分子模拟对接教程—带你从 0 到 1

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1. 软件安装

1). 需要安装转件名称：
AutoDock：http://autodock.scripps.edu/
mgltools：http://mgltools.scripps.edu/downloads
OpenBabel：http://openbabel.org/wiki/Category:Installation
PyMOL：https://vina.scripps.edu/
Python（3.0版本）
上述安装包除PyMOL外均可免费安装，如果在相关论文中使用了PyMOL进行三维结构呈现，但是您所在单位并没有购买此款软件，那么可能会面临官方的追责和罚款，因此可以使用响应的Vina py包，直接调取命令进行拼接。当然上述安装包，我已经上传到了百度网盘，就不需要大家一次下载了。

链接：https://pan.baidu.com/s/1PzHfd3P_C1JMkt5bkMuV3w
提取码：b2xw

2)创建工作环境
上述软件安装完毕后，我们需要选择一个盘设置一个AutoDock工作环境，以后就在该文件夹下进行分子对接，我这里设置在了D盘，新建一个名称为AutoDock的工作环境。找到AutoDock的安装文件，会发现下面两个文件，如果你没有更改安装路径，你的可能会在C:\Program Files (x86)\The Scripps Research Institute\Autodock\4.2.6 。然后将这2个文件复制到新建的D:\Autodock中。

同样，找到安装mgltools软件的目录，将adt.bat这个文件复制上述建立的工作环境D:\Autodock\文件中。同样如果你安装是按照默认路径安装，mgltools安装路径应该是：C:\Program Files (x86)\MGLTools-1.5.6。

3) 设置工作路径

打开AutoDock，按照下图顺序操作，找到修改工作路径的操作界面

在Startup Directory中粘贴前面自己构建的工作路径，我的是D:\Autodock\，这里就输入D:\Autodock，然后点击Make Default。就设置好默认的工作路径了，后面我们需要对接的配体分子和蛋白分子以及对接模拟结果均放在这个文件夹下面操作。

2. 选择蛋白质受体

获取蛋白质三级结构最直接的办法就是去PDB 搜索：http://www.rcsb.org/。