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生信宝典
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Linux学习 - 文件内容操作
grep的用法很多,支持正则表达式匹配,这里不展开,可以自己查阅资料,或在后期的教程涉及到时再学习。-f: 指定取出哪一列,使用方法为-f 2 (取出第2列),-f 2-5 (取出第2-5列),-f 2,5 (取出第2和第5列)。另外一个方式,去除HAHA,使用cut命令 (cut更适合与矩阵操作,去除其中的一列或者多列)。替换文件中的字符: sed是一个功能强大的文件内容编辑工具,常用于替换、取得行号等操作。常用的文件内容操作有文件压缩解压缩、文件大小行数统计、文件内容查询等。gzip: 压缩文件;原创 2024-04-07 16:56:22 · 218 阅读 · 0 评论 -
没钱买KEGG怎么办?REACTOME开源通路更强大
之前搜集免费生物AI插图时简单提到了通路数据库Reactome(https://reactome.org/), 那些精美的生物插图只能算是该数据库附赠的小礼品,他的主要功能还是作为一个开源的通路数据库,为相关领域的研究者提供直观的可视化生物信息学工具。在一定程度上,可以替代收费的KEGG数据库,而且拓展出很多新的通路。目前该库覆盖了19个物种的通路研究,包括经典的代谢通路、信号转导、基因转录调控...原创 2018-10-02 21:02:13 · 9237 阅读 · 0 评论 -
加拿大生信开源学习资源Bioinformatics.ca
之前给大家推荐过教育部首批490门“国家精品在线开放课程”,里面很多跟生物相关的免费经典课程。除了国内这些开放的学习资源外,还有许多国外的免费资源,今天给大家推荐的是 加拿大安大略癌症研究所(Ontario Institute for Cancer Research) 推出的各种生信课程。该机构每年都会举办数场生物信息学研讨会(CBW),并共享其课件与视频,每一份都是沉甸甸的财富,真业内良心!!!...原创 2018-10-25 10:23:16 · 653 阅读 · 0 评论 -
Graphpad,经典绘图工具初学初探
大多数科研文章都离不开图表,尤其是图,熟悉一些绘图软件,并将图在文章和PPT中展示出来,是科研训练的重要内容。漂亮的文章配图能给自己的工作加不少分,但是多数科研者只会使用Excel作图,反复修改也没法达到预期的效果。Graphpad , Origin和SigmaPlot是科研领常用的三款统计作图软件,他们各有优缺点,经常需要配合使用。今天给大家介绍的是Paragraph的基本使用方法了解gra...原创 2018-10-25 10:30:41 · 16063 阅读 · 0 评论 -
2018美日科学家因免疫治疗得诺贝尔生理医学奖|动图展示历年生理学奖
斯德哥尔摩时间10月1日11时30分(北京时间10月1日17时30分),2018年诺贝尔生理或医学奖揭晓。James P. Allison和Tasuku Honjo两人因在抑制免疫调节机制的研究中发现了新癌症疗法而获奖。James P. Allison是MD安德森免疫学主任,主要贡献是提出immune checkpoint概念和CLA-4抗体增强免疫抑制肿瘤;Tasuku Honjo发现T-...原创 2018-10-25 11:11:26 · 91223 阅读 · 0 评论 -
“不务正业”的化学奖又发给了生物
斯德哥尔摩时间10月3日11时45分(北京时间10月3日17时45分),2018年诺贝尔化学奖揭晓。Frances H. Arnoid因研究酶的定向功能改造而分享一半奖金;George P. Smith 和Sir Gregory P. Winter****噬菌体展示技术基于的抗体改进而共享另一半奖金。从1901年至2018年的诺贝尔化学奖历年获奖数据概览见下图所示,绘制方法见:networ...原创 2018-10-25 11:12:55 · 451 阅读 · 0 评论 -
Excel改变了你的基因名,30% 相关Nature文章受影响,NCBI也受波及
EXCEL是常用的查看表格的工具,提供了很好的数据筛选、绘图等功能,不少基因表达数据也会在EXCEL中打开查看、筛选和排序。还有 3 个超赞的 EXCEL 插件,让你 5 分钟从小白变大神。但是EXCEL也会出现比较尴尬的事情,如基因名字的转换。比如gene symbols SEPT2 (Septin 2)、MARCH1 [Membrane-Associated Ring Finger (C3H...原创 2018-10-25 11:19:22 · 1094 阅读 · 0 评论 -
R包reshape2,轻松实现长、宽数据表格转换
title: “reshape2”author: “lld”date: “2018年11月1日”output: html_document一、reshape2 简介reshape2是由Hadley Wickham编写的R包,可以轻松地在宽格式(wide-format)和长格式(long-format)之间转换数据。reshape2R包主要有两个主要的功能:melt和castme...原创 2018-12-07 09:29:14 · 16839 阅读 · 1 评论 -
12个ggplot2扩展包帮你实现更强大的可视化
ggplot2自从2007年推出以来,成为世界范围内下载最频繁、使用最广泛的R包之一。许多人包括ggplot2的创建人Hadley Wickham将这一成功归功于ggplot2背后的哲学。这个软件包的灵感来源于Leland Wilkinson编写的《图形语法》一书,在此书中将graphs 分解成scales和layers,并将原始数据与表现形式分离开。具体使用可见下面简化示例和后面列出的往期绘图...原创 2018-12-07 10:11:44 · 3537 阅读 · 2 评论 -
Nature综述|整合组学分析护航健康,推动精准医学时代的到来!
