多重假设检验与Bonferroni校正、FDR校正

总结起来就三句话:
(1)当同一个数据集有n次(n>=2)假设检验时,要做多重假设检验校正
(2)对于Bonferroni校正,是将p-value的cutoff除以n做校正,这样差异基因筛选的p-value cutoff就更小了,从而使得结果更加严谨
(3)FDR校正是对每个p-value做校正,转换为q-value。q=p*n/rank,其中rank是指p-value从小到大排序后的次序。
举一个具体的实例:
我们测量了M个基因在A,B,C,D,E一共5个时间点的表达量,求其中的差异基因,具体做法:
(1)首先做ANOVA,确定这M个基因中有哪些基因至少出现过差异
(2)5个时间点之间两两比较,一共比较5*4/2=10次,则多重假设检验的n=10
(3)每个基因做完10次假设检验后都有10个p-value,做多重假设检验校正(n=10),得到q-value

(4)根据q-value判断在哪两组之间存在差异


通过T检验等统计学方法对每个蛋白进行P值的计算。T检验是差异蛋白表达检测中常用的统计学方法,通过合并样本间可变的数据,来评价某一个蛋白在两个样本中是否有差异表达。
但是由于通常样本量较少,从而对总体方差的估计不很准确,所以T检验的检验效能会降低,并且如果多次使用T检验会显著增加假阳性的次数。
例如,当某个蛋白的p值小于0.05(5%)时,我们通常认为这个蛋白在两个样本中的表达是有差异的。但是仍旧有5%的概率,这个蛋白并不是差异蛋白。那么我们就错误地否认了原假设(在两个样本中没有差异表达),导致了假阳性的产生(犯错的概率为5%)。
如果检验一次,犯错的概率是5%;检测10000次,犯错的次数就是500次,即额外多出了500次差异的结论(即使实际没有差异)。为了控制假阳性的次数,于是我们需要对p值进行多重检验校正,提高阈值。

方法一.Bonferroni
“最简单严厉的方法”
例如,如果检验1000次,我们就将阈值设定为5%/ 1000 = 0.00005;即使检验1000次,犯错误的概率还是保持在N×1000 = 5%。最终使得预期犯错误的次数不到1次,抹杀了一切假阳性的概率。
该方法虽然简单,但是检验过于严格,导致最后找不到显著表达的蛋白(假阴性)。
方法二.FalseDiscovery Rate
“比较温和的方法校正P值”
FDR(假阳性率)错误控制法是Benjamini于1995年提出的一种方法,基本原理是通过控制FDR值来决定P值的值域。相对Bonferroni来说,FDR用比较温和的方法对p值进行了校正。其试图在假阳性和假阴性间达到平衡,将假/真阳性比例控制到一定范围之内。例如,如果检验1000次,我们设定的阈值为0.05(5%),那么无论我们得到多少个差异蛋白,这些差异蛋白出现假阳性的概率保持在5%之内,这就叫FDR<5%。
那么我们怎么从p value 来估算FDR呢,人们设计了几种不同的估算模型。其中使用最多的是Benjamini and Hochberg方法,简称BH法。虽然这个估算公式并不够完美,但是也能解决大部分的问题,主要还是简单好用!
FDR的计算方法
除了可以使用excel的BH计算方法外,对于较大的数据,我们推荐使用R命令p.adjust。


1.我们将一系列p值、校正方法(BH)以及所有p值的个数(length(p))输入到p.adjust函数中。
2.将一系列的p值按照从大到小排序,然后利用下述公式计算每个p值所对应的FDR值。
公式:p * (n/i), p是这一次检验的pvalue,n是检验的次数,i是排序后的位置ID(如最大的P值的i值肯定为n,第二大则是n-1,依次至最小为1)。
3.将计算出来的FDR值赋予给排序后的p值,如果某一个p值所对应的FDR值大于前一位p值(排序的前一位)所对应的FDR值,则放弃公式计算出来的FDR值,选用与它前一位相同的值。因此会产生连续相同FDR值的现象;反之则保留计算的FDR值。
4. 将FDR值按照最初始的p值的顺序进行重新排序,返回结果。
最后我们就可以使用校正后的P值进行后续的分析了。

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