AFEchidna示例19 -- 如何解读复杂模型

yzhlinscau

已于 2022-03-06 16:33:03 修改

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分类专栏： Echidna R 文章标签： AFEchidna Echidna R

于 2022-03-06 00:12:16 首次发布

本文链接：https://blog.csdn.net/yzhlinscau/article/details/123303670

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AFEchidna是一款用于植物和动物育种数据分析的R包，本文介绍了如何运行复杂模型并解析其方差分量结果。通过示例展示了如何解读模型中的us(4):nrm(pig);us(4)和id(units):us(Trait);us(Trait)等方差结构，解析了每个项的含义，并提供了原始结果的详细展示。

摘要由CSDN通过智能技术生成

AFEchidna可以运行复杂模型，简单示例如下：

pm3<-echidna(fixed = cbind(weanwt,weight)~Trait:(year+sex+weanage+pen),     
             random=~str(~Trait:(nrm(pig)+nrm(dam)),~us(4):nrm(pig)),
             residual=~idv(units):us(Trait),
             mulT = TRUE,
             es0.file='pig_data.es0')

方差分量结果如下：

> Var(pm3)
                            Term     Sigma       SE     Z.ratio
1                       Residual   1.00000  0.00000         Inf
2           us(4):nrm(pig);us(4)   0.42680  0.31681  1.34717970
3           us(4):nrm(pig);us(4)   0.66695  2.90190  0.22983218
4           us(4):nrm(pig);us(4) 184.65000 52.62300  3.50892195
5           us(4):nrm(pig);us(4)  -1.04540  0.27391 -3.81658209
6           us(4):nrm(pig);us(4)  -5.75300  3.68040 -1.56314531
7           us(4):nrm(pig);us(4)   4.40180  0.39105 11.25636108
8           us(4):nrm(pig);us(4)  -2.08060  2.17520 -0.95650975
9           us(4):nrm(pig);us(4)   1.64770 33.44500  0.04926596
10          us(4):nrm(pig);us(4)   5.12130  2.54910  2.00906202
11          us(4):nrm(pig);us(4) 164.52000 30.91500  5.32168850
12 id(units):us(Trait);us(Trait)   2.08390  0.17053 12.22013722
13 id(units):us(Trait);us(Trait)  10.31300  1.60630  6.42034489
14 id(units):us(Trait);us(Trait) 384.59000 29.39300 13.08440785

上述的结果解读，比较费劲。可结合Echidna的原始结果：

cat(pm3$components)

带下标的结果如下：

> cat(pm3$components)
 Model_Term                     Order     Gamma         Sigma     Z_ratio  %C
 Trait.nrm(pig)                      5414 effects
   us(4)_V                  1   1   4  0.426800      0.426800        1.35   0 P    
   us(4)_C                  2   1   4  0.666954      0.666954        0.23   0 P    
   us(4)_V                  2   2   4   184.655       184.655        3.51   0 P    
   us(4)_C                  3   1   4  -1.04544      -1.04544       -3.82   0 P    
   us(4)_C                  3   2   4  -5.75303      -5.75303       -1.56   0 P    
   us(4)_V                  3   3   4   4.40178       4.40178       11.26   0 P    
   us(4)_C                  4   1   4  -2.08062      -2.08062       -0.96   0 P    
   us(4)_C                  4   2   4   1.64771       1.64771        0.05  51 P    
   us(4)_C                  4   3   4   5.12134       5.12134        2.01   0 P    
   us(4)_V                  4   4   4   164.520       164.520        5.32   0 P    
 id(units).us(Trait)                 5112 effects
 us(Trait)_V                        2   2.08394       2.08394       12.22   0 P    
 us(Trait)_C                        2   10.3134       10.3134        6.42   0 P    
 us(Trait)_V                        2   384.593       384.593       13.08   0 P

上述结果中的id(units):us(Trait);us(Trait)项容易理解，为性状1和性状2的us()方差结构。
而us(4):nrm(pig);us(4)比较费解。根据模型中random项=str(~Trait:(nrm(pig)+nrm(dam)),~us(4):nrm(pig))，其中us(4)表示该方差结构为4个方差项的us结构，前两项为Trait:nrm(pig)，后两项为Trait:nrm(dam)，由此推出项1为Trait1:nrm(pig)，项2为Trait2:nrm(pig)，项3为Trait1:dam(pig)，项4为Trait2:dam(pig)。项数对应order下标，据此，就可获悉各项方差分量的含义。

参考文献：
Zhang WH, Wei RY, Liu Y, Lin YZ. AFEchidna is a R package for genetic evaluation of plant and animal breeding datasets. BioRxiv. DOI: 10.1101/2021.06.24.449740.