之前搜集免费生物AI插图时简单提到了通路数据库Reactome,这些精美的生物插图只能算是该数据库附赠的小礼品,他的主要功能还是作为一个开源的通路数据库,为相关领域的研究者提供直观的可视化生物信息学工具。目前该库覆盖了19个物种的通路研究,且更偏重生化反应,包括经典的中间代谢、信号转到、基因转录调控、细胞凋亡与疾病。数据库引用了100多个不同的在线生物信息学资源库,包括NCBI、Ensembl...原创 2018-09-26 10:18:29 · 1500 阅读 · 0 评论 -
引起相变的无序结构域(IDRs)怎么预测?跟踪热点,提升文章档次!
蛋白研究过程中,一般认为氨基酸的序列决定了蛋白的结构,结构决定功能(一般指蛋白的三维结构)。然而,近50年的研究中,有一种没有特定三维结构的蛋白不断被研究人员发现,由于这类蛋白无法折叠成稳定的三维结构而称为固有无序蛋白(intrinsically disordered regions,IDRs)。这类蛋白虽然缺乏稳定结构且高度可变,但是研究却发现他们在生物体内行驶着重要的生物学功能。图1 ...原创 2018-09-26 10:11:16 · 7683 阅读 · 0 评论 -
免费Linux系统和生信宝典原创学习教程
生物信息的学习离不开Linux系统,不管自己写命令处理数据,还是使用现有的工具。Linux对我们来讲最重要的是它强大的命令行功能,可以快速、批量、灵活的处理数据的提取、统计和整理等耗时耗力的重复性工作。事实上在日常生信分析中,多数整理工作也都是用Linux命令的组合完成的,相比于写完整的Python或Perl程序更简便快捷;另外,生信分析用到的工具大都只在Linux下运行,而Linux发行版众多,...原创 2018-09-13 17:12:43 · 795 阅读 · 0 评论 -
高颜值生物医学在线画图工具
欢迎关注微信公众号生信宝典:http://mp.weixin.qq.com/s/Ld2dNcaWR-jIzolHw_tkHA 十一之前,出了一期画图专辑:好色之旅-画图三字经简洁明快地总结了生信宝典推出的一系列画图相关文章,包括多种形式的热图、线图、柱状图、箱线图、泡泡图、韦恩图、进化树、火山图、生存分析等(点上面的链接还有美女相赠),这些都是基于R代码或简便封装的R脚本,便于学习和使用。另外还原创 2017-12-26 17:01:54 · 7738 阅读 · 0 评论 -
你和PPT高手之间,就只差一个iSlide
http://blog.genesino.com/做幻灯展示是我们日常工作中不可缺少的一部分,有的人喜欢用代码如Latex, markdown+pandoc+revealjs 或 bookdown。这些都是自动化做幻灯的好工具。我也都有过体会,确实简洁快速。但个人感觉自动化工具更适合结构固定的幻灯,不太适合做复杂些的幻灯,尤其是需要拼凑图或文字时。微软Office系列和国产WPS系列的可视...原创 2018-03-29 10:32:07 · 600 阅读 · 0 评论 -
DESeq2差异基因分析和批次效应移除
差异基因鉴定基因表达标准化不同样品的测序量会有差异,最简单的标准化方式是计算 counts per million (CPM),即原始reads count除以总reads数乘以1,000,000。这种计算方式的缺点是容易受到极高表达且在不同样品中存在差异表达的基因的影响;这些基因的打开或关闭会影响到细胞中总的分子数目,可能导致这些基因标准化之后就不存在表达差异了,而原本没有差异...原创 2018-07-26 15:40:35 · 19597 阅读 · 1 评论 -
生信老司机以中心法则为主线讲解组学技术的应用和生信分析心得—限时免费
海哥,中国科学院遗传与发育生物学研究所,生物信息学博士。在生信宝典出品过多部“傻瓜式”教程。生信宝典之傻瓜式 (一) 如何提取指定位置的基因组序列 生信宝典之傻瓜式 (二) 如何快速查找指定基因的调控网络 生信宝典之傻瓜式 (三) 我的基因在哪里发光 - 如何查找基因在发表研究中的表达 生信宝典之傻瓜式 (四) 蛋白蛋白互作网络在线搜索 生信宝典之傻瓜式 (五) 文献挖...原创 2018-07-22 14:14:37 · 974 阅读 · 0 评论 -
2018 Cell系列相变最强综述,未来已来,你在哪?
导读Trends in Cell Biology (Cell系列综述, 2018 IF: 18.564)于2018年6月1日在线发表了Steven Boeynaems(PhD Biomedical sciences, Stanford University School of Medicine, 一作兼通讯)撰写的关于蛋白质相位分离综述一文《Protein Phase Separati...原创 2018-08-31 10:14:43 · 6812 阅读 · 0 评论 -
IPV6资源
<br />IPv6资源<br />校内资源:<br />支持IPv6的视频点播<br />碧海青天bbs站 (telnet需要客户端支持IPv6)<br />CERNET2资源:<br />WEB资源: <br />CERNET2: www.cernet2.edu.cn<br />上海交通大学 IPv6论坛<br />清华大学IPv6 ipv6.tsinghua.edu.cn<br />上海交通大学IPv6实验站 ipv6.sjtu.edu.cn<br />北京大学转载 2010-06-11 19:30:00 · 1838 阅读 · 0 评论