#ai夏令营#Datawhale
任务实现思路
一、数据准备
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理解数据
- 仔细阅读数据字段的定义和含义,确保对每个字段有清晰的理解。
- 根据理解,确定哪些字段是输入特征,哪些字段用来预测目标(即Label)。
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数据清洗
- 检查数据的完整性,填补或删除缺失值。
- 处理异常值和重复数据。
- 确保数据的一致性和正确性,特别是与预测目标直接相关的字段如DC50和Dmax。
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数据增强
- 如果数据集较小,可以采用数据增强的方法来扩展数据集。
- 使用化学信息学数据库或文献等外部数据源,获取更多相关数据,并结合现有数据进行补充。
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特征工程
- 数值特征处理:如标准化或归一化处理DC50、Dmax等数值特征。
- 分类特征编码:对字符串类型的特征,如Uniprot、Target等,进行编码处理。
- 复杂特征处理:对于Smiles等复杂分子结构特征,可以考虑使用分子指纹(molecular fingerprint)或其他分子表示方法转化为数值特征。
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数据划分
- 将数据集分为训练集、验证集和测试集。例如:70%用于训练,20%用于验证,10%用于测试。
- 确保划分后的数据集能够代表整个数据集的分布情况。
二、模型构建
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选择算法
- 根据任务特点选择适合的机器学习算法,如逻辑回归、支持向量机(SVM)、随机森林、XGBoost等。
- 对于更复杂的数据和模型需求,可以考虑深度学习模型,如卷积神经网络(CNN)处理分子结构数据,或循环神经网络(RNN)处理序列数据。
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模型训练
- 使用训练集训练模型,调整模型参数以提高模型性能。
- 利用交叉验证(cross-validation)确保模型在不同数据子集上的性能一致。
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模型评估
- 在验证集上评估模型性能,使用准确率、精确率、召回率和F1分数等指标进行综合评价。
- 根据验证结果调整模型参数,进行模型优化。
三、模型优化与调优
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超参数调优
- 使用网格搜索(Grid Search)或随机搜索(Random Search)等方法,寻找最佳模型超参数组合。
- 利用交叉验证,确保调优过程中的模型稳定性和泛化能力。
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特征选择
- 通过特征重要性分析或前向选择、后向消除等方法,选择对预测任务最重要的特征,提高模型性能和训练效率。
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集成学习
- 采用集成学习方法,如袋装(Bagging)、提升(Boosting)等,组合多个基模型以获得更强的预测能力。
四、模型最终测试与验证
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在测试集上评估模型
- 使用留出的测试集评估最终模型的性能,确保模型没有过拟合,能够泛化到未见过的数据。
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验证结果解释
- 分析模型的预测结果,理解错误预测的原因和模型的局限性。
- 与领域专家讨论模型结果,确保结果在实际科研和应用中具有可解释性和实用性。
五、数据搜索与扩充(可选)
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收集外部数据
- 使用PubChem、ChEMBL、Uniprot等外部化学和生物数据库,搜集更多与PROTACs相关的数据。
- 通过API或爬虫等技术手段,自动化数据收集过程。
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数据处理与融合
- 清洗和处理收集到的额外数据,确保格式和当前数据集一致。
- 将外部数据与现有数据进行融合,扩大数据量,提高模型泛化能力。
具体实施步骤
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数据加载和预处理:
- 读取并清洗数据,处理缺失值和异常值。
- 进行特征工程和数据标准化。
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构建和训练模型:
- 选用多种模型进行训练(如逻辑回归、随机森林等)。
- 采用交叉验证和超参数调优,优化模型性能。
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模型评估和验证:
- 在验证集上评估模型,调整模型参数。
- 在测试集上验证最终模型,确保其泛化能力。
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数据扩充和增强:
- 搜集外部数据,进行清洗和处理。
- 将外部数据与现有数据融合,优化模型训练数据集。
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最终报告和总结:
- 总结方法和结果,提出改进建议。
- 撰写详细报告,展示模型性能和预测效果。
数据清洗步骤
一、数据理解和初探
- 初步检查
- 查看数据集的规模和字段类型,包括数值型、分类型和文本型等。
- 使用统计描述(如均值、中位数、标准差等)和可视化方法(如直方图、箱线图等)来初步了解数据的分布和特征。
二、处理缺失值
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识别缺失值
