用Conda安装和配置Brian的一些命令

Brian的安装(建议在建好的单独的环境中安装，详情见环境的配置)

打开Conda命令行。

安装brian,输入如下命令行:

conda install -c conda-forge brian2

Tips: We have to install it from the conda-forge channel. 

等待安装，过程稍久。

输入y，并运行（如果后面的步骤中出现Proceed（【y】/n）？都选y即可）。

输入如下命令行：

conda config --add channels conda-forge

Tips: This has only to be done once. After that, you can install and update the brian2 packages as any other Anaconda package.

输入如下命令行：

conda install brian2

就可以安装brian2了，在安装成功后，我们可以安装一些其他的有用的包。

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其他有用的工具包的安装

输入如下命令行：

conda install matplotlib pytest ipython notebook

我们还可以看一看brian2tools的包，这个包里包含一些有用的函数，可以使得brian2的仿真和记录更加的可视化。因为现在它并没有包含在Conda频道中，所以你可以从Brian的频道中安装。

输入如下命令行：

conda install -c brian-team brian2tools

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环境的配置

我们需要配置环境，从而让brian可以在独立的环境中运行起来，而不受到其他环境的干扰。

验证Conda是否安装和运行在你的系统中通过以下命令：

conda --version

因为我现在用的电脑我没有管理员权限，所以我只能在Anaconda的命令行里运行这个命令来验证。我所有的脚本也只能在Anaconda里面运行，不可以用windows系统中的。如果你拥有管理员权限，可以在windows的命令行中实现。

如果你觉得conda的版本老旧，可以通过以下命令实现更新conda：(本人亲测，运行完这个命令我的Anaconda宕机了，需要重新安装。。。不知道问题出在哪里了)

conda update conda

建立一个新环境，并给新环境命名,安装包。在如下示例中，我将给新环境命名为SNN_test，并安装brian2包。输入如下命令：

conda create --name SNN_test brian2

建立完新环境之后，我们需要激活这个环境，输如下命令行：

conda activate SNN_test

在激活环境之后，我们就可以在anaconda navigator的界面中看见我们所创建的环境SNN_test：

在命令行处，我们也可以看见带有（SNN_test）字样。这时候，我们可以配置SNN_test的环境。我们可以通过anaconda navigator界面进行配置，也可以通（SNN_test）的命令行配置。我更喜欢用界面配置python版本，再用命令行配置包，加载进去一些我们需要的包。

如果我们想看到我们现在拥有的所有的环境，我们可以输入如下命令行：

conda info --envs

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关于Spyder的配置

因为我想用Spyder运行Brian2，所以需要进行如下配置。如果你更喜欢用juypter notebook，步骤会和下面的不一样。以下步骤有的是借鉴别人的贴子，所以每个人运行起来情况不一样。

spyder --reset

conda uninstall spyder

conda unistall spyder这个代码我没有运行成功，显示我的环境中并没有spyder包，所以这个步骤可能是为一些已经安装spyder的人准备的，至于为什么要重新卸载再安装我也不知道，可能是会更稳定？反正可以一试。对于卸载的命令语句，还有以下这一句也可以使用：

pip uninstall spyder

 然后我们可以安装spyder，命令如下：

conda install spyder

conda update spyder ipykernel tornado pyzmq

conda install spyder-kernels

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if incorrect,
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pip install spyder-kernels

打开spyder试一试：

spyder

为了保险起见，还需要在navigator界面的SNN_test环境中，点击“update index”框。

在打开spyder之后，一定要设置一下tools-->preference-->use the following python interpreter,选择建好的环境的路径。

再选择consoles-->restart kernel 即可。