breakdancer安装过程中报错信息解决方法——SV结构变异

一、安装breakdancer
1：在安装breakdancer之前必须先安装以下几个包

yum安装以下包：

yum -y install perl

yum install perl-ExtUtils-CBuilder perl-ExtUtils-MakeMaker

接着安装以下包

GD-1.18、GDGraph-1.44、GDGraph-histogram-1.1、GDTextUtil-0.86、Math-CDF-0.1、Statistics-Descriptive-3.0100

以GD-1.18为例，其他同：

cd GD-1.18

perl Makefile.PL

make

make install

2、下载breakdancer-1.1.2_2013_03_08.zip
3、安装samtools
安装samtools之前先解压下载好的breakdancer-1.1.2_2013_03_08.zip，查看Makefile中要求的samtools版本

all:
g++ -g -Wall -O2 -I/Users/kchen3/pkg/samtools/samtools-0.1.6 BreakDancerMax.cpp AlnParser.cpp Poisson.cpp -o breakdancer-max -lm -lz -L/Users/kchen3/pkg/samtools/samtools-0.1.6 -lbam

默认要求是samtools-0.1.6，因为这个版本是已经编译好的，所以你安装的breakdancer的时候会报错，会找不到sam.h等一些头文件

因此
建议安装samtools-0.1.