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Python语法糖之:列表解析、集合解析和字典解析
☆NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析 (Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这)、ChIP-seq分析 (ChIP-seq基本分析流程)、单细胞测序分析 (重磅综述:三万字长文读懂单细胞RNA测序分析的最佳实践教程 (原理、代码和评述))、DNA甲基化分析、重测序分析、GEO数据挖掘(典型医学设计实验GEO数据分析 (step-by-step...原创 2020-03-30 21:29:49 · 778 阅读 · 0 评论 -
CRISPR-CAS9大事记 - 听听大牛们的头脑风暴,学学生信
欢迎关注天下博客:http://blog.genesino.com/2018/01/crispr-cas9/ CRISPR-CAS9技术的火热和应用前景无需多提,为了了解这个领域,我们梳理了下CRISPR的发展历程,做个学习和记录。有疏漏和不足之处,还请指正。1987: 大肠杆菌中报道CRISPR重复序列 (当时还不叫CRISPR)。这是长29 bp,间隔32 bp的5个高度同源的序列组成。当时其原创 2018-01-26 18:05:09 · 3248 阅读 · 0 评论 -
生信宝典之傻瓜式(四)蛋白蛋白互作网络在线搜索
欢迎关注生信宝典微信公众号:http://mp.weixin.qq.com/s/JO1J66BtzuY-9a20x0XQcg 傻瓜系列重启了,今天要介绍的是一款在线查询蛋白-蛋白互作网络的工具 STRING (https://string-db.org/)。STRING数据库收录了2031个物种,9.6 Million个蛋白和1380 Million种相互作用。最开始知道它是用来查询蛋白-蛋白相互原创 2018-01-26 18:09:56 · 12194 阅读 · 0 评论 -
生信宝典之傻瓜式(五) 文献挖掘查找指定基因调控网络
欢迎关注天下博客:http://blog.genesino.com/2018/01/literature-search/ 傻瓜系列重启了,如何快速查找指定基因的调控网络介绍了使用在线查询数据库 (http://evexdb.org/)对PubMed和PubMed Central中发表文章的摘要和全文为依据进行文本挖掘探寻基因直接可能的相互作用的工具。反响很好,但现在网站似乎出了点问题,获得的相互作原创 2018-01-26 18:13:44 · 2267 阅读 · 0 评论 -
谈谈数次生信线下活动的收获和体会
http://blog.genesino.com/2018/03/ampliconseqsumamry/ 从2017年11月份到2018年3月份,共进行了5次培训研讨活动,内容依次为转录组高级分析、生物信息作图系列R、Cytoscape及图形排版、应用Python处理生物信息数据和作图、微生物组扩增子分析、应用Linux处理生物信息数据和分析流程。从培训网站的课程顺序可以看到,最开始设计是...原创 2018-04-07 21:59:26 · 437 阅读 · 0 评论 -
DESeq2差异基因分析和批次效应移除
差异基因鉴定基因表达标准化不同样品的测序量会有差异,最简单的标准化方式是计算 counts per million (CPM),即原始reads count除以总reads数乘以1,000,000。这种计算方式的缺点是容易受到极高表达且在不同样品中存在差异表达的基因的影响;这些基因的打开或关闭会影响到细胞中总的分子数目,可能导致这些基因标准化之后就不存在表达差异了,而原本没有差异...原创 2018-07-26 15:40:35 · 19625 阅读 · 1 评论 -
肿瘤化疗无效是对预先存在的突变的选择还是诱发新突变,Cell给你答案
三阴乳腺癌(TNBC)是乳腺癌的一种侵袭性亚型,常对化疗产生耐药性。而耐药性的产生到底是之前存在的稀有突变细胞受到选择还是新基因突变导致的,仍是一个谜团。为研究该问题,Charissa Kim等人利用混合细胞外显子测序以及单细胞DNA和RNA测序,对新辅助化疗(NAC)期间20名TNBC患者进行跟踪分析。深度外显子组测序结果显示10例病人化疗后原始突变消失,10例病人化疗后突变依然存在。对其中...原创 2018-07-27 14:18:51 · 820 阅读 · 0 评论 -
免费Linux系统和生信宝典原创学习教程
生物信息的学习离不开Linux系统,不管自己写命令处理数据,还是使用现有的工具。Linux对我们来讲最重要的是它强大的命令行功能,可以快速、批量、灵活的处理数据的提取、统计和整理等耗时耗力的重复性工作。事实上在日常生信分析中,多数整理工作也都是用Linux命令的组合完成的,相比于写完整的Python或Perl程序更简便快捷;另外,生信分析用到的工具大都只在Linux下运行,而Linux发行版众多,...原创 2018-09-13 17:12:43 · 801 阅读 · 0 评论 -
