Bioinformatics 笔记

最新推荐文章于 2022-04-07 10:17:33 发布
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分类专栏： 19.Note 03.Biology
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Bioinformatics Algorithms: an Active Learning Approach, Vol. 1 (2nd edition)
01-08
BIOINFORMATICS ALGORITHMS,VOL.I By 作者: Phillip Compeau – Pavel Pevzner ISBN-10 书号: 0990374610 ISBN-13 书号: 9780990374619 Edition 版本: 2nd 出版日期: 2015 pages 页数: 384 Overview Contents List of Code Challenges About the Textbook Chapter 1:Where in the Genome Does DNA Replication Begin? Chapter 2:Which DNA Patterns Play the Role of Molecular Clocks? Chapter 3:How Do We Assemble Genomes? Chapter 4:How Do We Sequence Antibiotics? Chapter 5:How Do We Compare DNA Sequences? Chapter 6:Are There Fragile Regions in the Human Genome? Bibliography mage Courtesies This is Vol. 1 of Bioinformatics Algorithms: an Active Learning Approach, one of the first textbooks to emerge from the recent Massive Open Online Course MOOC revolution. A light hearted and analogy filled companion to the author’s acclaimed Bioinformatics Specialization on Coursera, this book presents students with a dynamic approach to learning bioinformatics. It strikes a unique balance between practical challenges in modern biology and fundamental algorithmic ideas, thus capturing the interest of students of both biology and computer science. Each chapter begins with a biological question, such as Are There Fragile Regions in the Human Genome or Which DNA Patterns Play the Role of Molecular Clocks and then steadily develops the algorithmic sophistication required to answer this question. Hundreds of exercises are incorporated directly into the text as soon as they are needed; readers can test their knowledge through automated coding challenges on the Rosalind Bioinformatics Textbook Track.
Bioinformatics Data Skills by Oreilly——学习生信的入门好书
weixin_42953727的博客
08-21 3047
翻阅《生信宝典》公众号，偶然看到推荐的两本生信入门好书，分享给大家： 《Bioinformatics Data Skills - - Reproducible.and.Robust.Research.with.Open.Source.Tools》链接:》链接: 接: https://pan.baidu.com/s/1c2g0MPU 密码: 密码: v2c9 《Bioinformatics wi...
Bioinformatics.Data.Skills.Reproducible.and.Robust.Research.pdf
08-21
This practical book teaches the skills that scientists need for turning large sequencing datasets into reproducible and robust biological findings. Many biologists begin their bioinformatics training by learning scripting languages like Python and R alongside the Unix command line. But there's a huge gap between knowing a few programming languages and being prepared to analyze large amounts of biological data. Rather than teach bioinformatics as a set of workflows that are likely to change with this rapidly evolving field, this book demsonstrates the practice of bioinformatics through data skills. Rigorous assessment of data quality and of the effectiveness of tools is the foundation of reproducible and robust bioinformatics analysis. Through open source and freely available tools, you'll learn not only how to do bioinformatics, but how to approach problems as a bioinformatician. Go from handling small problems with messy scripts to tackling large problems with clever methods and tools Focus on high-throughput (or "next generation") sequencing data Learn data analysis with modern methods, versus covering older theoretical concepts Understand how to choose and implement the best tool for the job Delve into methods that lead to easier, more reproducible, and robust bioinformatics analysis Table of Contents Part I. Ideology: Data Skills for Robust and Reproducible Bioinformatics Chapter 1. How to Learn Bioinformatics Part II. Prerequisites: Essential Skills for Getting Started with a Bioinformatics Project Chapter 2. Setting Up and Managing a Bioinformatics Project Chapter 3. Remedial Unix Shell Chapter 4. Working with Remote Machines Chapter 5. Git for Scientists Chapter 6. Bioinformatics Data Part III. Practice: Bioinformatics Data Skills Chapter 7. Unix Data Tools Chapter 8. A Rapid Introduction to the R Language Chapter 9. Working with Range Data Chapter 10. Working with Sequence Data Chapter 11. Working with Alignment Data Chapter 12. Bioinformatics Shell Scripting, Writing Pipelines, and Parallelizing Tasks Chapter 13. Out-of-Memory Approaches: Tabix and SQLite Chapter 14. Conclusion
Bioinformatics-Algorithms:Coursera 工作
06-29
生物信息学-算法 Coursera 工作
Bioinformatics Data Skills Reproducible and Robust Research with Open 无水印pdf
09-28
Bioinformatics Data Skills Reproducible and Robust Research with Open Source Tools 英文无水印pdf pdf所有页面使用FoxitReader和PDF-XChangeViewer测试都可以打开 本资源转载自网络，如有侵权，请联系上传者或csdn删除 本资源转载自网络，如有侵权，请联系上传者或csdn删除
Bioinformatics
07-12
我要遵循 Coursera 课程的代码和笔记。 本课程分为 6 章，我的书本练习笔记也是如此： 第 1 章：复制从基因组的哪里开始？ 第 2 章：我们如何对抗生素进行测序？ * Branch and Bound Algorithm 第 3 章：哪些 DNA ...
