Brian开源框架学习笔记
文章平均质量分 60
open star rain
这个作者很懒,什么都没留下…
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Brian2开源框架学习笔记----6.不应期
在启用不应期的定义前,我们需要注意的是:当我们定义神经元的微分方程的时候,需要在定义微分方程的后面加一个(unless refractory),否则程序将会报错。或者,它也可以是以计算时间为结果的字符串表达式。该表达式将在每次峰值后进行计算,并允许不同的不应期。比如说,以下的定义将允许不应期的时长在1ms到3ms之间。因为峰值的输入非常稳定,所以在两个峰值之间并没有发现不应期有什么变化。如果说我们想对不同神经元的不应期进行建模,我们需要声明一个状态变量。把适应机制用在此输入上,看看效果:……原创 2023-11-02 02:52:48 · 62 阅读 · 1 评论 -
Brian2开源框架学习笔记----1.导入Brian
你将不仅可以访问brian2的类和函数,还可以访问pylab包中的一切,在pylab包中,包含了matplotlib中的画图函数和numpy/scipy中的一切(例如arange函数和linespace函数)。除此之外,当你使用通配符导入,内嵌input函数会被brian2包的input函数遮盖。在安装完成之后,Brian在Brian2包中是可用的。原创 2023-10-27 19:04:11 · 44 阅读 · 1 评论 -
Brian2开源框架学习笔记----4.数值积分
在某些情况下,由于无法预先确定参数的选择,自动选择集成方法将是不合适的。默认情况下使用可调整的时间步长。'gsl':当选择使用GNU科学库ODE求解器对方程进行积分时,默认积分器:rkf45方法。'gsl_rkck':使用GSL的Runge-Kutta Cash-Karp方法。'gsl_rk8pd':龙格-库塔王子-多蒙德方法使用GSL。'gsl_rk2':使用GSL的二阶龙格-库塔法。'gsl_rk4':使用GSL的四阶龙格-库塔法。'exact':线性方程的精确积分(另一个名字:'linear')原创 2023-11-01 22:34:49 · 52 阅读 · 1 评论 -
Brian2开源框架学习笔记----2.物理单位
为了方便,一些额外的缩写也可以用,比如cm(代替cmetre/cmeter),nS(代替nsiemens),ms(代替msecond),Hz(代替hertz),mM(代替mmolar)。为了避免和一些常规的变量名称冲突,一个字母的简写是不提供的,比如,你可以使用mV和nS,但不可以用V和S。两个特例:kilogram不被其他前缀定义,meter和metre可以额外的用“centi”前缀定义(比如cmetre/cmeter)。你可以通过将标量/矢量和物理单位相乘来获得物理量。candela 坎德拉。原创 2023-10-27 19:50:00 · 40 阅读 · 1 评论 -
Brian2开源框架学习笔记----3.模型和神经元组
有时,只对子表达式求值一次,然后在余下的时间步中使用该值是有用的。这个标志对于引用有状态函数的子表达式是强制性的,例如,它允许使用StateMonitor记录它们,否则监视器将记录一个与方程中使用的随机数不同的随机数实例。请注意,使用共享变量有几个限制:它们不能在语句只应用于神经元子集的上下文中被写入(例如reset语句,见下文)。Brian使用物理学家在朗格万方程中使用的符号,将噪声表示为一项ξ(t),而不是数学家的随机微分。一般来说,指引的是索引从到的神经元,就像在Python中一样。原创 2023-10-28 01:48:40 · 99 阅读 · 1 评论 -
Brian2开源框架学习笔记----5.方程式
复合单位也是被允许的,比如说:farad/meter**2。这里还有很多特殊的'units'可以被用到:"1"可以表示无量纲浮点变量,"boolean"和"integer"表明相应种类的无量纲变量。为了进行区分,可以使用任意后缀,例如,多次使用xi_1指代同一个变量,而xi_2(或xi_inh、xi_alpha等)指代另一个变量。Brian模型通常是由一阶微分方程系统定义的,但有时候我们可能会在教科书和论文中看到突触的积分形式。一些特殊的变量已经定义了,比如t,dt(时间)和xi(白噪声)。原创 2023-11-01 23:48:55 · 46 阅读 · 1 评论