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RSS订阅原创 RDKit toolkit实战二：Generating Similarity Maps Using Fingerprints
Linux（CentOS 7_x64位）系统下安装RDkit(修正)点击打开链接RDKit toolkit实战演练学习一下，参考网站点击打开链接相似性图是一种可视化分子与参考分子之间的相似性的原子贡献的方式。RDKit的rdkit.Chem.Draw.SimilarityMaps模块中提供了相关方法。#！Python2.7from rdkit import Che...
2017-10-30 19:02:02
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原创 Linux（CentOS 7_x64位）系统下安装RDkit(修正)
Linux（CentOS 7_x64位）系统下安装RDkit(修正)一、RDKit简介Linux（CentOS 7_x64位）系统下安装RDkit点击打开链接前面写的一篇CentOS 7下安装RDkit的文章，在测试的时候有很多报错，且不支持InChI和Avalon toolkit，后面使用中经常会报错。现在更新一下新的测试全通过的安装方法。二、安装环境系 统：...
2017-10-29 15:06:30
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原创 GROMACS运行参数整理（二）
Gromacs运行参数中文注释中文注释仅供参考！！！GROMACS运行参数整理（一）点击打开链接9.Temperature couplingtcoupl = ; 指定耦合方法 no ;不使用 berendsen nose-hoover v-rescalensttcouple = ; 热耦合频率，默认1，表示与nstlist一致...
2017-10-29 14:21:51
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原创 GROMACS运行参数整理（一）
Gromacs运行参数中文注释中文注释仅供参考！！！1.Preprocessinginclude = ... ; 指定拓扑结构目录define = ... ; 预处理控制拓扑文件 -DPOSRES ; 位置限制 -DFLEXIBLE ; 柔性水代替刚性水 2.Run controlintegrator = ; ...
2017-10-23 23:57:05
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原创 Linux（CentOS 7_x64位）系统下安装Xmgrace
一、Xmgrace简介Xmgrace是Linux下类似origin的免费开源画图软件。Xmgrace官网：点击打开链接Xmgrace安装包下载：点击打开链接二、Xmgrace安装安装依赖yum install openmotifyum install openmotif-develyum install libXpm-develyum install li...
2017-10-21 16:46:38
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原创 RDKit toolkit实战一：调用Python API
RDKit是一款开源化学信息学与机器学习工具包，提供C++和Python的API接口。RDKit的编译安装及Python（2.7）绑定见博文：Linux（CentOS 7_x64位）系统下安装RDkitRDKit iPython Notebook参考网站点击打开链接配置好RDKit和Python2.7的环境，运行参考网站的部分代码的效果如下：#！Python2....
2017-10-17 22:13:33
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原创 GROMACS运行参数之em_real.mdp文件详解
GROMACS(5.1.4)教程：蛋白质配体复合物官网：点击打开链接李老师博客：点击打开链接蛋白质配体复合物模拟能量最小化过程中需要用到输入文件em_real.mdp，现对里面的各种编辑项目做简单注释。###em_real.mdp###; LINES STARTING WITH ';' ARE COMMENTStitle =...
2017-10-01 18:38:52
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原创 GROMACS运行参数之md.mdp文件详解
GROMACS(5.1.4)教程：蛋白质配体复合物官网：点击打开链接李老师博客：点击打开链接蛋白质配体复合物模拟md运行过程中需要用到输入文件md.mdp，现对里面的各种编辑项目做简单注释。###md.mdp###title = Protein-ligand complex MD simulation ; Run parameter...
2017-10-01 18:33:07
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原创 GROMACS运行参数之npt.mdp文件详解
GROMACS(5.1.4)教程：蛋白质配体复合物官网：点击打开链接李老师博客：点击打开链接蛋白质配体复合物模拟npt平衡过程中需要用到输入文件npt.mdp，现对里面的各种编辑项目做简单注释。###npt.mdp###title = Protein-ligand complex NPT equilibration ...
2017-10-01 18:28:16
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原创 GROMACS运行参数之nvt.mdp文件详解
GROMACS(5.1.4)教程：蛋白质配体复合物官网：点击打开链接李老师博客：点击打开链接蛋白质配体复合物模拟nvt平衡过程中需要用到输入文件nvt.mdp，现对里面的各种编辑项目做简单注释。###nvt.mdp###title = Protein-ligand complex NVT equilibration defin...
2017-10-01 18:18:39
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RDKit Documentation Release 2019.09.1.pdf
2019-12-26
基于神经网络的溶解度预测和回归分析的数据集文件
2018-09-16
pymol-2.1.0-cp36-cp36m-win
2018-05-18
2017-Bioinformatics-Volume II- Structure, Function, and Applications
2018-05-18
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