zrc_xiaoguo的博客

进化树揭示了物种之间的演化关系和共同祖先，帮助科学家理解不同物种是如何从共同的祖先分化出来的。这对于研究物种起源、分布和生物多样性至关重要。： 通过构建进化树，研究人员可以追踪生物类群的历史变迁和演化路径，包括物种形成、灭绝、迁移和适应性辐射等事件。： 进化树中的节点通常与时间尺度相关联，通过对分子数据（如DNA序列）进行分析，可以估算物种分化的年代和速率，以及关键的演化事件发生的时间。

S.PhyloMaker是一款用于生物系统学研究的软件工具，主要用于构建和分析种系发生树（也称为进化树）。

V.PhyloMaker2是一个R语言的工具包，专门用于构建和分析生物系统学中的进化树（也称为系统发育树或phylogenetic tree）。以下是对V.PhyloMaker2的一些基本介绍和使用说明：

NGLess可以作为一个通用的工具平台，支持用户自定义分析流程，集成不同的分析工具和算法，根据研究需要进行灵活的分析和处理。准备数据：获取并准备用于分析的原始测序数据。质量控制和过滤：对原始数据进行质量控制、去除低质量序列和去除宿主DNA等。人类肠道宏基因组分类：对数据进行分类，识别宿主肠道微生物。功能注释：对宏基因组数据进行功能注释，识别和分析肠道微生物的功能特征。

尽管这个工具已经暂停后续开发，但其工具功能还是挺好的，大家可以参考一下，尤其对于喜欢自定义开发流程的可以参考是流程。MOCAT 2（Meta'omic Analysis Toolkit 2）是一个用于宏基因组和宏转录组数据分析的工具集，旨在处理和分析来自各种环境样品（如土壤、水体、肠道等）的宏基因组学和宏转录组学数据。它提供了一系列功能模块，涵盖了数据预处理、序列比对、装配、功能注释和分析等方面。官网：MOCAT2github：GitHub - mocat2/mocat2: Latest MOCAT2 ve

先看图再看帮助信息Modules:MetaWRAP提供了一系列工具模块，可用于处理从环境样品中获得的大规模DNA序列数据。Quality Control（质量控制）功能：这个步骤用于检查和修剪原始序列数据，去除低质量序列、接头序列或污染序列，确保后续分析的数据质量。MetaWRAP模块。Assembly（组装）功能：将碎片序列组装成较长的连续序列（contigs），有助于获得更完整的微生物基因组信息。MetaWRAP模块，使用组装器如MEGAHIT、metaSPAdes等。

MetaWRAp（Metagenomic Workflow for Assembly, binning, and annotation）是一个用于处理宏基因组学数据的工具，包括元组装、分箱（binning）、基因组注释等功能。：首先确保已经安装了 MetaWRAp 工具。你可以通过官方的 GitHub 页面（：准备你的宏基因组学数据，包括原始测序数据（fastq 或者 fasta 格式）以及进行元组装得到的 contigs 或 scaffolds。

q2cliq2-dada2q2-deblurq2-demuxq2-emperorq2-taxaq2-typesq2-vsearchq2-diversity-lib是QIIME 2的一个插件，用于计算多样性指数和样本间的差异。它基于多种生物多样性指标来评估微生物群落的多样性，并允许用户进行统计比较和可视化。

MetaPhlAn4安装方法：202310-宏基组学物种分析工具-MetaPhlAn4安装和使用方法-Anaconda3- centos9 stream-CSDN博客文章浏览阅读1.1k次。MetaPhlAn 4是一种基于DNA序列的微生物组分析工具，它能够从宏基因组测序数据中识别和分离微生物的组成。

这个插件就是作者将这个软件做成了qiime2的插件，因此，大家可以先了解一下ITSEXPRESS 和 ITSx。akutils这个仓库比较老了，但还有很多东西是可以借鉴一下的。下面这个是新版也好几年了。

原仓库地址如下，github有时候无法访问，等一段时间再试就行：YongxinLiu/EasyMetagenome: Easy Metagenome Pipeline (github.com)相关文章，看文章更清晰这个可干啥：EasyAmplicon: An easy‐to‐use, open‐source, reproducible, and community‐based pipeline for amplicon data analysis in microbiome research - Liu -

无论哪个工具软件，无论你是否熟悉，都推荐你看一下作者原文，这样后面的步骤以及怎么使用头脑里会更清晰。MMseqs是一种快速和有效的蛋白质序列比对工具。

dbCAN（碳水化合物酶基因数据库）是一个专门用于在基因组中预测碳水化合物酶基因的在线工具。它基于隐马尔可夫模型（HMM）和BLAST搜索，能够在蛋白质序列中识别和注释不同类型的碳水化合物酶基因，包括纤维素酶、木质素酶、半纤维素酶、淀粉酶、果糖酶等等。dbCAN是一个非常有用的生物信息学工具，对于研究纤维素生物转化、生物能源、生产生物基化学品等领域的研究具有重要意义。Run_dbCAN是一个用于预测生物信息学中的碳水化合物活性酶的工具。它用于分析基因组或转录组数据，以识别编码碳水化合物活性酶的基因。

报错未安装cmdstanr安装包官网详细介绍：R Interface to CmdStan • cmdstanrhttps://mc-stan.org/cmdstanr/以下是在R中安装CmdStanR的步骤： 例如gcc。如果您已经安装了C++编译器，则可以跳过此步骤。可以使用以下命令安装：3. 下载CmdStanR安装包。 可以从以下网址下载：https://mc-stan.org/users/interfaces/cmdstanr。在R中运行以下命令：

VSEARCH是一个开源免费的64位，无内存限制的扩增子数据处理分析软件。（点到为止，其他的建议大家参考原文献和网站)

VSEARCH是一个开源免费的64位，无内存限制的扩增子数据处理分析软件。（点到为止，其他的建议大家参考原文献和网站)最新文献：Edgar RC (2016)bioRxiv。

gurobi1003，linux64版，安装