AFEchidna包的首次使用设置

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有网友在使用AFEchidna包生成es0文件时,遇到了如下问题:

get.es0.file(dat.file=‘ped.csv’)
Generating .es temple for ped.csv : --done!
get.es0.file(es.file=‘ped.es’)
Error in get.es0.file(es.file = “ped.es”) : es file does not exist.

其原因是:
AFEchidna包及其依赖包,虽已按如下命令安装:

// install online
# install.packages("remotes")
remotes::install_github('yzhlinscau/AFEchidna')
// check depended packages
AFEchidna::checkPack()

但是Echidna软件未先注册,它是不工作的,于是AFEchidna包也无法启用。

解决的方法,就是对Echidna软件进行注册,运行如下代码:

// setup Echidna
library(AFEchidna)
AFEchidna::read.example(package='AFEchidna',setpath = TRUE)
get.es0.file(dat.file="fm.csv",message=TRUE)

Echidna初次使用者,将会弹出如下窗口:
在这里插入图片描述
该窗口陈列一些使用Echidna软件的条款,比如不能用于商业途径。非商用,仅用于学术研究,不会有任何问题。初次使用者,需要输入一个电子邮箱地址,按Enter键退出。如果窗口未关闭,请点击窗口的右上角X,退出即可。

有时,AFEchidna包使用过程中,会出现如下图的错误信息,解法方法:退出Rstudio,重启电脑即可。在这里插入图片描述

参考文献:
Zhang WH, Wei RY, Liu Y, Lin YZ. AFEchidna is a R package for genetic evaluation of plant and animal breeding datasets. BioRxiv. DOI: 10.1101/2021.06.24.449740.

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