一只电饭煲-CSDN博客

原创 GEO数据库获取基因表达数据

GEO数据库获取基因表达数据欢迎使用Markdown编辑器新的改变功能快捷键合理的创建标题，有助于目录的生成如何改变文本的样式插入链接与图片如何插入一段漂亮的代码片生成一个适合你的列表创建一个表格设定内容居中、居左、居右SmartyPants创建一个自定义列表如何创建一个注脚注释也是必不可少的KaTeX数学公式新的甘特图功能，丰富你的文章UML 图表FLowchart流程图导出与导入导出导入欢迎使用Markdown编辑器你好！这是你第一次使用 Markdown编辑器所展示的欢迎页。如果你想学习如何使

2022-04-01 20:00:41 13309

原创利用Cytoscape进行生物相互作用网络可视化及拓扑分析

前言本人的科研工作主要是基于基因相互作用网络开展的，所以对于网络可视化与网络的拓扑分析是十分必要的，这里主要介绍Cytoscape软件的使用，在这方面功能很全面和方便。一、Cytoscape软件下载和安装1.进入下载官网（https://cytoscape.org/download.html）直接下载即可；2.下载后直接双击安装，该软件需要JAVA运行环境，如果需要会提示下载，直接点击Download，等待下载完毕即可；3.按以下步骤依次点next，一直到finish安装完成

2022-02-28 19:17:08 10566 1

原创基因symbol和ID的转换和后续数据处理

前言在生物信息数据处理过程中，因为很多数据库的基因用的标识符不同，经常遇到基因symbol和ID转换的问题，这里主要介绍利用DAVID这个工具进行标识符之间的转换~步骤：1.进入DAVID（https://david.ncifcrf.gov/）网页2.选择Shortcut to DAVID Tools–>Gene ID Conversion3.先导入基因列表，即upload部分4.提交后，出现下图的界面，可以检查下自己的导入数据5.重复步骤2选择Shortcut to D

2021-11-18 18:12:03 9273 1

原创 R语言获取GEO表达数据

在磕盐中一开始获取GEO表达数据的方式主要是通过GEO数据库下载数据，并且还要下载平台信息，然后经过各种处理过程，比较麻烦。后来一次无意中学习到了利用R语言快速获取表达矩阵数据，十分方便。R语言代码如下：gse = getGEO("GSE53408",GSEMatrix = TRUE,destdir = ".",getGPL = T, AnnotGPL = T) //数据下载exprs = exprs(gse[[1]])//表达量矩阵fdata = fData(gse[[1]])//平台信息ex

2021-11-18 16:30:34 14958 23

原创生物信息数据库

生物信息与药物数据库前言一、生物信息学二、蛋白质相关数据库1.STRING数据库2.Uniprot数据库3.DIP数据库4.HPRD数据库二、基因相关数据库1.COXPRES db数据库2.Coexpedia数据库3.OMIM数据库三、RNA,ncRNA数据库1.miRNA相关数据库2.ncRNA相关数据库四、通路数据库1.KEGG数据库2.BioCyc数据库3.RegulonDB数据库五、基因表达数据库1.TCGA数据库2.CGGA数据库3.GEO数据库六、疾病与基因关联数据库1.DISNOR数据库2.D

2021-11-17 13:42:05 7304 1