生信-蛋白质领域知识（纯小白）

本篇适合没有任何生物基础的纯小白。提供踏入生物数据分析行业（特别是蛋白质分析）所需要的最基础的知识，对生命活动方面内容不做特别深入，快速上手。

 一、生命活动的基本知识

        转录是指DNA中的遗传信息被转写成信使RNA（mRNA）。首先，DNA在细胞核内解开，RNA聚合酶将DNA的遗传信息复制到mRNA上。接下来，翻译是在细胞质中的核糖体上进行的，mRNA被核糖体读取，指导氨基酸通过转运RNA（tRNA）按顺序连接，形成蛋白质链。这个链最终折叠成蛋白质，执行各种生物功能。

        在生物组学分析中：分别针对这三个部分进行解析，依次是：基因组，转录组，蛋白组。（还有针对小分子的代谢组）。

        在翻译过程中，核糖体内，氨基酸通过脱水缩合反应连接起来，形成肽链。这种反应涉及一个氨基酸的氨基（-NH₂）和另一个氨基酸的羧基（-COOH）形成肽键，并释放出一分子水（H₂O），肽链再经过空间折叠形成蛋白质。

 二、氨基酸（amino acid）

1.基本结构

        氨基酸是构成蛋白质的基本单位，每个氨基酸都具有一个共同的基本结构，包括一个氨基（-NH₂）、一个羧基（-COOH）、一个氢原子以及一个侧链（R基团）。

2.分类

        氨基酸的侧链（R基团）各不相同，决定了每种氨基酸的独特性质。例如极性、疏水性或酸碱性。在数据表示中，有三字母缩写和单字母缩写两种方式。

英文名	中文名	三字母缩写	单字母缩写	结构式
Alanine	丙氨酸	Ala	A	CH3-CH(NH2)-COOH
Arginine	精氨酸	Arg	R	HN=C(NH2)-NH-(CH2)3-CH(NH2)-COOH
Asparagine	天冬酰胺	Asn	N	H2N-CO-CH2-CH(NH2)-COOH
Asparticacid	天冬氨酸	Asp	D	HOOC-CH2-CH(NH2)-COOH
Cysteine	半胱氨酸	Cys	C	HS-CH2-CH(NH2)-COOH
Glutamine	谷氨酰胺	Gln	Q	H2N-CO-(CH2)2-CH(NH2)-COOH
Glutamicacid	谷氨酸	Glu	E	HOOC-(CH2)2-CH(NH2)-COOH
Glycine	甘氨酸	Gly	G	NH2-CH2-COOH
Histidine	组氨酸	His	H	*NH-CH=N-CH=*C-CH2-CH(NH2)-COOH
Isoleucine	异亮氨酸	Ile	I	CH3-CH2-CH(CH3)-CH(NH2)-COOH
Leucine	亮氨酸	Leu	L	(CH3)2CH-CH2-CH(NH2)-COOH
Lysine	赖氨酸	Lys	K	H2N-(CH2)4-CH(NH2)-COOH
Methionine	甲硫氨酸 （蛋氨酸）	Met	M	CH3-S-(CH2)2-CH(NH2)-COOH
Phenylalanine	苯丙氨酸	Phe	F	Ph-CH2-CH(NH2)-COOH
Proline	脯氨酸	Pro	P	*NH-(CH2)3-*CH-COOH
Serine	丝氨酸	Ser	S	HO-CH2-CH(NH2)-COOH
Threonine	苏氨酸	Thr	T	CH3-CH(OH)-CH(NH2)-COOH
Tryptophan	色氨酸	Trp	W	*Ph-NH-CH=*C-CH2-CH(NH2)-COOH
Tyrosine	酪氨酸	Tyr	Y	HO-p-Ph-CH2-CH(NH2)-COOH
Valine	缬氨酸	Val	V	(CH3)2CH-CH(NH2)-COOH

​​​​三、肽链（Polypeptide / peptide chain）

1. Cα atom：蛋白质中每个氨基酸的主链上的一个碳原子。

2. Cβ atom：Cα碳原子旁边的第一个C原子。(R基团中与Cα连接的碳原子)

3. Amino acid residues：多肽中的氨基酸单位称为氨基酸残基， 即由肽键连接的氨基酸失水后剩余部分。

4. N-terminus：肽链的氨基端

5. C-terminus：肽链的羧基端

6. peptide bond：肽键，具有双键的一部分性质（不能旋转）

7. dihedral angles:  (have a try)
   Phi（φ）：一个氨基酸残基的氮原子（N）与 Cα碳原子之间的二面角。
   Psi（ψ）：Cα碳原子与其羰基碳原子（C=O）之间的二面角。

四、蛋白质（protein)

1.结构层次

        结构总共分为四个层次（转载自百度百科）：

• 一级结构：氨基酸序列。

• 二级结构：肽链主链骨架原子的空间结构。形式：α螺旋（a-helix），β折叠（3-strand），β转角（β-bend），Ω环（Ω loop），无规卷曲（randomcoil）。

• 三级结构：一条多肽链所有原子的空间排布。

• 四级结构：亚基与亚基之间特定的三维排布，以非共价键链接。

• 构象：蛋白质的空间结构。

• 亚基：每一条多肽链都有完整的三级结构。

多肽和蛋白质的区别在于：多肽分子量比较小，且多肽最多含有二级结构

2.性质区分

 2.1 Protein stability（稳定性） thermostability（热稳定性）

        蛋白质的稳定性是指的蛋白质维持三维结构的能力。蛋白质的热稳定性指的是蛋白质在高温下保持三维结构的能力。