#!/usr/bin/perl
# Now we choose the line bur=oy; edi=no and col hi kn ler mt rsch tsu wu
# are same to bur or edi
use strict;
use warnings;
my @information;
open(THREE, "OnlyATGC.txt") || die("can not open!");
open(CON , ">M7_X_M289.txt") || die("can not open!");
print CON "pos col bur can ct edi hi kn ler mt no oy po rsch sf tsu wil ws wu zu\n";
while(<THREE>)
{
chomp;
@information=split;
if($information[2] ne $information[ 5] &&
$information[2] eq $information[11] &&
$information[5] eq $information[10] &&
$information[1] eq $information[ 6] &&
$information[1] eq $information[ 7] &&
$information[1] eq $information[ 8] &&
$information[1] eq $information[ 9] &&
$information[1] eq $information[13] &&
$information[1] eq $information[15] &&
$information[1] eq $information[18] && ($information[1] eq $information[ 2] || $information[1] eq $information[5])
)
{
print CON "$_\n";
}
}
close THREE;
close CON ;
open(THREE, "OnlyATGC.txt") || die("can not open!");
open(CON , ">M443_X_M289.txt") || die("can not open!");
print CON "pos col bur can ct edi hi kn ler mt no oy po rsch sf tsu wil ws wu zu\n";
while(<THREE>)
{
chomp;
@information=split;
if($information[3] ne $information[ 1] &&
$information[3] eq $information[12] &&
$information[3] eq $information[14] &&
$information[3] eq $information[17] &&
$information[3] eq $information[19] &&
$information[1] eq $information[ 6] &&
$information[1] eq $information[ 9] &&
$information[1] eq $information[18] &&
$information[5] eq $information[ 7] &&
$information[5] eq $information[ 8] &&
$information[5] eq $information[10] &&
$information[5] eq $information[13] &&
$information[5] eq $information[15] && ($information[5] eq $information[3] || $information[5] eq $information[1])
)
{
print CON "$_\n";
}
}
close THREE;
close CON ;
open(THREE, "OnlyATGC.txt") || die("can not open!");
open(CON , ">M289_X_M19.txt") || die("can not open!");
print CON "pos col bur can ct edi hi kn ler mt no oy po rsch sf tsu wil ws wu zu\n";
while(<THREE>)
{
chomp;
@information=split;
if($information[1] ne $information[ 2] &&
$information[1] eq $information[ 5] &&
$information[1] eq $information[13] &&
$information[1] eq $information[15] &&
$information[2] eq $information[ 3] &&
$information[2] eq $information[11] &&
$information[2] eq $information[12] &&
$information[2] eq $information[17] &&
$information[6] eq $information[ 7] &&
$information[6] eq $information[ 8] &&
$information[6] eq $information[ 9] &&
$information[6] eq $information[10] &&
$information[6] eq $information[18] && ($information[6] eq $information[1] || $information[6] eq $information[2])
)
{
print CON "$_\n";
}
}
close THREE;
close CON ;