R包更新

Linux安装R语言包(Installing R packages on Linux)

  (2010-09-04 15:08:58)

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标签：  linux   r   install   package   安装

分类： R

R的包（package）通常有两种：
1 binary package：这种包属于即得即用型（ready-to-use），但是依赖与平台，即Win和Linux平台下不同。
2 Source package: 此类包可以跨平台使用，但用之前需要处理或者编译（compiled）。



.libPaths()：查看包的安装目录
library()：查看已经安装的包目录

installed.packages()：查看已安装包信息
library(mypackage)：载入mypackage包

getOption("defaultPackages")：查看启动R时自动载入的包。
help(package = 'mypackage')：查看‘mypackage’的帮助
              args( function )：查看函数的参数
              example(function)：自动运行该函数帮助文档中的例子，很赞！
              demo("package")：展示一些包中demostration， 需要再看下？？
vignette('mypackage')：有的包，特别是bioconductor的包有vignette，用函数查看
openVignette('mypackage')：这个函数也可以查看vignette，更好用一些
RSiteSearch("helpinfor")：搜索R网站上的“helpinfor”相关信息
help.start()：查看已经安装包的详细HTML文档， 这个命令非常爽。
更新：
search()：查看当前载入的包

sessionInfo()：查看R中载入的包

Sys.getenv("R_HOME")：查询R HOME安装地址

Sys.getenv("HOME")：查询用户HOME地址

methods()：查看某个S3泛型函数中所有的方法或者一个类中所有的方法（S3：S version 3）

showMethods(class = " myClass ")：查看S4类的方法

findMethods(" myMethods ")：查看method的代码

class( myObject )：查看某个对象的类
getClass(“ class/package ”)：查看某个class或者包的具体内容

getSlots(" class ")：查看某个class的slot

slotNames( MyObject )：查看某个对象的slot。

可以使用 Myobject @ slotNames访问对象的slot值，这个@设计实在是太爽了，可以连续用。

查询包内信息：1.  ? function/ method：查看某个“函数”或者“方法”的详细内容
                                                 2.  class?graph::graph：查看“组”的详细内容的一个例子。这个例子的来源是查询graph包时候，查看其中class的信息，输入 ??graph后出现一个 graph::graph-class。
ls("package:mypackage")：查看"mypackage"中的所有对象。

安装source package方法

1 在终端输入  # R CMD INSTALL /.../mypackage.tar.gz
使用此方法，需要解决包依赖问题，即安装此包所依赖的包，安装过程有提示

2 也可以使用R的install.packages()函数安装
      回答：可以使用install.packages()函数安装，而且比较简便，即联网即可装，装了就可用。
     #  R
     >  install.packages('mypackage')

    回答2：可以使用install.packages()安装本地下载的包，尤其适用于在服务器上安装包

     $ R

     >  install.packages( c(" XML_0.99-5.tar.gz ", " ../../Interfaces/Perl/RSPerl_0.8-0.tar.gz "), repos = NULL, configure.args =  c(XML = '--with-xml-config=xml-config', RSPerl = "--with-modules='IO Fcntl'") )

3 Bioconductor的安装和更新方法
>  source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
>  biocLite("mypackage")

4 卸载package

remove.packages(" mypackage ")

5 查看R及其package的version

R version:  version 或者  R.version

R package version: 

6 更新包

update.packages( )   可以定期执行以下