生物信息
生信宝典
好人!
展开
-
代码分析 | 单细胞转录组clustering详解
聚类可视化NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析(Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这)、ChIP-seq分析(ChIP-seq基本分析流程)、单细胞测序分析(重磅综述:三万字长文读懂单细胞RNA测序分析的最佳实践教程 (原理、代码和评述))、DNA甲基化分析、重测序分析、GEO数据挖掘(典型医学设计实验GEO数据分析 (step-by-step) - Lim...原创 2020-04-20 11:11:52 · 4750 阅读 · 1 评论 -
代码分析 | 单细胞转录组数据整合详解
两种整合方法详解NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析(Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这)、ChIP-seq分析(ChIP-seq基本分析流程)、单细胞测序分析(重磅综述:三万字长文读懂单细胞RNA测序分析的最佳实践教程 (原理、代码和评述))、DNA甲基化分析、重测序分析、GEO数据挖掘(典型医学设计实验GEO数据分析 (step-by-step) - Lim...原创 2020-04-20 11:09:28 · 9693 阅读 · 1 评论 -
GEO2R/GEOquery的结果可能是错的!!!
前言NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析 (Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这)、ChIP-seq分析 (ChIP-seq基本分析流程)、单细胞测序分析 (重磅综述:三万字长文读懂单细胞RNA测序分析的最佳实践教程 (原理、代码和评述))、DNA甲基化分析、重测序分析、GEO数据挖掘(典型医学设计实验GEO数据分析 (step-by-step) - Limma差异分析...原创 2020-04-20 11:03:17 · 2956 阅读 · 0 评论 -
RNA-seq最强综述名词解释&思维导图|关于RNA-seq,你想知道的都在这(续)
前言NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析 (Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这)、ChIP-seq分析 (ChIP-seq基本分析流程)、单细胞测序分析 (重磅综述:三万字长文读懂单细胞RNA测序分析的最佳实践教程 (原理、代码和评述))、DNA甲基化分析、重测序分析、GEO数据挖掘(典型医学设计实验GEO数据分析 (step-by-step) - Limma差异分析...原创 2020-04-20 10:59:50 · 2040 阅读 · 0 评论 -
代码分析 | 单细胞转录组Normalization详解
标准化加高变基因选择NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析 (Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这)、ChIP-seq分析 (ChIP-seq基本分析流程)、单细胞测序分析 (重磅综述:三万字长文读懂单细胞RNA测序分析的最佳实践教程 (原理、代码和评述))、DNA甲基化分析、重测序分析、GEO数据挖掘(典型医学设计实验GEO数据分析 (ste...原创 2020-04-17 20:55:37 · 6737 阅读 · 2 评论 -
代码分析 | 单细胞转录组质控详解
前言NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析 (Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这)、ChIP-seq分析 (ChIP-seq基本分析流程)、单细胞测序分析 (重磅综述:三万字长文读懂单细胞RNA测序分析的最佳实践教程 (原理、代码和评述))、DNA甲基化分析、重测序分析、GEO数据挖掘(典型医学设计实验GEO数据分析 (step-by-ste...原创 2020-04-17 20:47:50 · 9880 阅读 · 0 评论 -
来一场蛋白和小分子的风花雪月
分子对接(Molecular Docking)理论所谓分子对接就是两个或多个分子之间通过几何匹配和能量匹配相互识别找到最佳匹配模式的过程。分子对接对酶学研究和药物设计中有重要的应用意义。分子对接计算是在受体活性位点区域通过空间结构互补和能量最小化原则来搜寻配体与受体是否能产生相互作用以及它们之间的最佳结合模式。分子对接的思想起源于Fisher E的”钥匙和锁模型”,主要强调的是空间形状的匹配。...原创 2020-04-17 20:08:21 · 1649 阅读 · 0 评论 -
Bedtools 使用
Bedtools是处理基因组信息分析的强大工具集合,本文列出自己学习其官方文档的几个点,对后面计算不同样品peak相似性的脚本做了下更新和调整,使用起来更为简单方便。内容摘要区域注释,如peak注释,peak分布分析,peak与调控元件交集等。区域合并,如求算多样品peak合集,或合并重叠区域区域互补,如得到非基因区利用比对结果对测序广度和深度评估多样品peak相似...原创 2020-04-17 19:58:40 · 3627 阅读 · 0 评论 -
Cell|严景华/齐建勋首次发现新冠病毒进入细胞的详细分子细节
由于新病例的迅速增加,2019年冠状病毒病(COVID-19)很快引起了全球关注。新型冠状病毒感染被认为是从动物传播的,到2020年1月,怀疑最初受感染的患者是通过人与人之间的传播感染了该病毒。截至2020年4月2日,全球报告了854,640例确诊的COVID-19和43,938例死亡人数。这些数字每天都会更新,而且预计还会进一步增加。据报道,冠状病毒是非分段的正义RNA病毒,主要在鸟类和哺乳动...原创 2020-04-17 19:45:47 · 554 阅读 · 0 评论 -
如果不是没有钱,谁想测3个重复?
