3D MRI brain tumor segmentation using autoencoder regularization

摘要：

问题：

3DMRI 脑肿瘤分割

方法：

描述了一个编码器解码器的结构，由于训练数据集大小有限，添加变分自动编码器分支以重建输入图像本身，以便使共享解码器正规化并对解码器层施加额外约束。

结果：

2018年挑战第一名

 

介绍：

前面描述的是脑肿瘤等级，以及介绍数据集

贡献：

1.在这项工作中，我们描述了我们用于多模式3D MRI的体积3D脑肿瘤分割的语义分割方法，该方法赢得了BraTS 2018挑战。

2.我们遵循CNN的编码器 - 解码器结构，使用非对称大型编码器来提取深度图像特征，并且解码器部分重建密集分割掩模。

3.我们还将变分自动编码器（VAE）分支添加到网络以与分段一起重建输入图像，以便使共享编码器正规化。 在推理时，仅使用主分段编码 - 解码器部分。

相关工作：

2017年brats:

1.讲到了EMMA，brats2017的第一名，

2.讲到了Wang等人用的逐级分割网络，第二名（大的编码器，和小的解码器，跟本文类似）

2018年brats:

1.Isensee et al. [12]第二名（证明了只要对Unet进行一个小的修改，就可以得到一个有竞争力的结果）

2.McKinly et al. [17] and Zhou et al. [23]共享第三名

共同点：

这些作者使用了128x128x128的块，batchsize为2，另外这些作者还使用了自己的一些额外的数据集，这些对enhancing部分有一定的提升

我们的网络：

我们使用的块比他们的都大，160x192x128,batchsize为1为了适应GPU的内存，我们输出3个肿瘤的子区域，直接用sigmoid，我们不用几个网络的集成，或者用softmax进行多分类，我们用一个额外的分支去正则化解码器，我们没有使用额外的训练集.

方法：

整体描述：

使用了重编码器，小的解码器来分割，还加入了一个重建图像的解码器（用来让编码器更好的提取特征，这里不是特别懂，为什么加重建就能更好的提起特征呢？不一定吧，这个多任务学习应该是它自己试出来的吧）

编码器部分:

使用了Resnet的跳跃连接层，每两个卷积层，使用一次残差块，后面加上relu和 group normalization。我们遵循常见的CNN方法逐步缩小图像尺寸（2倍的下采样），同时将特征宽度增加2，为了缩小尺寸，所有卷积均为3x3x3，初始滤波器数等于32.编码器最后的特征大小为256x20x24x16，并且在空间上比输入图像小8倍。

解码器部分：

解码器结构类似于编码器结构，但是都是单个block(指的应该不是像解码器那样，两个卷积块加残差组成一个block)。 每个解码器将特征数量减少2倍（使用1x1x1卷积）并将空间维度加倍（使用3D双线性上采样），然后加上编码器的输出(feature map大小相等的层)。 解码器的末端具有与原始图像相同的空间大小，并且特征的数量等于初始输入特征大小，接着是1x1x1卷积成3个通道和Sigmoid函数（应该是3个通道，每个通道对应一个sigmoid值，最后判断哪个概率最大选哪个）。

变分解码器部分(图像重建部分):

从编码器末端输出开始，我们首先将输入减少到256的低维空间（计算出来均值方差，128表示平均值，128表示std）。然后，从具有给定均值和标准的高斯分布中抽取样本，并且 按照与解码器相同的架构重建为输入图像维度，不使用来自编码器的跳跃连接。 VAE部件结构如表1所示。

LOSS：

loss使用的是分割损失加L2正则化，加高斯分布的KL散度如下图所示：

结果以及实验设置：

数据集：

Brats2018, 285个样本(210HGG和75LGG)，大小240x240x155

测试集：

191个样本

类别：the enhancing tumor, the peritumoral edema, and the necrotic and non-enhancing tumor core.(3类)

预处理以及优化详见原文：https://arxiv.org/abs/1810.11654v1

训练：

1. 随机采样160x192x128，确保大部分图像内容包括在里面，
2. 多模型集成：(与2017年EMMAl类似，采用了其中的方法)
3. 沿着3D轴做镜像翻转:
4. 平均8个翻转的分割概率，
5. 最后集成了10个模型，得到最后的结果

这么做确实有提升（1%）

 实验结果：

验证集：

测试集：

时间：

1. 每一个epoch(285个样本)，花费时间9分钟 显卡为（NVIDIA Tesla V100 32GB）.训练300个epoch需要两天时间.
2. 如果在NVIDIA DGX-1服务器上训练，(包括8块V100)，只需要6个小时，比单模型快了7.8倍
3. 测试的时候0.4秒一个样本