没钱买KEGG怎么办?REACTOME开源通路更强大
之前搜集免费生物AI插图时简单提到了通路数据库Reactome(https://reactome.org/), 那些精美的生物插图只能算是该数据库附赠的小礼品,他的主要功能还是作为一个开源的通路数据库,为相关领域的研究者提供直观的可视化生物信息学工具。在一定程度上,可以替代收费的KEGG数据库,而且拓展出很多新的通路。目前该库覆盖了19个物种的通路研究,包括经典的代谢通路、信号转导、基因转录调控...原创 2018-10-02 21:02:13 · 9250 阅读 · 0 评论 -
“不务正业”的化学奖又发给了生物
斯德哥尔摩时间10月3日11时45分(北京时间10月3日17时45分),2018年诺贝尔化学奖揭晓。Frances H. Arnoid因研究酶的定向功能改造而分享一半奖金;George P. Smith 和Sir Gregory P. Winter****噬菌体展示技术基于的抗体改进而共享另一半奖金。从1901年至2018年的诺贝尔化学奖历年获奖数据概览见下图所示,绘制方法见:networ...原创 2018-10-25 11:12:55 · 452 阅读 · 0 评论 -
Excel改变了你的基因名,30% 相关Nature文章受影响,NCBI也受波及
EXCEL是常用的查看表格的工具,提供了很好的数据筛选、绘图等功能,不少基因表达数据也会在EXCEL中打开查看、筛选和排序。还有 3 个超赞的 EXCEL 插件,让你 5 分钟从小白变大神。但是EXCEL也会出现比较尴尬的事情,如基因名字的转换。比如gene symbols SEPT2 (Septin 2)、MARCH1 [Membrane-Associated Ring Finger (C3H...原创 2018-10-25 11:19:22 · 1098 阅读 · 0 评论 -
原来Rproj还可以这么使用
原来Rproj还可以这么使用在别人的电子书,你的电子书,都在bookdown中我们讲述了bookdown的应用。里面涉及到一个文件Rproj用于项目管理。本身是一个很简单的文件,里面的内容一般不需要修改,只是放置在每个项目目录下即可。比如我们有个内容如下的ysx.Rproj文件,配置了一些参数,看单词都应该明白这些参数是什么含义。Version: 1.0RestoreWorkspace...原创 2019-05-22 14:00:12 · 3708 阅读 · 0 评论 -
Bioconda软件安装神器:多版本并存、环境复制、环境导出
2017年生信宝典发布了Linux学习 - 又双叒叕一个软件安装方法,现在根据使用经验做一些更新,主要是增加了conda环境的复制、导入和导出功能。最开始是为了培训时,学员更方便搭建流程引入的,现在分享出来,方便更多人使用。Conda包管理系统Conda是一种通用包管理系统,旨在构建和管理任何语言的任何类型的软件。通常与Anaconda (集成了更多软件包,https://www.anacon...原创 2019-09-16 11:45:05 · 374 阅读 · 0 评论 -
可视化电脑处理变量赋值、循环、程序运行的过程
欢迎关注天下博客:http://blog.genesino.com/2017/12/pyandex/ 在如何优雅的提问中提到遇到问题最好的方式是谷歌搜索, 若找不到自己写下前因后果,用Markdown规范 (Markdown和更多编程免费书籍点击这里)的在Biostar/STackOverflow/Bioconductor forum上提问。然而,谷歌并不总是好用,http://ac.scmor.原创 2018-01-26 18:00:11 · 342 阅读 · 0 评论 -
生信宝典:生物信息学习系列教程、视频、资源
欢迎关注天下博客:http://blog.genesino.com/2100/01/shengxinbaodian/生信的作用越来越大,想学的人越来越多,不管是为了以后发展,还是为了解决眼下的问题。但生信学习不是一朝一夕就可以完成的事情,也许你可以很短时间学会一个交互式软件的操作,却不能看完程序教学视频后就直接写程序。也许你可以跟着一个测序分析流程完成操作,但不懂得背后的原理,不知道什么参数需...原创 2018-01-31 10:02:40 · 9411 阅读 · 4 评论 -
Python跨文件引用模块
<br />想作一个python模块库,自己时时调用。<br />文件层级结构<br />~/bin:<br />---pylib pybin<br />~bin/pylib:<br />---notify __init__.py<br />~bin//pybin:<br />---ct_weather.py<br />~/bin/pylib/notify<br />---ct_notifyGTK.py __init__.py<br />~bin/pylib/__init__.py<br />import原创 2010-06-05 14:14:00 · 5211 阅读 · 0 评论 -