这篇文章上次发出后,有朋友留言说到底要测几个重复?其实也没有定论,有钱多多益善。只是需要知道重复少时,发现的差异基因会有不少假阴性,获得不了结果时,可尝试加测一些,可获得更稳定的结果。重复少时,抽样随机性大。如下图随机抽取2个生物重复获得的差异基因数目最多时是最少时的5倍以上;随机抽取3个生物重复获得的差异基因数目最多时是最少时的3倍左右。2016年英国邓迪大学的Geoffrey...原创 2020-04-17 19:41:34 · 180 阅读 · 0 评论 -
Bioconda软件安装神器:多版本并存、环境复制、环境导出
seq你想知道的全在这)、ChIP-seq分析 (ChIP-seq基本分析流程)、单细胞测序分析 (重磅综述:三万字长文读懂单细胞RNA测序分析的最佳实践教程 (原理、代码和评述))、DNA甲基化分析、重测序分析、GEO数据挖掘(典型医学设计实验GEO数据分析 (step-by-step) - Limma差异分析、火山图、功能富集)等内容。2017年生信宝典发布了Linux学...原创 2020-03-30 21:26:49 · 902 阅读 · 0 评论 -
只需一行代码,完美呈现Markdown格式,写作展示两不误
写作排版必备NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析 (Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这)、ChIP-seq分析 (ChIP-seq基本分析流程)、单细胞测序分析 (重磅综述:三万字长文读懂单细胞RNA测序分析的最佳实践教程 (原理、代码和评述))、DNA甲基化分析、重测序分析、GEO数据挖掘(典型医学设计实验GEO数据分析 (step-by...原创 2020-03-30 21:14:01 · 440 阅读 · 0 评论 -
转录组测序多少生物重复合适?2个?3个?48个?
2016年英国邓迪大学的Geoffrey J Barton教授在RNA发表一篇文章专门评估这一问题。作者对野生型和snf2突变型酵母样品分别测序了48个生物学重复;质控后,野生型样品保留42个生物学重复,突变型样品剩余44个生物学重复。在控制假阳性率为0.05的标准下,用所有可用生物重复计算出的差异基因定义为该差异基因鉴定工具的金标准差异基因集。作者评估了11个常用的差异基因分析工具,性能最好...原创 2020-03-30 21:10:44 · 4707 阅读 · 2 评论 -
遗传所屠强研究组开发Decode-seq方法显著提高差异表达基因分析的准确性
转录组分析的正确姿势(第三版)前言NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析 (Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这)、ChIP-seq分析 (ChIP-seq基本分析流程)、单细胞测序分析 (重磅综述:三万字长文读懂单细胞RNA测序分析的最佳实践教程 (原理、代码和评述))、DNA甲基化分析、重测序分析、GEO数据挖掘(典型医学设计实验GEO数据...原创 2020-03-30 21:08:04 · 502 阅读 · 0 评论 -
内存小还免费,Adobe Acrobat表示有危机
1. 你和PPT高手之间,就只差一个iSlide2. 万能转换:R图和统计表转成发表级的Word、PPT、Excel、HTML、Latex、矢量图等3. 推荐 3 个超赞的 EXCEL 插件,让你 5 分钟从小白变大神4. Excel绘图新高度-EasyCharts5. 是Excel的图,不!是R的图推荐一个关于PDF的实用网站,你可以在这里实现PDF格式与任何你想要的文件格式之间的...原创 2020-03-20 20:53:09 · 411 阅读 · 0 评论 -
Gut | 汤富酬研究组与付卫研究组合作揭示家族性腺瘤性息肉病的发病机制
结直肠癌在全球范围内是发病率第三、致死人数第四的恶性肿瘤(Beattie et al., 2005 ; Carey, 2017; Church, 2016)。结直肠腺瘤是结直肠癌的癌前病变,根据组织学形态可以分为低级别腺瘤和高级别腺瘤,从低级别腺瘤到腺癌的序列发生需要10年以上时间。因此,深入解析低级别腺瘤向腺癌转化的分子机制对于结直肠癌的预防、早筛和治疗都有重要意义。家族性腺瘤性息肉病(Fam...原创 2019-11-29 22:10:33 · 417 阅读 · 0 评论 -
知乎阅读三百万的生信学习指南
