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原创 PyMOL渲染
阅读本文需要15min1.找到小分子周围的残基2.将显示的残基新建为一个对象2.小分子单独设置为一个对象3.将残基显示为Sticks格式4.显示氢键:找到小分子对象5.氢键键长:找到自动生成的氢键对象6.修改标签大小7.隐藏标签:找到自动生成的氢键对象手动显示键长:Wizard—measurment—依次选择两个原子8.增强小分子的显示:小分子对象—S—as下图为几种格式显示9.标记氨基酸:选择相应残基对象拖动标签到相应位置:右下角点击Mouse mode.
2022-03-29 16:28:18 1420
原创 分子模拟对接教程—带你从 0 到 1
阅读本文大概需要30分钟1. 软件安装1). 需要安装转件名称:AutoDock:http://autodock.scripps.edu/mgltools:http://mgltools.scripps.edu/downloadsOpenBabel:http://openbabel.org/wiki/Category:InstallationPyMOL:https://vina.scripps.edu/Python(3.0版本)上述安装包除PyMOL外均可免费安装,如果在相关论文中使用了.
2022-01-28 15:58:45 9978 10
原创 NCBI数据库—上传16S rRNA测序数据
NCBI上传16S rRNA测序数据1.登陆NCBI官网NCBI官网链接2.选择上传序列类型上传16S rRNA测序数据,直接选16S rRNA就可以,然后弹出上传数据集的类型,选择SRA3.注册NCBI账号选择SRA后,会弹出如下的一些提示信息,直接选择submit即可;3.1 进入提交信息页面进入正式提交信息的页面;注意此处的“My submissions”选项,注册完账号后,仍需返回这里3.2 注册NCBI账号选择右上角的登陆账号—>选择ORCID登陆/注册(已经申请
2021-09-30 21:42:22 11522
原创 window 下载 SRA Toolkit 安装使用以及格式转化
SRA下载及安装1、简介SRA(Sequence ReadArchive)数据库是用于存储二代测序的原始数据,包括 454,Illumina,SOLiD,IonTorrent,Helicos 和 CompleteGenomics。除了原始序列数据外,SRA现在也存在raw reads在参考基因的比对信息。根据SRA数据产生的特点,将SRA数据分为四类:Studies-- 研究课题Experiments-- 实验设计Runs-- 测序结果集Samples-- 样品信息SRA中数据结构的层次关系
2021-09-10 16:32:21 12787 6
空空如也
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