评论

#casularm 发表于2007-03-18 12:36:33  IP: 211.138.182.*

无论何种组织或生物，大多数真核内含子遵照“GT-AG规则”，即所有内含子DNA序列的头两个核苷酸是GT，而结尾两个核苷酸是AG。
这样成对的核苷酸偶然发生的几率很高，它们对于真核生物中负责剪切的酶复合体——剪接体（spliceosomes）——不足以形成可靠的信号，所以，需要将内含子5'端和3'端的各大约6个氨基酸作为识别信号。

#casularm 发表于2007-03-18 20:08:18  IP: 211.138.182.*

聚合酶链式反应（polymerase chain reaction,PCR）依赖于对DNA聚合酶两种特性的理解。
第一，像RNA聚合酶一样，所有DNA聚合酶在DNA合成时都将新的核苷酸加到DNA链的3'端（绝不会在5'端），因此DNA合成具有明确的方向性。
第二，DNA聚合酶的工作是利用单链DNA分子的固有信息合成双联DNA分子，并且DNA聚合酶只能通过将核苷酸添加到已存在的DNA链的末端来开始DNA合成。

#casularm 发表于2007-11-03 16:29:43  IP: 220.248.229.*

美国国立卫生研究院(National Institutes of Health,NIH)的定义：
生物信息学——研究、开发或者应用计算机工具和方法来扩展对生物学、医学、行为科学和卫生数据的使用，包括获取、存储、组织、分析和可视化这些数据。
计算生物学——开发和应用数据分析和理论方法、数学建模和计算模拟技术来研究生物、行为和社会系统。

#casularm 发表于2007-11-04 11:20:14  IP: 220.248.229.*

如果两条序列有一个共同的进化祖先，那么它们是同源的。这里不存在同源性（homology）的程度问题，两条序列要么是同源的要么是不同源的。同源蛋白质总是在三维结构上有显著的相似性（similarity）。当两条序列同源时，它们的氨基酸或核苷酸序列通常有显著的一致性（identity）。
同源的蛋白质其同源性特征可能是直系同源（orthologous）或者旁系同源(paralogous)。直系同源序列是不同物种内的同源序列，它们来自物种形成时的共同祖先基因。直系同源基因被认为有相似的生物学功能。旁系同源基因是通过类似基因复制的机制产生的同源序列。
同源性中应存在两个子类。当同源是基因复制的结果，两份拷贝在一个物种的历史上是平行演化的，这样的基因应被称为旁系同源基因。当同源是物种形成的结果，基因的历史反映了物种的历史，这样的基因应被称做直系同源基因。

#casularm 发表于2007-11-04 22:01:47  IP: 220.248.229.*

可接受点突变(accepted point mutation,PAM)为在蛋白质中被自然选择接受的单个氨基酸替换。
被自然选择接受的氨基酸变化发生于：
1、一条基因发生DNA突变，该突变导致编码另一个不同的氨基酸。
2、整个物种都认可这种变化，把它作为蛋白质的主要形式。

#casularm 发表于2007-11-05 00:16:54  IP: 220.248.229.*

PAM1矩阵是基于紧密相关蛋白质序列的比对，这些蛋白质家族内的序列一致性大于85%。
PAMn矩阵是由PAM1矩阵乘以自身n次之后得到的，n值越大对比对趋异性越高的序列有用。
两种极限情况：
PAM0表示没有突变，蛋白质所有残基都高度保守。
PAM无穷大时数值与相互比较的蛋白质无关，收敛于该氨基酸出现的频率。

#casularm 发表于2007-11-05 00:33:25  IP: 220.248.229.*

PAM对数比值矩阵中的数值x表示氨基酸在正确的同源比对中比对在一起的频率是这些氨基酸随机比对在一起的频率的10的x/10次方倍，即对应氨基酸取代是随机频率的10的x/10次方倍。