作为本科学生物,硕博转行生物信息的人,经常会被人问起,为啥学习生物信息了呢?这背后通常会带着一些困惑,生物信息分析好不好学?生信的作用越来越大,想学的人越来越多,不管是为了以后发展,还是为了解决眼下的问题。但生信学习不是一朝一夕就可以完成的事情,也许你可以很短时间学会一个交互式软件的操作,却不能看完程序教学视频后就直接写程序。也许你可以跟着一个测序分析流程完成操作,但不懂得背后的原理,不知道什么...原创 2019-10-28 20:19:03 · 2581 阅读 · 1 评论 -
Nature重磅综述 |关于RNA-seq,你想知道的都在这
摘要RNA测序(RNA-seq)在过往十年里逐渐成为全转录组水平分析差异基因表达和研究mRNA差异剪接必不可少的工具。随着二代测序技术 (NGS)的发展,RNA-seq的应用也越来越广。现已经可以应用于很多RNA层面的研究,比如单细胞基因表达、RNA翻译(translatome)和RNA结构组(structurome结构组学)。新的有意思的应用,如空间转录组学(spatialomics)也在积极...原创 2019-10-28 19:44:41 · 37755 阅读 · 3 评论 -
R语言可视化学习笔记之ggridges包
作者:严涛浙江大学作物遗传育种在读研究生(生物信息学方向)伪码农,R语言爱好者,爱开源。严涛老师的绘图教程还有:gganimate |诺奖文章里面的动图布局教程来了!!ggplot2学习笔记之图形排列R包ggseqlogo |置换序列分析图ggplot2高效实用指南(可视化脚本,工具,套路,配色)简介ggridges。主要包用来绘制山峦图产品尤其的英文针对时间或者空间分布****可视...原创 2019-10-28 19:42:27 · 538 阅读 · 0 评论 -
“单细胞”前瞻 |新型微滴反应筛选技术&ATAC-seq数据分析新篇章
来源:www.im.cas.cn/xwzx2018/kyjz/201910/t20191009_5405438.html http://life.tsinghua.edu.cn/publish/smkx/11191/2019/20191009170114780764738/20191009170114780764738_.html新型微滴反应筛选技术中科院微生物所微生物资源前期开发国...原创 2019-10-28 19:37:22 · 796 阅读 · 0 评论 -
用R在地图上绘制网络图的三种方法
作者:严涛浙江大学作物遗传育种在读研究生(生物信息学方向)伪码农,R语言爱好者,爱开源又到了亲爱的严涛老师时间:诺奖文章里面的动图布局教程来了!!R包ggseqlogo |置换序列分析图ggplot2高效实用指南(可视化脚本,工具,套路,配色)ComplexHeatmap |理解绘图逻辑布局热图R语言可视化学习笔记之ggridges包 ggplot2学习笔记之图形排列网...原创 2019-10-28 19:34:10 · 3253 阅读 · 1 评论 -
PCA主成分分析实战和可视化 | 附R代码和测试数据
一文看懂PCA主成分分析中介绍了PCA分析的原理和分析的意义(基本简介如下,更多见博客),今天就用数据来实际操练一下。(注意:用了这么多年的PCA可视化竟然是错的!!!)在公众号后台回复**“P****CA实战”**,获取测试数据。一、PCA应用# 加载需要用到的R包library(psych)library(reshape2)library(ggplot2)library(fac...原创 2019-10-28 19:25:38 · 1343 阅读 · 0 评论 -
易生信九天的转录组分析培训班总结
易生信九天的转录组分析培训班第一期伴随着5个小时的考试在紧张中结束了。说是培训,倒不如研讨更确切些。在一个个问题的交流中学会转录组分析,效果远大于一人讲,自己练。先分享两张现场的照片前两天以集中讲练为主,在讲述了原理后,进行上机操作。大部分学员有一定的Linux和R基础,上手还都是比较快的。但也有一些共性的问题,比如一些步骤原理的理解不到位、一些软件的参数不太了解、对Linux路径概念不太熟悉、想修原创 2017-11-18 14:16:30 · 1513 阅读 · 0 评论 -
高颜值生物信息在线绘图工具
一之前,出了一期画图专辑:好色之旅-画图三字经简洁明快地总结了生信宝典推出的一系列画图相关文章,包括多种形式的热图、线图、柱状图、箱线图、泡泡图、韦恩图、进化树、火山图、生存分析等(点上面的链接还有美女相赠),这些都是基于R代码或简便封装的R脚本,便于学习和使用。另外还有Cytoscape和其它作图工具以及图形排版的介绍,是在家作图、出门收藏的必备良品。代码很简单,封装很方便,但在使用时还是有不少朋原创 2017-12-15 20:44:37 · 4285 阅读 · 0 评论 -