安装easy_install 和ipython
从链接http://pypi.python.org/pypi/setuptools#downloads处获得相应的版本运行sh setuptools-0.6c9-py2.4.egg(跟用户权限,若没有可以指定--prefix=~)安装完毕对python2.6可运行下面代码:#!/bin/bashwget http://pypi.python.org/packages/2.6/s/setuptools/setuptools-0.6c11-py2.6.egg#md5=bfa92100bd77原创 2010-08-08 15:50:00 · 2780 阅读 · 0 评论 -
ubuntu下安装django
<br />1.去页面http://www.djangoproject.com/download/下载,按照步骤安装<br /> <br />2.安装apache mod python<br />sudo apt-get install libapache2-mod-python<br /> <br />这是在/etc/apache2/mods-enabled文件夹下会有python.load, 自动载入mod_python模块<br /> <br />3.进入到apache的/var/www/<br />原创 2010-08-08 16:53:00 · 4208 阅读 · 1 评论 -
玩转lib-notify (转自PT牛的博客)
玩转libnotify分类: Unix/Linux 发布于: 2009.05.22 星期五Ubuntu 9.04一个特性就是新的通知机制Notify OSD,让人一眼看上去很酷的样子,其实只是基于libnotify的调用,别看又DBUS又OSD那么复杂,其实一点都不神秘,跟PT来:12345678#!/usr/bin/python#coding:utf-8import pynotifypynotify.init("PT-Title")n = pynotify.N转载 2010-06-13 08:12:00 · 2819 阅读 · 0 评论 -
python安装
1.安装python开发工具获得python.hsudo apt-get install python-dev2.安装cython,转换python源代码为C码sudo apt-get install cython3.安装easy_install,方便安装模块见http://blog.csdn.net/qazplm12_3/archive/2010/08/08/5796887.aspx4.安装ipython,充实python命令行功能见http://blog.csdn.net/qazplm12_3/arch原创 2010-08-17 16:05:00 · 1252 阅读 · 0 评论 -
安装lxml,抓取、解析网页
准备工作:1.确认python-dev,cython(可不安装),easy_install都已安装好(安装方法见:http://blog.csdn.net/qazplm12_3/archive/2010/08/17/5818471.aspx)。2.安装libxml 2.6.21 or later. It can be found here:http://xmlsoft.org/downloads.htmlIf you want to use XPath, do not use libxml2 2.6原创 2010-08-17 16:11:00 · 1053 阅读 · 0 评论 -
生信宝典:生物信息学习系列教程、视频教程
生信宝典公众号是中科院遗传所2015年生物信息博士毕业生陈同创建,致力于传播生信知识,帮助生信入门和生信分析,近来也在做生信培训广受好评。生信的作用越来越大,想学的人越来越多,不管是为了以后发展,还是为了解决眼下的问题。但生信学习不是一朝一夕就可以完成的事情,也许你可以很短时间学会一个交互式软件的操作,却不能看完程序教学视频后就直接写程序。也许你可以跟着一个测序分析流程完成操作,但不懂得背后的...原创 2017-08-01 08:22:15 · 10498 阅读 · 1 评论 -
39个转录组分析工具,120种组合评估
RNA-seq工具哪家强RNA-seq分析工具知多少RNA-seq是研究转录组应用最广泛,也最重要的技术之一。RNAseq其分析内容包括序列比对、转录本拼装、表达定量、差异分析、融合基因检测、可变剪接、RNA编辑和突变检测等,具体流程和常用工具如下图所示。通常的分析不一定需要走完全部流程,按需进行,某些步骤可以跳过、简化等。RNA-seq分析工具最优组合Nature Communication上一篇原创 2017-08-05 09:27:59 · 14876 阅读 · 0 评论 -
