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最长公共子序列

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一个字符串S,去掉零个或者多个元素所剩下的子串称为S的子序列。最长公共子序列就是寻找两个给定序列的子序列,该子序列在两个序列中以相同的顺序出现,但是不必要是连续的。

例如序列X=ABCBDABY=BDCABA。序列BCAXY的一个公共子序列,但不是XY的最长公共子序列,子序列BCBAXY的一个LCS,序列BDAB也是。

寻找LCS的一种方法是枚举X所有的子序列,然后注意检查是否是Y的子序列,并随时记录发现的最长子序列。假设Xm个元素,则X2^m个子序列,指数级的时间,对长序列不实际。

使用动态规划求解这个问题,先寻找最优子结构。设X=<x1,x2,…,xm>Y=<y1,y2,…,yn>为两个序列,LCS(X,Y)表示XY的一个最长公共子序列,可以看出

如果Xm=Yn,则LCS ( X,Y ) = Xm + LCS ( Xm-1,Yn-1 )
如果Xm!=Yn,则LCS( X,Y )= max{ LCS ( Xm-1, Y ), LCS ( X, Yn-1 ) }

LCS问题也具有重叠子问题性质:为找出XY的一个LCS,可能需要找XYn-1的一个LCS以及Xm-1Y的一个LCS。但这两个子问题都包含着找Xm-1Yn-1的一个LCS,等等.

DP最终处理的还是数值(极值做最优解),找到了最优值,就找到了最优方案;为了找到最长的LCS,我们定义dp[i][j]记录序列LCS的长度,合法状态的初始值为当序列X的长度为0Y的长度为0,公共子序列LCS长度为0,即dp[i][j]=0,所以用ij分别表示序列X的长度和序列Y的长度,状态转移方程为

dp[i][j] = 0  如果i=0或j=0
dp[i][j] = dp[i-1][j-1] + 1  如果X[i-1] = Y[i-1]
dp[i][j] = max{ dp[i-1][j], dp[i][j-1] }  如果X[i-1] != Y[i-1]

实现

int dp[21][21]; /* 存储LCS长度, 下标i,j表示序列X,Y长度 */
char X[21];
char Y[21];
/* dp[0-Xlen][0] & dp[0][0-Ylen] 都已初始化0 */
    for(i = 1; i <= Xlen; ++i)
    {
        for(j = 1; j <= Ylen; ++j)
        {
            if(X[i-1] == Y[j-1])
            {
                dp[i][j] = dp[i-1][j-1] + 1;
            }else if(dp[i][j-1] > dp[i-1][j])
            {
                dp[i][j] = dp[i][j-1];
            }else
            {
                dp[i][j] = dp[i-1][j];
            }
        }
    }
cout << "len of LCS is: " << dp[Xlen][Ylen] << endl;

对于上述方式,我们可以逆序求出可能的LCS组合。因为使用的辅助数组只使用两行即可,因此可以使用滚动数组。

for(i = 1; i <= xlen; ++i)
    {
        k = i & 0x01; // k01
        for(j = 1; j <= ylen; ++j)
        {
            if(X[i-1] == Y[j-1])
            {
                dp[k][j] = dp[k][j-1] + 1;
            }else if(dp[k][j-1] > dp[k^1][j])
            {
                dp[k][j] = dp[k][j-1];
            }else
            {
                dp[k][j] = dp[k][j];
            }
        }
    }
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