小学生都学Python了,你还不知道怎么开始
最近Python又火了一把,一是我大山东省小学六年级的教材中加入了Python的内容;二是从2018年起,Python也将成为浙江高考的内容之一;三是计算机二级考试加入了Python科目。早先常常看到新闻,国外4-5岁的小孩开发APP,给MM开发游戏之类的。可以看到,国外对小孩编程的教育还是比较早的,通常也会使用python来编程,因为它简洁易用。亚马逊上早早的就有了Python for kids和原创 2017-12-15 20:45:39 · 13325 阅读 · 1 评论 -
120分的转录组试题,你能得多少
转录组知识会多少原创 2017-11-22 09:24:21 · 1313 阅读 · 0 评论 -
高颜值生物医学在线画图工具
欢迎关注微信公众号生信宝典:http://mp.weixin.qq.com/s/Ld2dNcaWR-jIzolHw_tkHA 十一之前,出了一期画图专辑:好色之旅-画图三字经简洁明快地总结了生信宝典推出的一系列画图相关文章,包括多种形式的热图、线图、柱状图、箱线图、泡泡图、韦恩图、进化树、火山图、生存分析等(点上面的链接还有美女相赠),这些都是基于R代码或简便封装的R脚本,便于学习和使用。另外还原创 2017-12-26 17:01:54 · 7680 阅读 · 0 评论 -
如何入门生信Linux
生物信息的学习离不开Linux系统,不管自己写命令处理数据,还是使用现有的工具。Linux对我们来讲最重要的是它强大的命令行功能,可以快速、批量、灵活的处理数据的提取、统计和整理等耗时耗力的重复性工作。事实上在日常生信分析中,多数整理工作也都是用Linux命令的组合完成的,相比于写完整的Python或Perl程序更简便快捷;另外,生信分析用到的工具大都只在Linux下运行,而Linux发行版众多,...原创 2018-03-16 09:12:13 · 2753 阅读 · 1 评论 -
Bookdown平台分享了哪些书籍,如何使用Bookdown分享书籍
欢迎关注生信宝典公众号 https://mp.weixin.qq.com/s/i71OMaUu6QtcY0pt1njHQA。bookdown是著名R包作者谢益辉开发的,支持采用Rmarkdown (R代码可以运行)或普通markdown编写文档,然后编译成HTML, WORD, PDF, Epub等格式。样式清新,使用简单,值得拥有。在Bookdown的官网,有很多免费的用bookdown...原创 2018-03-03 11:28:08 · 2092 阅读 · 0 评论 -
network3D 交互式网络图和桑基图
networkD3是基于D3JS的R包交互式绘图工具,用于转换R语言生成的图为交互式网页嵌套图。目前支持网络图,桑基图,树枝图等。关于网络图的绘制,我们之前有5篇文章,可点击查看。Cytoscape教程1Cytoscape之操作界面介绍新出炉的Cytoscape视频教程Cytoscape: MCODE增强包的网络模块化分析一文学会网络分析——Co-occurrence网络图在R中...原创 2018-03-03 11:29:44 · 4989 阅读 · 1 评论 -
狗年话狗,也话GO
做实验,会用到狗。尤其是去年Science搞反狗脑 - 人脑和狗脑一样?,一个课题两篇Science文章的故事,提醒我们不要看到结果跟预期一致,就大意疏忽。科学主旨是证伪,不是求同。做分析的更喜欢另一个GO。GO富集分析是生物信息分析中快速了解目标基因或目标区域功能倾向性的最重要方法之一。其中代表性的计算方式有两种:一是基于筛选的差异基因,采用超几何检验判断上调或下调基因在哪些GO或K...原创 2018-03-03 11:34:35 · 385 阅读 · 0 评论 -
谈谈数次生信线下活动的收获和体会
http://blog.genesino.com/2018/03/ampliconseqsumamry/ 从2017年11月份到2018年3月份,共进行了5次培训研讨活动,内容依次为转录组高级分析、生物信息作图系列R、Cytoscape及图形排版、应用Python处理生物信息数据和作图、微生物组扩增子分析、应用Linux处理生物信息数据和分析流程。从培训网站的课程顺序可以看到,最开始设计是...原创 2018-04-07 21:59:26 · 414 阅读 · 0 评论 -
ChIP-seq基本分析流程
