mimiciii安装物化视图（ccs_diagnosis_table.sql解压gz文件失败）使用SQL Shell导入数据表

安装mimiciii物化视图，执行ccs_diagnosis_table.sql文件时，出现如下错误：

 通过以下步骤成功解决问题。

第一步：找到该压缩文件（.gz)进行压缩，然后会得到一个.csv文件

第二步：将这个csv文件手动导入到mimiciii数据库里

（如果表中部分数据丢失，可以通过语句清空该表的数据但是保留结构）

truncate table table_name

 然后再按照以下方法导入表；

首先在mimiciii数据库中创建一个跟这个表相同结构的表且名称相同；

注意：每一列的类型一定要是character varying，而不是character varying[]！！！

 然后打开SQL Shell，

设置select路径，我的路径是mimiciii_clinical

 下面就开始导入ccs_multi_dx.csv，输入以下命令：

 \copy ccs multi dx (icd9 code, ccs levell, ccs groupl, ccs_level2, ccs_group2,ccs level3,ccs group3, ccs_level4,ccs_group4) from'自己的文件路径/ccs_multi_dx.csv’  with csv header delimiter ',' encoding 'UTF8';

成功导入。

第三步：修改ccs_diagnosis_table.sql文件中的命令（就是一开始报错的sql文件）

把报错的一行：COPY ccs_dx (icd9_code, ccs_level1, ccs_group1, ccs_level2, ccs_group2, ccs_level3, ccs_group3, ccs_level4, ccs_group4) FROM PROGRAM 'gzip -dc ccs_multi_d_x.csv.gz' CSV HEADER;

修改为

INSERT INTO ccs_dx(icd9_code, ccs_level1, ccs_group1, ccs_level2, ccs_group2, ccs_level3, ccs_group3, ccs_level4, ccs_group4) select icd9_code, ccs_level1, ccs_group1, ccs_level2, ccs_group2, ccs_level3, ccs_group3, ccs_level4, ccs_group4 from ccs_multi_dx;

重新执行sql语句，就会显示成功。