第二章 Edit Distance
本篇内容将讲述Edit Distance(编辑距离的定义详见正文),具体又包含5个方面的内容:
- Defining Minimum Edit Distance
- Computing Minimum Edit Distance
- Backtrace for Computing Alignments
- Weighted Minimum Edit Distance
- Minimum Edit Distance in Computational Biololgy
1. Definition of Minimum Edit Distance
Edit Distance用于衡量两个strings之间的相似性。
两个strings之间的
Minimum edit distance是指把其中一个string通过编辑(包括插入,删除,替换操作)转换为另一个string的最小操作数。
如上图所示,d(deletion)代表删除操作,s(substitution)代表替换操作,i(insertion)代表插入操作。
(为了简单起见,后面的Edit Distance 简写为ED)