R语言交互式可视化包CanvasXpress

作者简介

刘永鑫，博士。2008年和2011年毕业东北农业大学微生物学和作物遗传育种专业。2014年在中科院遗传发育所获生物信息学博士学位，2016年博士后出站留所工作，任宏基因组学实验室工程师，目前主要研究方向为宏基因组学数据分析方法、培养组学方法优化。2017年7月创办“宏基因组”公众号，目前关注人数1.5万，累计阅读超百万。

公众号：宏基因组(meta-genome)

往期回顾

• 扩增子图表解读-理解文章思路(8种图型讲解)

• 扩增子分析流程-把握分析细节

• 扩增子统计绘图-冲击高分文章(R绘制8种图型)

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• 宏基因组分析教程

• 你想要的生信知识全在这—生信宝典

• 肠道菌群在人体中的作用

• 看完此片我想把身上的细菌寄生虫供起来

CanvasXpress包简介

感谢“宏基因组”群友李海敏推荐CanvasXpress包。

CanvasXpress核心是一个JavaScript语言编写的库，主要用于可重复研究。

在R中可以安装canvasXpress包，使用canvasXpress命令绘制各种各样的交互式图形，非常高效方便，实现如下数百种图形，令你的结果瞬间B格爆满。

更多介绍和实例，访问官网：https://canvasxpress.org/html/index.html

源代码、安装及使用示例详见 Github: https://github.com/neuhausi/canvasXpress

canvasXpress安装及加载

安装包位于github上，需要devtools工具安装

# 没有devtools也需要安装
install.packages(devtools)
library(devtools)

# 安装canvasXpress
devtools::install_github('neuhausi/canvasXpress')
library(canvasXpress)

绘图实战