欢迎关注天下博客:http://blog.genesino.com/2018/03/chip-pipeline/前年在中科院做培训时,整理了一套ChIP-seq分析流程,截选实战部分,略作修改,分享出来,希望大家指正。那次培训内容比较杂,还有关于TCGA、ICGC、ProteinAtlas等数据库的使用, 前面已经分享过,链接如下:UCSC XENA - 集大成者(TCGA, IC...原创 2018-03-27 14:16:28 · 11426 阅读 · 0 评论 -
表观调控高通量测序分析培训开课啦
欢迎关注天下博客:http://blog.genesino.com/2018/03/chip/在广大粉丝的期待下,《生信宝典》联合《宏基因组》在2018年4月14日在北京鼓楼推出《ChIP系列高通量测序分析专题培训》,为大家提供一条走进生信大门的捷径、为同行提供一个表观修饰实战分析学习和交流的机会、助力学员真正理解分析原理和完成实战分析,独创线下集中授课2天+自行练习5天+再集中讲解答疑2天三...原创 2018-04-03 06:17:27 · 802 阅读 · 0 评论 -
高通量测序分析工具Bedtools使用介绍
http://blog.genesino.com/2018/04/bedtools/Bedtools是处理基因组信息分析的强大工具集合,其主要功能如下:bedtools: flexible tools for genome arithmetic and DNA sequence analysis.usage: bedtools <subcommand> [option...原创 2018-04-03 06:33:57 · 19377 阅读 · 0 评论 -
你和PPT高手之间,就只差一个iSlide
http://blog.genesino.com/做幻灯展示是我们日常工作中不可缺少的一部分,有的人喜欢用代码如Latex, markdown+pandoc+revealjs 或 bookdown。这些都是自动化做幻灯的好工具。我也都有过体会,确实简洁快速。但个人感觉自动化工具更适合结构固定的幻灯,不太适合做复杂些的幻灯,尤其是需要拼凑图或文字时。微软Office系列和国产WPS系列的可视...原创 2018-03-29 10:32:07 · 584 阅读 · 0 评论 -
二代三代转录组测序分析实战班
转录组大家都很熟悉了,我们之前也有几篇介绍:转录组分析的正确姿势39个转录组分析工具,120种组合评估(转录组分析工具哪家强-导读版)120分的转录组考题,你能得多少年前开了一期二代转录组线下研讨班,效果挺好,大家学的很扎实,不少朋友又继续参加了后续其它内容的培训课程。在一起学习,一起聊天,互相有些收获;能得到持续的认可,是我们最好的动力。上次转录组培训后,还有不少新朋友希望能...原创 2018-04-17 16:58:09 · 2886 阅读 · 1 评论 -
WGCNA分析,简单全面的最新教程
本文应该是第二全的WGCNA分析教程,参考了最新的文档。第一全的还在路上,会出现于生信宝典和宏基因组公众号组织的二代三代转录组测序分析实战班上,欢迎点击链接了解更多。WGCNA基本概念加权基因共表达网络分析 (WGCNA, Weighted correlation network analysis)是用来描述不同样品之间基因关联模式的系统生物学方法,可以用来鉴定高度协同变化的基因集,...原创 2018-04-19 10:36:08 · 9151 阅读 · 4 评论 -
易生信极高性价比暑期黑马集训 -- 低至2500每人
开课背景生物信息学说起来很好理解,可是对大部分想学习生信的人来说,操作起来却是有些棘手,无有头绪。生信的研究内容主要包括两个方面:首先,需要生物研究者利用实验收集、整理、储存、获取生物学数据;另一方面,需要依托数理信息科学的技术和方法管理和分析数据。如今工具开发者(IT)和工具应用者(Biologist)的界限越来越模糊,只要您是生信领域的工作者,都需要了解生物信息学分析基本知识。生物学家...原创 2018-07-09 20:21:33 · 447 阅读 · 0 评论 -
生物AI插图免费领取
人靠衣装,佛靠金装,科研成果靠图装。如今做科研不仅只需要会做实验,如何将成果美美地展示出来也是一门需要培养的技能。科研海报、项目PPT、论文插图、通路图……这些直接刺激人感官的展示都可以帮助升华我们的科研内容。之前我们介绍过如何用Adobe Illustrator对图形进行编辑、拼合、排版、简单模式图绘制,并录制了视频,放在了腾讯课堂,http://bioinfo.ke.qq.com,可免费观...原创 2018-07-12 21:01:00 · 6494 阅读 · 2 评论