为啥我的Python这么慢 (一)
准备工作#安装R包#install.packages(c("survival", "survminer"))#加载R包library(survival) library(survminer) #survival包里包含的数据集data(package="survival") #以肺癌数据为例,显示数据前六行head(lung)## inst time status age sex原创 2017-10-16 16:04:12 · 2681 阅读 · 0 评论 -
程序员小抄 (转载自酷壳,一个专注技术的博客)
你是否会经常忘记一些CSS中的函数名或是一些属性名,那个时候,你一定觉得,如果手边有一个“小抄”(Cheat Sheet)就好了。当然,这个“小抄”不是给你作弊用的,这个“小纸条”就是可以让你马上知道那个你最想知道的东西。这个“小抄”上也不需要有所有的东西,就需要那些经常用的就行了。现在,网上有很多这样的“小抄”,它们可能是PDF格式的,可能是PNG格式的,你可以很方便地把其打印出来(可以打印得很转载 2017-12-12 15:58:43 · 722 阅读 · 0 评论 -
小学生都学Python了,你还不知道怎么开始
最近Python又火了一把,一是我大山东省小学六年级的教材中加入了Python的内容;二是从2018年起,Python也将成为浙江高考的内容之一;三是计算机二级考试加入了Python科目。早先常常看到新闻,国外4-5岁的小孩开发APP,给MM开发游戏之类的。可以看到,国外对小孩编程的教育还是比较早的,通常也会使用python来编程,因为它简洁易用。亚马逊上早早的就有了Python for kids和原创 2017-12-15 20:45:39 · 13380 阅读 · 1 评论 -
小学生都学Python了,你还不知道怎么开始
欢迎关注微信公众号生信宝典:http://mp.weixin.qq.com/s/1JlAROpOCBwaG574EwvkVw 最近Python又火了一把,一是我大山东省小学六年级的教材中加入了Python的内容;二是从2018年起,Python也将成为浙江高考的内容之一;三是计算机二级考试加入了Python科目。早先常常看到新闻,国外4-5岁的小孩开发APP,给MM开发游戏之类的。可以看到,国外对原创 2017-12-26 17:38:14 · 748 阅读 · 0 评论 -
Python学习之路和隐藏特征
欢迎关注微信公众号生信宝典:http://mp.weixin.qq.com/s/vDAHTitasAUphWsrS2Uzlg 针对生信领域的零基础爱好者及生信分析中遇到的种种问题,生信领域知名公众号“生信宝典”团队组织了中科院系统项目经验丰富的一线科研人员开展系列培训活动。在小学生都学Python了,你还不知道怎么开始文中介绍了Python的应用广泛,功能强大,提供了Python的在线学习视频和资原创 2017-12-26 17:43:51 · 572 阅读 · 0 评论 -
一个月学会Python的Quora指南和资料放送
欢迎关注天下博客:http://blog.genesino.com/2017/12/python-quora/ 如何一个月学会使用Python文章翻译自Quora上的回帖,略有改动。原文链接:https://www.quora.com/What-are-the-best-tips-for-learning-Python-within-one-month第1周谷歌搜索“Python programm原创 2017-12-26 17:55:24 · 1339 阅读 · 0 评论 -
Jupyter notebook使用
欢迎关注天下博客:http://blog.genesino.com/2017/12/jupyter/ Jupyter notebook (Ipython notebook)是集代码、结果、文档三位一体的文学化可重复程序文档。支持40多种程序语言,Python为原生语言。如果安装了Anaconda,就会自动包含。Anaconda的安装见之前的文档Linux学习 - Conda软件安装方法](http原创 2017-12-26 17:59:24 · 363 阅读 · 0 评论 -
曾国藩36字诀,改变你的人生
志:做人要做第一等人,人生由立志开始, 志不立,天下无可成之事,若能立志, 圣贤豪杰, 无事不可为。凡蒋相无钟,圣贤豪杰亦无钟,只要人肯立志,都可以做得到的。恒:有横断无不成之事,一为坚持,二为专注,三为渐进。于修业则贞之以恒。专:力气用到点子上。西洋技艺所以卓越古今者,由其每治一事,处心积虑,不达目的决不止。心越用则越灵,技越推则越巧。 熟:笨功夫也有大收获。熟源于勤,熟导致精。 裕:让自己的心胸开阔起来。治心当以“广大”二字为药。局量太小,不足以任天下之大事。海纳百川转载 2010-07-03 09:26:00 · 768 阅读 · 0 评论