emboss 安装使用

emboss 安装使用

• Emboss（The European Molecular Biology Open Software Suite）该软件包源于1988年开始开发的EGCG系统，是一个开放源代码的序列分析软件包。该软件包含160多个小型程序，涵盖序列比对、快速数据库搜寻序列、蛋白质模序及结构域分析、表达序列标签(EST)分析、核酸序列分析(例如CpG岛的识别)等多个领域。

emboss功能

• 序列比对
• 快速搜索数据库
• 蛋白质模块分析
• 核苷酸序列分析，包括寻找CpG岛，寻找重复 
  序列等。
• 小基因组的编码区分析，如寻找开放阅读框， 
  寻找EST等。
• 序列模式识别与翻译

安装emboss 6.5.7

安装plot 4.4

• wget http://nchc.dl.sourceforge.net/project/gnuplot/gnuplot/4.4.0/gnuplot-4.4.0.tar.gz
• tar zxvf gnuplot-4.4.0.tar.gz
• cd gnuplot-4.4.0
• ./confugure
• make
• sudo make install

安装emboss依赖

• sudo yum install libX11-devel
• sudo ln -s /usr/lib/libX11.so.6 /usr/lib/libX11.so
• sudo yum install libpng-devel
• sudo yum install dvipng
• sudo yum install libpng-devel

安装emboss

• wget ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/software/unix/EMBOSS/EMBOSS-6.6.0.tar.gz
• tar -zxvf EMBOSS-6.5.7.tar.gz
• cd EMBOSS-6.5.7
• ./configure
• make
• sudo make install