医学图像处理相关代码分享

github链接为：https://github.com/zuzhiang/MedicalImageProcess

数据很杂，就懒得逐一整理了，很多都是实验性的，可能存在问题，不过好久没弄也忘得差不多，有问题的话还请大家自行阅读代码解决吧，下面只把每个文件是做什么用的大体说一下：

• phi：
  • my_show_grid.py：先产生规则的网格图片，然后使用STN根据读入的形变场对其变形
  • show_grid.py：读入形变场的.nii文件，然后生成可视化的形变场图片
• show_nii：
  • show_nii.py：展示三维的.nii图像
  • show_nii3.py：同时展示三维的.nii格式的器官、器官分割mask、病灶分割mask图像
• ants.py：使用ANTs包内的SyN对图像进行配准
• antspy.py：使用基于python版的ANTs——antspy对图像和其对应的标签同时进行配准
• CBAM：CBAM注意力模块的实现
• crop_resize.py：先找到包含脑部区域的最小矩形框，然后手动计算矩形框的大小（每一维应该是16的倍数），然后用已经注释掉的部分进行resize
• data_augmentation.py：数据增强的代码，包括B样条采样、反转、平移、缩放、旋转、灰度值均衡化等，但B样条采样貌似有问题
• dcm2nii.py：将dcm格式的三维图像转换为.nii格式的
• FreeSurfer+FSL.py：先用FreeSurfer对脑部图像进行颅骨剥离，然后用FSL对图像和标签同时进行仿射对齐
• FreeSurfer.py：用FreeSurfer对脑部图像进行颅骨剥离
• image_combine_example.py：别人给的，没用过
• img2nii.py：将.img格式的三维图像转化为.nii格式的
• jacobian.py：计算形变场的雅克比行列式
• resize_img.py：对图像进行resize
• tor_datagenerators.py：基于pytorch的数据生成器