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RSS订阅原创 Circos作图
Circos作图写在前面当矩形图无法满足要求的时候，我们就要掰弯它。circos图是出现在各大期刊上的概率大大提高了，这不仅仅因为它好看，其次Circos还能同时展示出不能类型的数据。一、Circos的安装1、conda安装通过conda search circos，我们可以看到有很多个circos版本，因此我们无论安装哪个版本都是可以的。conda软件的安装在前面的文章中已经具体讲解。[外链图片转存失败,源站可能有防盗链机制,建议将图片保存下来直接上传(img-iGohKlon-1615
2021-03-10 16:37:20
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原创 词云图
词云图词云图，也叫文字云，是对文本中出现频率较高的“关键词”予以视觉化的展现，词云图过滤掉大量的低频低质的文本信息，使得浏览者只要一眼扫过文本就可领略文本的主旨。接下来我们讲教您怎么绘制这样NB的词云图1、模块的安装pip install chardetpip install jiebapip install PILpip install wordcloud2、模块的导入import chardetimport jiebaimport numpy as npfrom PIL imp
2021-03-10 16:36:14
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原创 breakdancer安装过程中报错信息解决方法——SV结构变异
一、安装breakdancer1：在安装breakdancer之前必须先安装以下几个包yum安装以下包：yum -y install perlyum install perl-ExtUtils-CBuilder perl-ExtUtils-MakeMaker接着安装以下包GD-1.18、GDGraph-1.44、GDGraph-histogram-1.1、GDTextUtil-0.86...
2018-12-14 16:34:34
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原创 使用2+3代（nanopore)数据进行基因组的组装
基因组组装准备工作基因组组装一般分为三个层次，contig, scaffold和chromosomes。contig表示从大规模测序得到的短读(reads)中找到的一致性序列。组装的第一步就是从短片段(pair-end)文库中组装出contig。进一步基于不同长度的大片段(mate-pair)文库，将原本孤立的contig按序前后连接，其中会调整contig方向以及contig可能会存在开口(...
2018-11-30 15:39:20
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原创 使用Python计算fasta文件的序列长度
使用Python计算fasta文件的序列长度在这里插入代码片使用Python计算fasta文件的序列长度#！/usr/bin/python#-- coding:utf-8 --import sysf = open(sys.argv[1],‘r’)out = open(sys.argv[2],‘w’)def chr_length(infile,outfile):f = open(sy...
2018-11-30 15:29:38
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空空如也
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