生物信息数据库

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前言

作为一名生物信息学“磕盐”道路上的小白，虽然在学术上没有太大的突破，但是在学习过程中积累一些干货，所以突然想分享一下。那话不多说，就直接进入正题吧。
这篇文章主要总结了一些常用的生物信息数据库以及药物数据库，就本人亲身的科研经历看，在生物信息学研究中数据真的十分的重要，处理数据也是个大工程，但是这篇文章就先只总结下数据库，某些数据库的具体使用以及数据处理后面有时间会再写啦~

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生物信息学与药物治疗

生物信息学是研究生物信息的采集，处理，存储，传播，分析和解释等各方面的学科。它综合利用生物学，计算机科学和信息技术而揭示大量而复杂的生物数据所赋有的生物学奥秘。那么生物信息数据库中就存储了大量已知的研究中所需的数据和一些已有的便捷的处理工具，掌握了可以大大加快后续的研究过程。
药物治疗是现有疾病的主要治疗方式，如何针对疾病进行正确的用药就十分关键。旧药新用是一个重要的方式，但是按照以往利用临床实验去寻求旧药新用的方式是十分耗时耗力的，所以现在多利用计算机技术先对药物做一个预选，这里就需要涉及到一些药物数据库，让我们了解现已有的药物信息以及药物与生物信息之间的联系。
这篇文章中的数据库主要就是针对生物信息和药物的数据。生物信息主要包括基因，蛋白质，RNA,LncRNA，表达数据，通路等，药物信息主要是单药，药物组合，西药，中药等。

一、蛋白质相关数据库

1.STRING数据库

网址：https://string-db.org/cgi/input.pl
STRING数据库十分便于获取蛋白质相互作用网络，即可以自己输入一组蛋白质，得到相互作用网络并可视化，也可以在DownLoad模块下载完整的蛋白质相互作用网络。同时其还有蛋白质功能富集分析的功能。

2.Uniprot数据库

网址：https://www.uniprot.org/
该数据库主要提供蛋白质的序列和功能等信息资源

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3.DIP数据库

网址：http://dip.doe-mbi.ucla.edu
DIP数据库也主要是挖掘蛋白质相互网络数据的数据库，具体的可以参考论文《DIP:The database of interacting proteins》

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4.HPRD数据库

网址：http://hprd.org/index_html
HPRD数据库全称为Human Protein Reference Database，它是专门存储人类蛋白质相互作用的数据库。

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二、基因相关数据库

1.COXPRES db数据库

网址：https://coxpresdb.jp/
该数据库提供了11种动物基因共表达数据，并可以进行共表达网络可视化。

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2.Coexpedia数据库

网址：http://www.coexpedia.org/
该数据库主要包含的也是基因共表达网络数据。

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3.OMIM数据库

网址：https://omim.org/
人类孟德尔遗传病的数据库，主要关注人类变异基因和表型性状之间的关系。

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三、RNA,ncRNA数据库

1.miRNA相关数据库

miRNA接触比较少，这里只简单列举一些数据库的名称，感兴趣的自己去搜索了解哦~

1. miRbase
2. miRDB
3. miRanda
4. TargetScan
5. miRTarBase

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2.ncRNA相关数据库

1.NPInter4.0