生物信息,Perl
zhu_si_tao
这个作者很懒,什么都没留下…
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写一个Perl包来负责流程调用软件
Perl流程中会涉及到很多软件的调用,如果直接把软件的路径写到主程序中,可以执行(my$blastall="/opt/blc/genome/bin/blastall"; );但是碰到复杂的流程时,其中的软件调用很多时,我们一个个写软件的路径也是可以执行的,但是如果软件的路径不存在了,或者软件更新了,那么麻烦就来了,要重头到尾找软件的路径并修改;现在有一个解决方法,就是将软件的路径写入到转载 2017-02-10 16:17:50 · 1051 阅读 · 0 评论 -
群体遗传学---admixture软件快速群体分群
群体遗传学中测的很多个个体,得到了最终的SNP vcf文件,需要将其分成群体,看那几个物种聚在一起,一般使用的软件就是STRUCTURE,但是STREUTURE运行速度极慢,后面frappe软件提升了速度,但是也不是很快;admixture凭借其运算速度,成为了主流的分析软件。admixture 软件一共分为5步:# step 1/USER/zhusitao/Software/vcft原创 2017-08-22 16:18:08 · 15055 阅读 · 6 评论 -
python,perl和R模块的安装
Python,Perl和R,作为生物信息的主要语言,应用十分广泛;主要原因就是这三种语言有丰富的包,这些包可以运用特定的方法,实现特定的功能!一.Pythonpython 是这三种的支持面向对象最好的语言,第三方包也是最多的。1.Python包安装方式一pip install package;pip是Python官方用来管理包的一个模块,在Python的官方版本中默认安装2.a原创 2017-09-04 13:13:10 · 5021 阅读 · 0 评论 -
sam文件学习1
1.FLAG说明 Each bit in the FLAG field is defined as:0x0001 p the read is paired in sequencing0x0002 P the read is mapped in a proper pair0x0004 u the query sequence itself is unmapped0x0008 U the转载 2017-10-30 12:45:37 · 561 阅读 · 0 评论