emboss 安装使用
- Emboss(The European Molecular Biology Open Software Suite)该软件包源于1988年开始开发的EGCG系统,是一个开放源代码的序列分析软件包。该软件包含160多个小型程序,涵盖序列比对、快速数据库搜寻序列、蛋白质模序及结构域分析、表达序列标签(EST)分析、核酸序列分析(例如CpG岛的识别)等多个领域。
emboss功能
- 序列比对
- 快速搜索数据库
- 蛋白质模块分析
- 核苷酸序列分析,包括寻找CpG岛,寻找重复
序列等。 - 小基因组的编码区分析,如寻找开放阅读框,
寻找EST等。 - 序列模式识别与翻译
安装emboss 6.5.7
安装plot 4.4
- wget http://nchc.dl.sourceforge.net/project/gnuplot/gnuplot/4.4.0/gnuplot-4.4.0.tar.gz
- tar zxvf gnuplot-4.4.0.tar.gz
- cd gnuplot-4.4.0
- ./confugure
- make
- sudo make install
安装emboss依赖
- sudo yum install libX11-devel
- sudo ln -s /usr/lib/libX11.so.6 /usr/lib/libX11.so
- sudo yum install libpng-devel
- sudo yum install dvipng
- sudo yum install libpng-devel
安装emboss
- wget ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/software/unix/EMBOSS/EMBOSS-6.6.0.tar.gz
- tar -zxvf EMBOSS-6.5.7.tar.gz
- cd EMBOSS-6.5.7
- ./configure
- make
- sudo make install