@Datawhale AI 物质科学task2 打卡笔记

此笔记为物质科学task2打卡笔记,在Task2中,我们的任务是进一步了解AI4Science相关知识,然后使用深度学习的方法建模。以下是本次task所使用的一些方法

1.SMILES

这是一种将化学分子用ASCII字符表示的方法,它能将化学分子中涉及的原子、键、电荷等信息,用对应的ASCII字符表示;环、侧链等化学结构信息,用特定的书写规范表达。如=表示双键、#表示三键、[]里面的内容表示侧基或者特殊原子,而原子由他们的化学符号表示。

2.分子指纹

分子的指纹就像人的指纹一样,用于表示特定的分子。分子指纹是一个具有固定长度的位向量(即由0,1组成),其中,每个为1的值表示这个分子具有某些特定的化学结构。 

3.RDkit

它是一种强大、丰富且高效的化学信息工具,它可以读和写分子;循环获取分子中原子、键、环的信息;修饰分子;获取分子指纹;计算分子相似性;将分子绘制为图片;子结构匹配和搜索;生成和优化3D结构。

代码部分使用RNN建模SMILES进行产率预测,以下是个人在实操过程中遇到的一些问题和想法

1.本次task计算机通过深度学习来寻找特征,而第一次task相当于有我们的指点,故task2的得分可能没task1高。

2.深度学习花费时间较长,需要保持平台的运行,魔塔平台1个小时无操作会自动关闭。

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