#casularm 发表于2007-11-05 00:44:35  IP: 220.248.229.*

不同的打分矩阵对不同相关程度的蛋白质序列（DNA序列）的敏感性不同。

#casularm 发表于2007-11-05 15:41:17  IP: 218.22.21.*

结构域(domain)是蛋白质中能折叠成特定三维结构的一段区域。一组拥有相同结构域的蛋白质被称为一个蛋白质家族(family)。

模体(motif,或称指纹，fingerprint)是蛋白质序列中较短的保守区域。

#casularm 发表于2007-11-12 15:13:14  IP: 218.22.21.*

蛋白质家族的定义就是一组进化上相关的蛋白质，这些蛋白质共享一个或多个结构域。

#casularm 发表于2007-11-12 15:34:56  IP: 218.22.21.*

棕榈酰化(palmitoylation)、法尼基化(farnesylation)、豆蔻酰化(myristoylation)和肌醇糖脂修饰(inositol glycolipid attachment)等修饰可以让疏水基团与蛋白质共价结合以使蛋白质能插入脂质双层分子层。

#casularm 发表于2007-11-14 13:56:03  IP: 218.22.21.*

检测疏水氨基酸残基是否构成跨膜结构域的最严格的方法是通过试验来验证，如免疫细胞化学（immunocytochemistry）。从兔子、小鼠或其他动物体内提取出含有某种特异抗体的血清，然后用这些血清可以检测固定在显微镜载玻片上的样品中的抗原（如细胞表面的受体）。对于细胞膜不可渗透的细胞，抗血清可以让细胞膜上的蛋白质朝向胞外的部分显示出来。但如果细胞可以被去垢剂渗透，则抗血清不仅显示胞外部分的蛋白质，胞内（胞质）部分的蛋白质也会被显示出来。

#casularm 发表于2007-11-14 14:16:48  IP: 218.22.21.*

Gene Ontology（GO）协会致力于编辑一组动态的而又可控的词汇来描述基因和基因产物不同方面的性质。
GO有3个主要的方面：
1、分子功能
分子功能主要指单个基因产物分子所执行的任务，例如，一个蛋白质可能是一个转录因子或是一个载体蛋白。
2、生物过程
生物过程是指基因产物所联系的一个大的生物功能，或者说是它们要完成的一个大的生物目标，如有丝分裂或嘌呤代谢。
3、细胞组分
细胞组分是指一个蛋白质的亚细胞定位，例如一个蛋白质可能定位在细胞核中也可能定位在核糖体中。

任何一个蛋白质都有可能涉及不止一个分子功能、生物过程或细胞组分中的分类。

#casularm 发表于2007-11-14 14:33:25  IP: 218.22.21.*

细胞定位是一个蛋白质的基本性质之一。mRNA通过核糖体被翻译成蛋白质。一些蛋白质的翻译是在细胞质中完成的，而另外一些蛋白质（主要是一些将要被分泌到胞外或要被定位到质膜上的蛋白）会给插入到内质网膜上（对于真核生物）或插入到质膜上（对于原核生物）。插入的过程可能是在翻译的同时进行的，也可能是在翻译后进行的，它是由一个单独的识别颗粒（RNA多蛋白复合体）介导的。
在内质网，蛋白质可能会通过第二条途径被转移到高尔基体，然后再进一步定位到细胞内的各种细胞器中或细胞表面。

#casularm 发表于2007-11-17 15:00:38  IP: 218.104.71.*

通路（pathway）是一个相互联系在一起的生化反应的集合

#casularm 发表于2007-11-17 15:15:04  IP: 218.104.71.*

两个蛋白质如果具有相似的结构，往往被假定为具有相似的功能。例如，两个受体蛋白具有类似的结构，即使它们与受体结合的能力或在信号传导方面有所区别，但它们最基本的功能还是想近的。

#casularm 发表于2007-11-17 17:27:39  IP: 218.104.71.*

两个蛋白质如果具有相似的结构，往往被假定为具有相似的功能。例如，两个受体蛋白具有类似的结构，即使它们与受体结合的能力或在信号传导方面有所区别，但它们最基本的功能还是想近的。