetic gain)如何计算标准误？
根据《森林遗传学》（怀特等人著）书中公式13.3，公式如下：ΔG=h2S=h2∗(μs−μp)\Delta G = h^{2}S=h^{2}*( \mu_s - \mu_p )ΔG=h2S=h2∗(μs−μp)上式除于群体均值，就可得到百分比的结果：ΔG2=100∗h2S/μp=100∗h2∗(μs−μp)/μp\Delta G2 =100* h^{2}S/ \mu_p = 100* h^{2}*( \mu_s - \mu_p )/ \mu_pΔG2=100∗h2S/μp=100∗
2021-09-27 21:54:28
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原创 AFEchidna包的在线安装
AFEchidna包现已传到GitHub网，感兴趣的读者们，可以通过下述代码进行在线安装：// install onlineremotes::install_github('yzhlinscau/AFEchidna')成功安装后，可以使用下述代码进行依赖包的自动检测和安装：// check depended packagesAFEchidna::checkPack()...
2021-09-07 14:34:56
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原创 AFEchidna示例14--添加权重变量
AFEchidna包可以给因变量添加权重变量，简单示例如下：res21<-echidna(h3~1+Rep, weights='h1', random=~Fam, es0.file="fm.es0")运行结果如下：> res11<-echidna(h3~1+Rep,+ weights='h1',+ random=~Fam,+
2021-08-25 09:44:44
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原创 非对称相关矩阵图的绘制
R包corrplot适用于绘制相关图，有时会遇见绘制非对称相关图，用于查看两组不同类型的变量间的关系。以R内置数据集mtcars为例，简单示例如下：data(mtcars)M <- cor(mtcars)corrplot(M, method = "number")非对称绘图：corrplot(M[1:3,-1:-3], method="number", is.corr=FALSE, tl.col = "black")...
2021-08-13 13:12:03
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原创 《ASReml-R统计学》中ASReml代码转用AFEchidna代码 -- part 1
-10.4.2.1 单性状原书ASReml代码：// asreml stylefm <- asreml( h5 ~ 1 + Rep, random = ~ Fam , data = df, subset = Spacing==3, maxit = 30 )AFEchidna代码：// AFEchidna stylefm <- echidna( h5
2021-08-12 10:06:44
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原创 AFEchidna示例13--非正态分布变量的批量分析
AFEchidna包可以运行同种非正态分布变量的批量分析，简单示例如下：res21<-echidna(es0.file="dfm2.es0", trait=~dis+lt, fixed=~1+Rep, random=~Mum, family=esr_binomial(), batch=T)运行结果如下：> res21<-echidna
2021-08-11 22:48:24
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原创 AFEchidna示例12--非正态分布变量的多性状模型
AFEchidna包可以运行1个或多个非正态分布变量的多性状模型，简单示例如下：- 仅1个非正态分布变量单性状：res11<-echidna(es0.file="dfm2.es0", fixed=dis~1+Rep, random=~Mum, family=esr_binomial())运行结果：> res11<-echidna(es0.file="dfm2.es0",+
2021-08-11 22:22:01
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原创 AFEchidna示例11--批量进行计算基因组关系矩阵和运行Gblup分析
AFEchidna包可以批量进行基因组关系矩阵，简单示例如下： library(AFEchidna) setwd("D:/Rdata") G.marker<-read.csv(file="G.marker.csv",header=T) G.ped<-read.csv(file="G.ped.csv",header=T) GmN<-paste0(c('GOF','GD','G05','GMF','Greg'),'.grm',sep='') Gmat<-vect
2021-07-03 20:40:45
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原创 AFEchidna包免费对外开放
AFEchidna包免费对外开放，仅用于学术研究，不可用于商业研究，否则造成的后果自负。感兴趣者，可发邮件到yzhlinscau@163.com免费索取程序包。
2021-06-30 08:51:05
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原创 AFEchidna包示例10--如何生成.es0文件
读者如果想使用AFEchidna包进行数据分析，必须要先生成.es0文件，其是程序模版文件，仅包含数据域定义和数据文件。AFEchidna包里的get.es0.file()函数就是用于生成.es0文件，其用法如下：get.es0.file(dat.file=NULL,es.file=NULL, path=NULL,message= FALSE, softp=NULL,
2021-06-29 21:37:42
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原创 AFEchidna示例8--固定效应显著性检验
之前，由于代码bug问题，固定效应结果在AFEchidna里未能显示。现已纠正，不过，固定效应是通过较粗放的卡方检验，结果会稍差异于ASReml。即便如此，对于学术研究，也已足够。简单示例如下：HT <- echidna(fixed = height ~ 1+Prov, random = ~ Female+Block+Female:Block, residual=~units, es0.file = 'pine_pr
2021-06-29 21:08:32
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原创 AFEchidna示例9--分析阈性状
阈性状 (threshold trait )：性状数值达到某一特定值时表现为正常，达不到则为不正常，如血压，血糖含量、生物的抗病力等，在数据方面以0、1表示，属于二元数据分布。ASReml也可以轻松应付阈性状，通过trait.mod参数选择binomial函数来分析。注：trait.mod参数将来会替代为family参数。简单示例：res<-echidna(es0.file="dfm2.es0", trait.mod=esr_binomial(link='margina
2021-03-16 16:57:23
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原创 AFEchidna包的简单示例7--随机效应显著性和模型比较
model.comp()用于多个模型的比较，用法如下：model.comp(...,LRT=FALSE,boundary = TRUE)其中，…为esR运行结果，LRT为是否进行LRT检验；简单示例如下：m1<-echidna(es0.file="fm.es0", fixed=h3~1+Rep,random=~Fam)m2<-echidna(es0.file="fm.es0", fixed=h3~1+Rep,random=~Fa
2021-03-02 19:05:00
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原创 AFEchidna包的简单示例6--多种残差效应的批量分析
AFEchidna包主函数echidna()用法(新版本)如下：echidna(es0.file,trait,fixed,random,residual, delf,foldN,mulT,mulN, met,cycle, trace, maxit, batch,batch.G,batch.R, predict,vpre
2021-02-22 15:31:01
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