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原创 如何制作自己的R包
使用Rstudio，点击创建新的R Package，给你要创建的包名与路劲。点击Create Project，会有下面几个文件产生。其中R文件夹保存的你的脚本。最后build and reload 就大公告成。如果想让其他用户可以安装，可以build binary Package，build SourcePackage，会在你的工程路劲产生两个压缩文件，使用install.pa...
2019-12-05 10:44:15
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原创 Python Pandas数据框的排序
按某列大小排序#df.sort(["importance"],ascending=False)df.sort_values(["importance"],axis=0,ascending=False)axis=0：按行排序ascending=True：升序为TRUE，降序为False。sort方法可能会报错，AttributeError:‘DataFrame’ object has no attribute ‘sort’需要将“sort”改为“sort_values”。按行索引值排序df.
2021-08-09 14:24:29
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原创 GSVA基因集变异分析结合limma包分析差异基因集
gsva基因集变异分析,是一种非参数的无监督分析方法，主要用来评估芯片和转录组的基因集富集结果。通过将基因在不同样品间的表达量矩阵转化成基因集在样品间的表达量矩阵，从而来评估不同的代谢通路在不同样品间是否富集。简单来说就是研究这些感兴趣的基因集在不同样品间的差异，或者寻找比较重要的基因集。核密度估计秩统计量计算获取GSVA富集分数linear model...
2021-06-21 14:49:18
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原创 python pandas 重置数据框索引
data = data.reset_index(drop = False)如果不想原来的索引添加到列，设置drop为True。
2020-03-10 19:52:56
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原创 如何解决梯度消失和梯度膨胀？
如何解决梯度消失和梯度膨胀？（1）梯度消失：根据链式法则，如果每一层神经元对上一层的输出的偏导乘上权重结果都小于1 的话，那么即使这个结果是 0.99，在经过足够多层传播之后，误差对输入层的偏导会趋于 0。可以采用 ReLU 激活函数有效的解决梯度消失的情况。（2）梯度膨胀：根据链式法则...
2019-12-20 17:57:03
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原创 STAR建索引内存不够
STAR建索引内存不够，我们服务器100多G的内存居然不够，这是什么鬼，STAR版本STAR-2.5.2b。调整你的limitGenomeGenerateRAM参数就可以了。STAR--runThreadN 40--runMode genomeGenerate--genomeDir ./star_index--genomeFastaFiles GRCh38.p13.genome...
2019-12-20 16:27:08
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空空如也
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