bed文件格式详解

BED 文件格式是一个可变方式的数据线,用来描述注释的数据。BED线有3个要求的字段和9个额外的字段。每条线的字段数目必须是任意单条数据的在注释上一致。可选字段的序试结合低数字的字段必须流行如果高位字段被使用。

首先是三个要求的BED字段
1,chrom, 染色体或scafflold 的名字(eg chr3, chrY, chr2_random, scaffold0671 )
2,chromStart 染色体和scaffold的起始位置,第一个染色体的位置是0
3,chromEn 染色体和scaffold的结束位置,染色体的末端位置没有包含到显示信息里面。例如,首先得100个碱基的染色体定义为chromStart =0 . chromEnd=100, 碱基的数目是0-99
 
其次9个额外的可选BED字段是:
4,name 定义BED 的名字
5,score 0到1000的分值,如果track线在注释时属性设置为1,那么这个分值会决定现示灰度水平,数字越大,灰度越高。下面的这个表格显示Genome Browser
6,strand 定义链的''+” 或者”-”
7,thickStart 开始的位置,这个特征是画thickly(例如,在开始的编码显示基因的显示
8,thickEnd 结束的位置,这个特征是画thickly例如,在结束的编码显示基因的显示 
9,itemRGB An AGB 值的形式, R, G, B (eg. 255, 0, 0), 如果track line itemRgb属性是设置为'On”, 这个RBG 值将决定数据的显示的颜色在BED 线。 注意, 它推荐简单的颜色方案(eight color or less )是用作这个属性避免颜色资源在基因组浏览器上过多
10,blockCount BED线在exon 的block数目
11,blockSize 用逗号分割block size, 这个item的列表对应于BlockCount
12,blockStarts- 用逗号分割的列表, 所有的blockStart位置应该被计算相关于chromStart, 这个数字的项应该对应于blockCount..
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