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小果运维
个人长期从事服务器软硬件运维,熟悉windows及linux常见服务设置和bug调试,熟悉大数据管理,熟悉基于nodejs,react和express的全栈开发;长期从事生物信息学尤其是扩增子和宏基因组学方面的生物信息学分析,欢迎有意合作者骚扰。
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种系进化树分析和构建工具R工具包S.phyloMaker的介绍和详细使用方法
S.PhyloMaker是一款用于生物系统学研究的软件工具,主要用于构建和分析种系发生树(也称为进化树)。原创 2023-12-23 10:54:28 · 1759 阅读 · 0 评论 -
生物系统学中的进化树构建和分析R工具包V.PhyloMaker2的介绍和详细使用
V.PhyloMaker2是一个R语言的工具包,专门用于构建和分析生物系统学中的进化树(也称为系统发育树或phylogenetic tree)。以下是对V.PhyloMaker2的一些基本介绍和使用说明:原创 2023-12-23 05:00:00 · 3887 阅读 · 0 评论 -
基因表达差异分析R工具包DESeq2的详细使用方法和使用案例
DESeq2是一种常用的差异表达基因分析工具,可用于RNA-seq数据的差异表达分析。下面是DESeq2的详细使用步骤和全部脚本示例。原创 2023-12-20 09:51:15 · 5825 阅读 · 0 评论 -
生信分析代谢通路可视化分析R工具包ggkegg的使用案例
在此示例中,我们突出显示了由其 LFC 着色的有效边 (KO),点大小对应于网络中的度数,并显示了有效 KO 名称的边缘标签。首先,我们加载必要的数据,这些数据可以从调查 KO 的数据集中获得,这些数据是从管道中获得的,例如 .在这里,我们选择了 ,节点根据降维图中的颜色着色,两个聚类中的标记都按指定的颜色 () 着色。下面的示例将类似的反射应用于原始 KEGG 图谱,并突出显示在两种条件下都显示出统计学显着变化的基因,使用黄色外光,由 clusterProfiler 生成的组成,富集结果为。原创 2023-12-20 09:06:17 · 1559 阅读 · 1 评论 -
生物信息学R分析工具包ggkegg的详细使用方法
ggkegg 返回一个具有不同图层的 ggplot2 图表,可以使用 ggplot2 提供的其他函数对其进行定制和修改。ggkegg 是一个用于生物信息学研究的工具,可以用于分析和解释基因组学数据,并将其与已知的KEGG数据库进行比较。ggkegg 支持各种不同的基因组学数据格式,例如基因表达数据、基因注释文件等。安装和加载 ggkegg 包:首先,您需要确保已在 R 环境中安装了 ggkegg 包。函数进行进一步的定制和修改,例如添加标题、修改颜色和背景等。使用 ggkegg 函数: 使用。原创 2023-12-20 08:37:15 · 1623 阅读 · 0 评论