- 检查每个字段中是否存在缺失值,使用库如Pandas的
isnull()
或isna()
方法。 - 可视化缺失值分布,如使用缺失值矩阵图(Missingno库)或热图(Seaborn库)。
- 检查每个字段中是否存在缺失值,使用库如Pandas的
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处理策略
- 删除缺失值:如果缺失值比较少,可以直接删除含缺失值的数据行。
- 填充缺失值:对于数值型数据,可以使用均值、中位数、众数或插值法填充缺失值。
- 对于分类型数据,可以使用最常见的类别进行填充。
- 对于时间序列数据,可以使用前后数据的均值进行插值。
data.dropna(inplace=True)
data['column_name'].fillna(data['column_name'].mean(), inplace=True)
data['category_column'].fillna(data['category_column'].mode()[0], inplace=True)
data['time_series_column'].interpolate(method='linear', inplace=True)
三、处理异常值
- 识别异常值
- 使用统计方法(如IQR,箱线图)和可视化技术(如散点图、箱线图)来识别异常值。
Q1 = data['column_name'].quantile(0.25)
Q3 = data['column_name'].quantile(0.75)
IQR = Q3 - Q1
lower_bound = Q1 - 1.5 * IQR
upper_bound = Q3 + 1.5 * IQR
outliers = data[(data['column_name'] < lower_bound) | (data
- 处理策略
- 删除异常值:直接删除异常值所在的行。
data = data[(data['column_name'] >= lower_bound) & (data['column_name'] <= upper_bound)]
- 替换异常值:用其他合理值替换,如上下限值或其他统计值。
data['column_name'] = np.where(data['column_name'] < lower_bound, lower_bound, data['column_name'])
data['column_name'] = np.where(data['column_name'] > upper_bound, upper_bound, data['column_name'])
四、处理重复数据
- 识别重复数据
- 检查整个数据集或指定字段组合中是否存在重复记录。
duplicates = data[data.duplicated()]
- 删除重复数据
- 删除完全重复的行。
data.drop_duplicates(inplace=True)
五、数据标准化和归一化
- 标准化(Standardization)
- 将数据转换为标准正态分布,消除不同特征量纲的影响。
from sklearn.preprocessing import StandardScaler
scaler = StandardScaler()
data[['numeric_column1', 'numeric_column2']] = scaler.fit_transform(data[['numeric_column1', 'numeric_column2']])
- 归一化(Normalization)
- 将数据缩放到固定范围(如0到1),尤其适用于距离度量的算法。
from sklearn.preprocessing import MinMaxScaler
scaler = MinMaxScaler()
data[['numeric_column1', 'numeric_column2']] = scaler.fit_transform(data[['numeric_column1', 'numeric_column2']])
六、处理分类特征
- 编码分类变量
- 标签编码(Label Encoding):将分类转换为数值,对于有序变量效果较好。
from sklearn.preprocessing import LabelEncoder
le = LabelEncoder()
data['category_column'] = le.fit_transform(data['category_column'])
- 独热编码(One-hot Encoding):将分类变量扩展为多个二值变量。
data = pd.get_dummies(data, columns=['category_column'])
七、文本和复杂数据的处理
- 处理文本数据
- 使用TF-IDF、词袋模型(Bag of Words)或词向量(Word2Vec、GloVe)等方式将文本转化为数值向量。
from sklearn.feature_extraction.text import TfidfVectorizer
tfidf = TfidfVectorizer(max_features=1000)
tfidf_matrix = tfidf.fit_transform(data['text_column'])
- 处理分子结构数据
- 使用化学信息学工具(如RDKit)将SMILES字符串转换为分子特征。
from rdkit import Chem
from rdkit.Chem import Descriptors
mol = Chem.MolFromSmiles('CCO')
descriptors = [Descriptors.MolWt(mol), Descriptors.NumHDonors(mol)]
八、最终检查和保存
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最终检查
- 检查数据清洗后的完整性和一致性,确保数据准备完成。
- 常用描述性统计和可视化(如相关矩阵)来检查数据质量。
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保存清洗后的数据
- 将清洗和处理后的数据保存为新文件,方便后续模型训练和分析。
data.to_csv('cleaned_data.csv', index=False)