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1. viewview命令的主要功能是：将sam文件转换成bam文件；然后对bam文件进行各种操作，比如数据的排序(不属于本命令的功能)和提取(这些操作是对bam文件进行的，因而当输入为sam文件的时候，不能进行该操作)；最后将排序或提取得到的数据输出为bam或sam（默认的）格式。bam文件优点：bam文件为二进制文件，占用的磁盘空间比sam文本文件小；利用bam二进制文件的运算速度快。
2018-02-07 13:33:50
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转载 Pileup 格式详解
Pileup 格式最初是由Sanger Institute的Tony Cox 和 Zemin Ning 使用的，描述了染色体上每个位置的碱基信息。 可以用来 SNP/indel calling, 也可以直接用眼睛看一下排列的情况。Pileup 文件一般是由SAMtools从sorted bam 文件生成。samtools mpileup -f ../crrbwaidx/cr
2018-02-07 10:03:37
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转载 bed文件格式详解
BED 文件格式是一个可变方式的数据线，用来描述注释的数据。BED线有3个要求的字段和9个额外的字段。每条线的字段数目必须是任意单条数据的在注释上一致。可选字段的序试结合低数字的字段必须流行如果高位字段被使用。首先是三个要求的BED字段1,chrom, 染色体或scafflold 的名字(eg chr3， chrY, chr2_random, scaffold0671
2018-02-07 09:25:43
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空空如也
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