谷歌师兄的leetcode刷题笔记-full_spectrum_bioinformatics:开放获取的生物信息学文本
06-30
谷歌师兄的leetcode刷题笔记 . Full Spectrum Bioinformatics是一个免费的在线文本，旨在使用 Python 编程语言介绍生物信息学的关键主题。 文本是用交互式 Jupyter Notebooks 编写的，它允许您尝试和修改示例代码和...
Python_Bioinformatics_Workshop
04-28
BioPython和Python生物信息学研讨会 该存储库包含使用BioPython和其他相关工具的Python生物信息入门讲习班的所有必需文件。 要下载，请单击右上角的大“代码”按钮，或。 讲习班内容 该研讨会介绍了多个基本的生物...
bioinformatics-notes:哥德堡大学化学与分子生物学系生物信息学人员的随机笔记
05-10
生物信息学笔记 建立该存储库的目的是托管各种最佳实践和有关生物信息学所有内容的参考说明。 哥德堡大学化学与分子生物学系研究人员 ＃＃什么？ 脚本包含或多或少的纯示例脚本，可用于各种操作 教程包含有关如何...
rosalind:在Rosalind.info上展示我的学习进度的存储库
04-08
Jupyter Notebook不仅支持多种编程语言（如Python、R），而且便于组织代码、笔记和可视化，是生物信息学研究和教学中常用的工具。在这里，每个Rosalind问题可能对应一个或多个Notebook，其中包含了问题的描述、解题...
Bioinformatics Data Skills Reproducible and Robust Research with Open mobi
09-28
Bioinformatics Data Skills Reproducible and Robust Research with Open Source Tools 英文mobi 本资源转载自网络，如有侵权，请联系上传者或csdn删除 本资源转载自网络，如有侵权，请联系上传者或csdn删除
Bioinformatics Algorithms
09-06
Bioinformatics Algorithms: An Active Learning Approach 2nd Edition, Vol. I by Phillip Compeau & Pavel Pevzner
Bioinformatics Data Skills Reproducible and Robust Research with Open epub
09-28
Bioinformatics Data Skills Reproducible and Robust Research with Open Source Tools 英文epub 本资源转载自网络，如有侵权，请联系上传者或csdn删除 本资源转载自网络，如有侵权，请联系上传者或csdn删除
bioinformatics
10-10
bioinformatics，经典教材 值得一看
sequence.go
07-04
一个关于Go语言GenericSeq接口类型的实现类型以及Sequence结构体类型的实现类型的源码
生物信息学Bioinformatics学习笔记（一）
cling5899的博客
03-21 6989
文章目录生物信息学第一章 绪论History（根据19年的一份综述）生物信息学的研究内容生物信息学的应用领域第二章 模式生物和生物信息学数据库资源第一节 模式生物测序第二节 三大核酸数据库第三节 蛋白质数据库第三章 生物信息学数据库查询第一节 生物信息数据库的储存第二节 GenBank中序列的获取第三节 数据库文献的检索第四章 序列分析第一节 序列比对的内容Sequence Alignment第二节 BLAST应用示例第五章 进化与系统发生分析第一节 生物进化的分子基础第二节 基本概念第三节 系统发生树的构
生物信息学Bioinformatics学习笔记（四）- Data analysis-16sRNA
cling5899的博客
04-07 2364
Data analysis-16sRNA 常用V3V4区域进行扩增子测序 Basic analytical procedure 1.原始数据处理 ·去除接头序列，并将双端测序序列拼接成单条序列。 ·根据测序barcode序列区分不同的样本序列。 ·过滤低质量序列和无法比对到16s rDNA数据库的序列。 2.OTU（可执行操作单元）分类和统计 ·以97%的序列相似度将所有序列进行同源比对并聚类成OTUs (QIIME -ucluster) ·与数据库GreenGenes比对 (uclust)http://
常用物种拉丁文名称
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Bioinformatics期刊
最新发布
08-29
有很多期刊都涵盖了生物信息学领域的研究。以下是一些广为认可的生物信息学期刊： 1. Bioinformatics：这是一个专门发布生物信息学研究的领域顶级期刊，涵盖了生物信息学方法、算法、工具和应用的各个方面。 2. Nucleic Acids Research（NAR）：这是一个专注于核酸研究的综合性期刊，其中包括了许多与生物信息学相关的研究论文。 3. PLOS Computational Biology：这是一个开放获取的期刊，涵盖了计算生物学和生物信息学领域的研究。 4. BMC Bioinformatics：这是一个开放获取的期刊，专注于生物信息学和计算生物学的研究。 5. Briefings in Bioinformatics：这是一个发表综述和评论文章的期刊，涵盖了生物信息学和计算生物学的前沿研究和应用。 这只是一小部分生物信息学期刊的例子，还有许多其他期刊也发表了相关领域的研究。选择期刊时，可以根据自己的研究方向和目标读者群来决定最合适的期刊。

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