R 语言常用函数整理

基本

一、数据管理
vector:向量 numeric:数值型向量 logical:逻辑型向量character;字符型向量 list:列表 data.frame:数据框c:连接为向量或列表 length:求长度 subset:求子集seq,from:to,sequence:等差序列rep:重复 NA:缺失值 NULL:空对象sort,order,unique,rev:排序unlist:展平列表attr,attributes:对象属性 mode,typeof:对象存储模式与类型names:对象的名字属性
二、字符串处理
character:字符型向量 nchar:字符数 substr:取子串format,formatC:把对象用格式转换为字符串paste,strsplit:连接或拆分charmatch,pmatch:字符串匹配grep,sub,gsub:模式匹配与替换
三、复数
complex,Re,Im,Mod,Arg,Conj:复数函数
四、因子
factor:因子 codes:因子的编码 levels:因子的各水平的名字nlevels:因子的水平个数 cut:把数值型对象分区间转换为因子table:交叉频数表 split:按因子分组aggregate:计算各数据子集的概括统计量tapply:对“不规则”数组应用函数

数学

一、计算
+, -, *, /, ^, %%, %/%:四则运算ceiling,floor,round,signif,trunc,zapsmall:舍入max,min,pmax,pmin:最大 最小值 range:最大值和最小值sum,prod:向量元素和,积cumsum,cumprod,cummax,cummin:累加、累乘sort:排序 approx和approx fun:插值diff:差分sign:符号函数
二、数学函数
abs,sqrt:绝对值,平方根log, exp, log10, log2:对数与指数函数sin,cos,tan,asin,acos,atan,atan2:三角函数sinh,cosh,tanh,asinh,acosh,atanh:双曲函数
beta,lbeta,gamma,lgamma,digamma,trigamma,tetragamma,pentagamma,choose ,lchoose:与贝塔函数、伽玛函数、组合数有关的特殊函数
fft,mvfft,convolve:富利叶变换及卷积polyroot:多项式求根poly:正交多项式spline,splinefun:样条差值 besselI,besselK,besselJ,besselY,gammaCody:Bessel函数deriv:简单表达式的符号微分或算法微分
三、数组
array:建立数组 matrix:生成矩阵data.matrix:把数据框转换为数值型矩阵lower.tri:矩阵的下三角部分 mat.or.vec:生成矩阵或向量t:矩阵转置 cbind:把列合并为矩阵 rbind:把行合并为矩阵diag:矩阵对角元素向量或生成对角矩阵aperm:数组转置 nrow, ncol:计算数组的行数和列数dim:对象的维向量 dimnames:对象的维名row/colnames:行名或列名 %*%:矩阵乘法crossprod:矩阵交叉乘积(内积) outer:数组外积kronecker:数组的Kronecker积 apply:对数组的某些维应用函数tapply:对“不规则”数组应用函数 sweep:计算数组的概括统计量aggregate:计算数据子集的概括统计量 scale:矩阵标准化matplot:对矩阵各列绘图 cor:相关阵或协差阵Contrast:对照矩阵 row:矩阵的行下标集col:求列下标集
四、线性代数
solve:解线性方程组或求逆 eigen:矩阵的特征值分解svd:矩阵的奇异值分解 backsolve:解上三角或下三角方程组chol:Choleski分解 qr:矩阵的QR分解chol2inv:由Choleski分解求逆
五、逻辑运算
,=,==,!=:比较运算符!,&,&&,|,||,xor():逻辑运算符logical:生成逻辑向量 all,any:逻辑向量都为真或存在真ifelse():二者择一 match,%in%:查找unique:找出互不相同的元素 which:找到真值下标集合duplicated:找到重复元素
六、优化及求根
optimize,uniroot,polyroot:一维优化与求根

程序设计

一、控制结构
if,else,ifelse,switch:分支for,while,repeat,break,next:循环apply,lapply,sapply,tapply,sweep:替代循环的函数。
二、函数
function:函数定义 source:调用文件 call:函数调用.C,.Fortran:调用C或者Fortran子程序的动态链接库。Recall:递归调用 browser,debug,trace,traceback:程序调试options:指定系统参数 missing:判断虚参是否有对应实参nargs:参数个数 stop:终止函数执行on.exit:指定退出时执行 eval,expression:表达式计算system.time:表达式计算计时 invisible:使变量不显示menu:选择菜单(字符列表菜单)
其它与函数有关的还有:delay,delete.response,deparse,do.call,dput,environment ,,formals,format.info,interactive,is.finite,is.function,is.language,is.recursive ,match.arg,match.call,match.fun,model.extract,name,parse,substitute,sys.parent ,warning,machine。
三、输入输出
cat,print:显示对象sink:输出转向到指定文件dump,save,dput,write:输出对象scan,read.table,load,dget:读入
四、工作环境
ls,objects:显示对象列表 rm, remove:删除对象q,quit:退出系统 .First,.Last:初始运行函数与退出运行函数。options:系统选项 ?,help,help.start,apropos:帮助功能data:列出数据集

统计计算

一、统计分布
每一种分布有四个函数:d――density(密度函数),p――分布函数,q――分位数 函数,r――随机数函数。比如,正态分布的这四个函数为dnorm,pnorm,qnorm,rnorm。下 面我们列出各分布后缀,前面加前缀d、p、q或r就构成函数名:
norm:正态,t:t分布,f:F分布,chisq:卡方(包括非中心)unif:均匀,exp:指数,weibull:威布尔,gamma:伽 玛,beta:贝塔lnorm:对数正态,logis:逻辑分布,cauchy:柯西,binom:二项分布,geom:几何分布,hyper:超几 何,nbinom:负二项,pois:泊松signrank:符号秩,wilcox:秩和,tukey:学生化极差
二、简单统计量
sum, mean, var, sd, min, max, range, median, IQR(四分位间距)等为统计 量,sort,order,rank与排序有关,其它还有ave,fivenum,mad,quantile,stem等。
三、统计检验
R中已实现的有chisq.test,prop.test,t.test。
四、多元分析
cor,cov.wt,var:协方差阵及相关阵计算biplot,biplot.princomp:多元数据biplot图cancor:典则相关 princomp:主成分分析hclust:谱系聚类 kmeans:k-均值聚类cmdscale:经典多维标度其它有dist,mahalanobis,cov.rob。
五、时间序列
ts:时间序列对象 diff:计算差分 time:时间序列的采样时间 window:时间窗
六、统计模型
lm,glm,aov:线性模型、广义线性模型、方差分析

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rm(list = ls())

#清空控制台所有向量

setwd("D:/ziliao/zhuanye/R bear/R code")

#设置工作目录

library(Biostrings)

#调用程序包

aa <- AAString("LANDEECQW")

#将一个字符向量转化成氨基酸序列aa

typeof(aa)

#查看aa类型

 

[1] "S4"

#aaS4方法类型

write(aa,"chuana.txt")

#尝试将aa输出到文件chuana.txt

 

错误于cat(list(...), file, sep, fill, labels, append) :

  cat目前还不能处理1(种类为'S4')参数  

#错误信息表明不能输出

aa=as.character(aa)

#aa转化为字符向量

write(aa,"chuana.txt")

#再次输出,成功

 

就这么简单,祝您科研愉快!

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